これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドclustalwです。
プログラム：
NAME
clustalw-核酸およびタンパク質配列のマルチプルアラインメント
SYNOPSIS
クラスター [-infile] ファイル拡張子 [OPTIONS]
クラスター [-助けて | -フルヘルプ]
DESCRIPTION
Clustal Wは、DNAまたはタンパク質の汎用マルチプルアラインメントプログラムです。
このプログラムは、多くのヌクレオチドまたはアミノ酸配列の同時アラインメントを実行します。 それ
通常はインタラクティブに実行され、メニューとオンラインヘルプを提供します。 使用したい場合
コマンドライン（バッチ）モードでは、いくつかのオプションを指定する必要があります。最小値は
-infile.
OPTIONS
DATA （シーケンス）
-infile =ファイル拡張子
入力シーケンス。
-profile1 =ファイル拡張子 & -profile2 =ファイル拡張子
プロファイル（古い配置）
動詞 （から もの）
-オプション
コマンドラインパラメータを一覧表示します。
-助けて or -小切手
コマンドラインパラメータの概要を説明します。
-フルヘルプ
完全なヘルプコンテンツを出力します。
-整列
完全なマルチプルアラインメントを行います。
-木
NJツリーを計算します。
-ピム
パーセント単位行列を出力します（ツリーの計算中）。
-ブートストラップ=n
NJツリーをブートストラップします（n=ブートストラップの数; def。 = 1000）。
-変換
入力シーケンスを別のファイル形式で出力します。
パラメーター （セットする もの）
設定：
-相互の作用
コマンドラインを読み、通常のインタラクティブメニューに入ります。
-クイックツリー
アライメントガイドツリーにはFASTアルゴリズムを使用します。
-type =
タンパク質 or DNA シーケンス。
-ネガティブ
マトリックス内の負の値とのタンパク質アラインメント。
-outfile =
配列アラインメントファイル名。
-出力=
GCG, GDE, フィリップ, PIR or NEXUS.
-outputorder =
入力 or 整列
-場合
LOWER or アッパー （GDE出力の場合のみ）。
-seqnos =
オフ or ON （Clustal出力の場合のみ）。
-seqnos_range =
オフ or ON （新規：すべての出力形式用）。
-範囲=m,n
書き込み開始のシーケンス範囲 m 〜へ m+n.
-maxseqlen =n
最大許容入力シーケンス長。
-静かな
コンソール出力を最小限に抑えます。
-stats =file
いくつかのアライメント統計をにログに記録します file.
尊大 ペアワイズ 配置：
-ktuple =n
ワードサイズ。
-topdiags =n
最良の診断の数。
-window =n
最高の診断の周りのウィンドウ。
-pairgap =n
ギャップペナルティ。
-スコア
パーセント or ABSOLUTE.
遅く ペアワイズ 配置：
-pwmatrix =
：タンパク質重量マトリックス=ブロッサム, PAM, ゴネト, ID or ファイル名
-pwdnamatrix =
DNA重量マトリックス=ブロッサムIUB、 ブロッサムCLUSTALWまたは ブロッサムファイル名。
-pwgapopen =f
ギャップオープニングペナルティ。
-pwgapext =f
ギャップ延長ペナルティ。
複数 配置：
-newtree =
新しいガイドツリーのファイル。
-usetree =
古いガイドツリーのファイル。
-マトリックス=
タンパク質重量マトリックス=ブロッサム, PAM, ゴネト, ID or ファイル名.
-dnamatrix =
DNA重量マトリックス=IUB, クラスタル or ファイル名.
-gapopen =f
ギャップオープニングペナルティ。
-gapext =f
ギャップ延長ペナルティ。
-エンゲージ
エンドギャップ分離ペンはありません。
-gapdist =n
ギャップ分離ペン。 範囲。
-ノギャップ
残基固有のギャップがあります。
-ノーギャップ
親水性のギャップがあります。
-hgapresidues =
親水性の解像度を一覧表示します。
-maxdiv =n
遅延のパーセントID。
-type =
タンパク質 or DNA
-transweight =f
遷移の重み付け。
-反復=
NONEを or TREE or 調整.
-numiter =n
実行する反復の最大数。
プロフィール 配置：
-プロフィール
プロファイルアライメントによってXNUMXつのアライメントをマージします。
-newtree1 =
profile1の新しいガイドツリーのファイル。
-newtree2 =
profile2の新しいガイドツリーのファイル。
-usetree1 =
profile1の古いガイドツリーのファイル。
-usetree2 =
profile2の古いガイドツリーのファイル。
シーケンス 〜へ プロフィール 配置：
-シーケンス
プロファイル2シーケンスをプロファイル1アラインメントに順次追加します。
-newtree =
新しいガイドツリーのファイル。
-usetree =
古いガイドツリーのファイル。
Structure 配置：
-nosecstr1
プロファイル1に二次構造ギャップペナルティマスクを使用しないでください。
-nosecstr2
プロファイル2に二次構造ギャップペナルティマスクを使用しないでください。
-secstrout =構造 or マスク or どちらも or NONEを
アライメントファイルに出力します。
-helixgap =n
らせんコア残基のギャップペナルティ。
-strandgap =n
ストランドコア残基のギャップペナルティ。
loopgap =n
ループ領域のギャップペナルティ。
-terminalgap =n
構造末端のギャップペナルティ。
-ヘリクセンディン=n
末端として扱われるヘリックス内の残基の数。
-helixendout =n
末端として扱われるらせんの外側の残基の数。
-strandendin =n
末端として扱われる鎖内の残基の数。
-strandendout =n
末端として扱われる鎖の外側の残基の数。
木：
-outputtree =nj OR フィリップ OR DIST OR ネクサス
-シード=n
ブートストラップのシード番号。
-木村
木村の訂正を使用してください。
-トスギャップ
ギャップのある位置は無視してください。
-bootlabels =
ツリー表示でのブートストラップ値の位置。
-クラスタリング=
NJまたはUPGMA。
onworks.netサービスを使用してclustalwをオンラインで使用する
