ChimeraSlayer - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

キメラスレイヤー - PCR 増幅された DNA 内のキメラの可能性を検出します

DESCRIPTION

ChimeraSlayer は、ほぼ全長と互換性のあるキメラ配列検出ユーティリティです。
サンガー配列と短い 454-FLX 配列 (約 500 bp)。

キメラ スレイヤーには、キメラ 16S にフラグを立てるために動作する次の一連のステップが含まれます。
rRNA 配列:

1. クエリ配列の末端が、含まれている参照データベースに対して検索されます。
キメラの潜在的な親を特定するためのキメラフリー 16S 配列

2. キメラの親候補は、最良の分岐を形成するものとして選択されます。
NAST 形式のクエリ配列に対するスコアリング アラインメント

3. クエリ配列の NAST アラインメントは、「キメラ対応」プロファイルで改善されます。
選択された参照親配列に対するベースの NAST 再アライメント

4. 進化的フレームワークを使用して、より大きな影響を示すことが判明したクエリ配列にフラグを立てます。
選択された配列のいずれか XNUMX つの間で形成された in silico キメラとの配列相同性
親シーケンスを参照します。

Chimera Slayer を実行するには、nast-ier によって生成された NAST 形式のシーケンスが必要です。
ユーティリティ。

ChimeraSlayer は、microbiomeutil スイートの一部です。

OPTIONS

必須
--query_NAST
アライメント形式のクエリシーケンスを含むmulti-fastaファイル

コマンドと オプション
--db_NAST
NAST 形式の db (デフォルト:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta)

--db_FASTA
fasta 形式 (megablast 形式) の db (デフォルト:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.fasta)

-n 比較する上位一致データベースシーケンスの数（デフォルトは15）

-R 最小発散比のデフォルト：1.007

-P 一致するシーケンス間の同一性の最小パーセント (デフォルト: 90)

技術パラメータ 〜へ 曲 キメラ親セレクター:
スコアリングパラメータ：

-M 一致スコア（デフォルト：+5）

-N 不一致のペナルティ（デフォルト： -4)

-Q データベースシーケンスの照合による最小クエリカバレッジ（デフォルト：70）

-T マルチプルアラインメントの最大トラバース（デフォルト：1）

技術パラメータ 〜へ 曲 キメラファイロチェッカー
--windowSize
デフォルトの50

--windowStep
デフォルトの5

--minBS
キメラを呼び出すための最小ブートストラップ サポート (デフォルト: 90)

--num_BS_replicates
デフォルト：100

--low_range_finer_BS
(デフォルト: 10) 計算された BS が minBS と (minBS - low_range_finer_BS) の間にある場合、
次に、num_finer_BS_replicates が計算されます。

--num_finer_BS_replicates
（デフォルト：1000）

-S ブートストラップを計算するためにブレークポイントの両側でサンプリングする SNP のパーセント
サポート (デフォルト: 10)

--num_parents_test
キメラをテストする潜在的な親の数 (デフォルト: 3)

--MAX_CHIMERA_PARENT_PER_ID
これを超える perID を持つキメラ/親アラインメントは非キメラとみなされます
(デフォルトは 100、オフになっています)

その他 オプション
--printFinalAlignments
クエリ配列と候補キメラ親のペア間のアライメントを示します

--printCSalignments
ChimeraSlayer の出力に ChimeraSlayer の位置合わせを印刷します

--exec_dir
実行前にここに chdir してください

onworks.net サービスを使用してキメラスレイヤーをオンラインで使用する