これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bp_indexp です。
プログラム：
NAME
bp_index.pl - bp_fetch.pl で使用するファイルのインデックスを作成します。
SYNOPSIS
bp_index.pl インデックス名 file1 file2 など
DESCRIPTION
bp_index.pl は、引数リストで指定されたシーケンス ファイルの bioperl インデックスを構築します。
インデックス名の下にあります。 例えば
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
ファイル nrdb.fasta のインデックス名として「nrdb」というインデックスを構築します。
bp_index.pl -fmt EMBL スイス /data/swiss/*.dat
/data/swiss 内の .dat で終わるすべてのファイルに対して swiss というインデックスを作成します。
EMBL形式です。
インデックスは Bio/Index/* モジュール、特に Bio::Index::EMBL を使用して構築されます。
Bio::Index::Fasta モジュール。 これらのモジュールを使用するスクリプトはどれもインデックスを使用できます。 あ
スクリプトの良い例は、シーケンスをフェッチして STDOUT にパイプする bp_fetch です。
例
bp_fetch スイス:ROA1_HUMAN
スイスインデックスから ROA1_HUMAN シーケンスを取得し、それを fasta 形式として STDOUT に書き込みます。
OPTIONS
-fmt - Fasta (デフォルト)、スイスまたはEMBL
-dir - インデックスファイルが存在するディレクトリ
(BIOPERL_INDEX 環境変数をオーバーライドします)
専門家向けのオプション
-タイプ- DBM_ファイル タイプ。
(BIOPERL_INDEX_TYPE 環境変数をオーバーライドします)
-v - インデックスの追加ごとにレポートします (デバッグ)
ENVIRONMENT
bp_index と bp_fetch は、環境変数を使用してデータベースの配置場所を調整します。
BIOPERL_INDEX。 これは、-dir オプションを使用してオーバーライドできます。 デフォルト値はないので、
-dir オプションを使用するか、BIOPERL_INDEX を設定する必要があります。
DB タイプは BIOPERL_INDEX_TYPE で調整されます。BIOPERL_INDEX_TYPE が存在しない場合は、デフォルトで
bioperl モジュールがインストールしたものは何でも、それ自体のデフォルトは SDBM_File です。
使用する IT あなた自身
bp_index.pl は、インデックス モジュールを駆動するスクリプトです。 このスクリプトを使用したい場合は、
あなたの仕事に頻繁に使用されている場合、Perl ベースの場合は、ほぼ間違いなく、
このスクリプトにコードを追加し、それをコピーします (おそらく、使用する可能性が高くなります)
bp_fetch コード)。
拡張 IT
bp_index は、bioperl にある James Gilbert の優れた Index モジュールの単なるラッパーです
フィードバック
郵送 リスト
ユーザーフィードバックは、このモジュールおよび他のBioperlモジュールの進化の不可欠な部分です。 送信
できればBioperlメーリングリストへのコメントや提案。 あなたの参加
非常に高く評価されています。
[メール保護] - 一般的なディスカッション
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists -メーリングリストについて
各種レポート作成 バグ
バグをBioperlバグ追跡システムに報告して、バグとそのバグを追跡できるようにします。
解像度。 バグレポートはWeb経由で送信できます。
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
著者 - ユアン バーニー
ユアン・バーニー[メール保護]>
onworks.net サービスを使用してオンラインで bp_indexp を使用する
