これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bp_seqfeature_loadp です。
プログラム：
NAME
bp_seqfeature_load.pl - GFF を SeqFeature データベースにロードする
DESCRIPTION
任意の数の GFF または fasta 形式のファイル (または fasta が埋め込まれた GFF) を渡して、
特徴とシーケンスを SeqFeature データベースに追加します。 使用するデータベース (およびアダプター) は次のとおりです。
コマンドラインで指定します。 --create フラグを使用して、新しい SeqFeature データベースを作成します。
SYNOPSIS
bp_seqfeature_load.pl [オプション] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]
詳細については、「bp_seqfeature_load.pl --help」または「--man」を試してください。
OPTIONS
-d、--dsn
DBI データ ソース (デフォルト dbi:mysql:test)
-n、--名前空間
使用するテーブルプレフィックス (デフォルトは undef) 複数の独立したシーケンス機能を許可します
データベースを単一のデータベースに保存する
-s、--seqfeature
作成する SeqFeature のタイプ... RTSC (デフォルト Bio::DB::SeqFeature)
-a、--アダプター
使用するストレージ アダプタ (クラス) (デフォルトの DBI::mysql)
-v、-verbose
詳細な進行状況レポートをオンにします (デフォルトは true) これをオフにするには、--noverbose を使用します。
-f、--fast
高速読み込みを有効にします。 (デフォルトは 0) 一部のアダプターでのみ使用できます。
-T、--一時ディレクトリ
高速ロード用の一時ディレクトリを指定します (デフォルトの File::Spec->tmpdir())
-i、--ignore-seqregion
true の場合、GFF3 ファイル内の ##sequence-region ディレクティブを無視します (デフォルトでは、
地域ごとの特徴）
-c、--create
データベースを作成して再初期化します (デフォルトは false)。これにより、以前のデータベースが消去されます。
データベースの内容 (存在する場合)。
-u、--user
データベースに接続するユーザー
-p、--パスワード
データベースへの接続に使用するパスワード
-z、--zip
データベーステーブルを圧縮してスペースを節約します (デフォルトは false)
-S、--サブ機能
サブ機能のインデックス作成をオンにします (デフォルトは true) これをオフにするには、--nosubfeatures を使用します。
- まとめ
カバレッジ グラフの概要統計を生成します (デフォルトは false)。これは、
以前にロードされたデータベース、またはロード中に。 --create が指定されている場合、デフォルトは true になります。
中古。
-N、--nosummary
スペースとロード時間を節約するために、要約統計を生成しません (デフォルトは
--create が指定されていない場合は、このオプションを使用して要約統計を明示的にオフにします。
--create指定時)
--noalias-ターゲット
値が Target 属性の target_id である Alias 属性を作成しないでください (
フィーチャにはターゲット属性が含まれており、デフォルトではエイリアス属性が作成されます
その値は Target 属性の target_id です)
ご覧ください http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml GFF3については
フォーマット。 BioPerl は、##index-subfeatures ディレクティブを追加することで形式をわずかに拡張します。 セット
データベースがフィーチャの情報を取得できるようにしたい場合は、これを true 値に設定します。
トップレベルから独立した個々の部分（転写産物のエクソンなど）
機能：
##インデックス-サブ機能 1
サブ機能のインデックス作成をケースバイケースで制御することも可能です。
「index=1」または「index=0」をフィーチャの属性リストに追加します。 これのみを使用する必要があります
サブ機能用。
サブフィーチャーのインデックス作成はデフォルトで true です。 false (0) に設定すると、データベース領域を大幅に節約できます。
そしてスピード性能。 これを強制するには --nosubfeatures を使用できます。
onworks.net サービスを使用してオンラインで bp_seqfeature_loadp を使用する
