これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 2 つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bp_searchXNUMXtribep です。
プログラム：
NAME
bp_search2tribe - SearchIO 解析可能なレポートを TRIBE マトリックスに変換します
SYNOPSIS
使用法：
bp_search2tribe [-o 出力ファイル] [-f レポート形式] [-w/--weight] file1 file2 ..
DESCRIPTION
このスクリプトはおそらく、ほとんどの人が使用するには遅すぎます。 何かを使ったほうがいいですよ
scripts/searchio/fastam9_to_table、BLAST からの -m 9 出力、またはからの blast2table など
BLAST O'Reilly の本を参照して、これらのプログラムから表形式の出力を取得し、
mcxdeblast スクリプトと --m9 オプションを使用してテーブルを MCL に追加します。
このスクリプトは、タンパク質検索レポート (BLASTP、FASTP、SSEARCH) をマルコフ レポートに変換します。
TribeMCL クラスタリングのマトリックス。
オプションは次のとおりです。
-o filename - 出力ファイル名 [デフォルトの STDOUT]
-f format - 検索結果の形式 (blast、fasta)
(ssearch は fasta 形式です)。 デフォルトはブラストです。
-w または --weight VALUE - E(0.0) ヒットのデフォルトの重みを変更します。
VALUE に (デフォルト = 200 (つまり 1e-200) )
-h - このヘルプ メニュー
さらに、コマンドラインで処理するファイル名を指定します。 ファイルがない場合
が指定されている場合は、STDIN 入力が想定されます。 これを指定するには、bp_search2tribe を実行します。
ファイル1 ファイル2 ファイル3
onworks.net サービスを使用してオンラインで bp_search2tribep を使用する
