cmtk-convertx - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

Convertx - 画像ファイル形式とデータ型の間で変換します。

SYNOPSIS

convertx [オプション] infile outfile

DESCRIPTION

このツールは、画像ファイル形式とピクセル データ タイプの間で変換を行います。 それも応用できるよ
プロセス中の単純で汎用的な画像操作。 任意の数の操作
コマンドラインで指定でき、指定された順序で正確に適用されます。

OPTIONS

グローバル BHツールキット オプション （これら 　 shared by を CMTK ツール)
- 助けて
基本的なコマンドラインオプションのリストを標準出力に書き込みます。

--ヘルプ-オール
基本および高度なコマンドラインオプションの完全なリストを標準出力に書き込みます。

--ウィキ
コマンドラインオプションのリストをMediaWikiマークアップの標準出力に書き込みます。

- 男
マニュアルページのソースを「nroff」マークアップで標準出力に書き込みます。

- バージョン
ツールキットのバージョンを標準出力に書き込みます。

- エコー
現在のコマンドラインを標準出力に書き込みます。

--詳細レベル
詳細レベルを設定します。

-詳細, -v
詳細レベルを1増やします（非推奨。下位互換性のためにサポートされています）。

-スレッド
並列スレッドの最大数を設定します（POSIXスレッドおよびOpenMPの場合）。

画像/変換 データベース
--db
新しく作成されたもので更新する必要がある画像/変換データベースへのパス
画像。 [ディフォルト： なし]

入力 画像 コントロール
--セットパディング
パディング値を設定します。この値を持つ入力画像内のすべてのピクセルは無視されます。
その後のすべての操作で。

--unset-padding
パディング値の設定を解除します。後続のすべての操作で、すべてのピクセルが処理されます。
彼らの価値観に応じて。

-ラベル
イメージ値を個別のラベルとして扱うように指定します。 この結果は
NIfTI 形式の出力ファイルに設定される適切なインテント コード。

- グレー
イメージ値が連続グレー レベルとして扱われることを指定します。 この意志
NIfTI 形式から読み取られたファイル内のインテント コードをリセットします。

且つ タイプ 変換
- char
8ビット、符号付き整数

- バイト
8ビット、符号なし整数

- 短い
16ビット、符号付き整数

-ushort
16ビット、符号なし整数

-int
32ビット符号付き整数

--uint
32ビットの符号なし整数

- 浮く
32ビット浮動小数点

- ダブル
64ビット浮動小数点

値 マッピング
--マップ値
マッピング関数をピクセル値に適用します。 マッピングは次のように定義されます
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' 値 VAL0、VAL1 などを新しい値 NEWVAL にマップします。 もし
NEWVAL が指定されていないため、値はパディングに設定されます。

-- マップ値のみ
マッピング関数をピクセル値に適用し、マッピングされていないピクセルをパディングで置き換えます。
このような複数のマッピング ルールは、RULE0+RULE1[+...] として連結できます。 全て
連結されたルールは同時に適用されます。マッピングは次のように定義されます。
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' 値 VAL0、VAL1 などを新しい値 NEWVAL にマップします。 もし
NEWVAL が指定されていないため、値はパディングに設定されます。 このようなマッピング ルールは複数指定できます。
RULE0+RULE1[+...]として連結されます。 連結されたすべてのルールが適用されます
同時に。

--replace-padding
パディングされたピクセル データを指定された値に置き換えます。

--replace-inf-nan
すべての無限ピクセルと非数ピクセルを指定された値に置き換えます。

画像 反転
--フリップ-x
X 方向に沿って反転 (ミラー)

--フリップ-y
y 方向に沿って反転 (ミラー)

--flip-z
Z 方向に沿って反転 (ミラー)

画像 マスキング & しきい
- マスク
バイナリ マスク ファイル名: マスクが 0 であるすべての画像ピクセルを削除します。 マスクされたピクセル
ゼロには設定されず、現在設定されているパディングに置き換えられます。
価値。 強制的にゼロに設定するには、「--mask」の前に「--set-padding 0」を使用します。

--マスク反転
逆バイナリ マスク ファイル名は、マスクが 0 ではないすべての画像ピクセルを削除します。 を参照してください。
上記の「--mask」の下のパディングに関する注意事項も記載されています。

--thresh-below
しきい値を下回るすべての値をしきい値に設定します。

--thresh-above
しきい値を超えるすべての値をしきい値に設定します。

--thresh-below-to パディング
しきい値を下回るすべての値をパディング値に設定します。

--thresh-above-to-padding
しきい値を超えるすべての値をパディング値に設定します。

--binarize-thresh
しきい値未満のすべての値を 0 に設定し、しきい値以上のすべての値を 1 に設定します。

--乙脱穀物
Otsu の方法で計算されたしきい値を使用して画像を 0/1 に XNUMX 値化します。 引数は数値です
しきい値を計算するためのヒストグラム ビンの数。

--otsu-thresh-nbins
ユーザー定義のヒストグラム ビン数を使用した Otsu の方法を使用した二値化
閾値の計算。

--プルーンヒストグラム
「強度ヒストグラムの枝刈り」による閾値画像、つまり、指定された引数 n の場合
[ヒストグラム ビン] は、最高値と
最も低いボクセルは閾値処理されます。

--プルーン-ヒストグラム-高
「--prune-histograms」と似ていますが、高強度のみを削除します。

--プルーン-ヒストグラム-低
「--prune-histograms」と似ていますが、低強度のみを削除します。

変換
--スケールから範囲まで
バイトに変換する前に、イメージの強度を「from:to」の範囲（たとえば、「0:255」）にスケールします。
データ。

--ヒストグラム均等化
ヒストグラム等化を適用します。

--histogram-equalization-nbins
ヒストグラム等化を適用するビンの数。

--マッチヒストグラム
引数として指定された画像内の分布に一致するように強度を変換します。
このコマンドの場合。

--match-mean-sdev
強度の平均分布と標準分布に一致するように強度をスケールします。
このコマンドの引数として指定されたイメージ。

形態学的 業務執行統括
-元に戻す
バイナリ マスクを元に戻します。つまり、前景と背景を交換します。

--侵食
形態的浸食演算子 (ピクセル単位)

--拡張する
形態学的拡張演算子 (ピクセル単位)

--侵食距離
形態的侵食演算子 (距離による)。 多くの場合、異方性データに適しています。

--erode- distance-multilabel
マルチラベル マップの形態的侵食演算子 (距離による)。 結果は次のようになります
インデックスに応じて、バイト、unsigned short、または unsigned int データのいずれか
入力内で使用されている最大のラベル。

--拡張距離
形態学的拡張演算子 (距離による)。 多くの場合、異方性の場合に適しています
データ。

--接続されたコンポーネント
コンポーネント サイズを小さくして領域に番号を付けた接続コンポーネント マップを作成する

--境界マップ
境界マップの作成

--マルチ境界マップ
多値境界マップの作成

--距離マップ
符号なしユークリッド距離マップを計算します。 入力画像はバイナリマスクとして解釈されます。

-- 署名付き距離マップ
符号付き (内側 = 負、外側 = 正) ユークリッド距離マップを計算します。

フィルタ 業務執行統括
--メディアンフィルター
メディアンフィルター。 この操作では、フィルター半径をピクセル単位でパラメータとして受け取ります。 あ
単一の整数は、XNUMX 次元すべてのカーネル半径を定義します。 カンマ XNUMX つ
区切られた整数は、XNUMX つの次元の個別の半径を定義します。

-- 平均フィルター
地域平均フィルター。 この操作では、フィルタ半径をピクセル単位で取得します。
パラメータ。 単一の整数が XNUMX 次元すべてのカーネル半径を定義します。 三つ
カンマ区切りの整数は、XNUMX つの次元の個別の半径を定義します。

--高速平均フィルター
地域平均フィルター (高速、線形時間の実装)。 この操作には、
パラメーターとしてフィルター半径をピクセル単位で指定します。 単一の整数でカーネル半径を定義します
XNUMX次元すべてにおいて。 XNUMX つのカンマ区切りの整数は、
三次元。

--分散フィルター
地域差異フィルター。 この操作では、フィルタ半径をピクセル単位で取得します。
パラメータ。 単一の整数が XNUMX 次元すべてのカーネル半径を定義します。 三つ
カンマ区切りの整数は、XNUMX つの次元の個別の半径を定義します。

--fast-variance-filter
高速 (線形時間) 地域分散フィルター。 この操作ではフィルター半径が使用されます。
パラメータとしてピクセル単位で指定します。 単一の整数が XNUMX つすべてのカーネル半径を定義します。
寸法。 XNUMX つのカンマ区切りの整数は、XNUMX つの別々の半径を定義します。
寸法

--サードモーメントフィルター
地域的な XNUMX 番目のモーメント フィルター。 この操作では、フィルタ半径をピクセル単位で取得します。
パラメータ。 単一の整数が XNUMX 次元すべてのカーネル半径を定義します。 三つ
カンマ区切りの整数は、XNUMX つの次元の個別の半径を定義します。

-- 標準偏差フィルター
地域標準偏差フィルター。 この操作ではフィルター半径をピクセル単位で取得します。
パラメータとして。 単一の整数が XNUMX 次元すべてのカーネル半径を定義します。
XNUMX つのカンマ区切りの整数は、XNUMX つの次元の個別の半径を定義します。

--滑らかさフィルター
地域の「滑らかさ」フィルター。 この操作では、フィルタ半径をピクセル単位で取得します。
パラメータ。 単一の整数が XNUMX 次元すべてのカーネル半径を定義します。 三つ
カンマ区切りの整数は、XNUMX つの次元の個別の半径を定義します。

--ガウスフィルターシグマ
ガウス カーネルを使用して画像をフィルター処理します。 この操作は XNUMX つの実数値を受け取ります。
パラメータ。カーネル係数シグマをワールド単位 [例: mm] で指定します。
パラメータ。

--ガウスフィルター-fwhm
ガウス カーネルを使用して画像をフィルター処理します。 この操作は XNUMX つの実数値を受け取ります。
パラメータ。カーネルの半値全幅をワールド単位で指定します。
[例: mm]。

--ラプラスフィルター
エッジ強調ラプラシアン カーネルを使用して画像をフィルター処理します。

グリッド 業務執行統括
--ダウンサンプル選択
軸ごとの係数「Fx、Fy、Fz」を使用するか、単一の値を使用して、ピクセル選択によってイメージをダウンサンプリングします。
因子「Fxyz」

--ダウンサンプル平均
軸ごとの係数「Fx、Fy、Fz」を使用して平均するか、単一の値を使用して画像をダウンサンプリングします。
因子「Fxyz」

-リサンプル
画像の視野を維持しながら、画像をほぼ等方性のピクセルにリサンプリングします。
引数を XNUMX つとります。ワールド単位でのターゲット解像度 [例: mm]

--リサンプル-正確
を一致させながら、指定された解像度の正確に等方性ピクセルに画像をリサンプリングします。
画像の視野をできるだけ近づけます。 引数を XNUMX つ取り、ターゲットの解像度を指定します。
ワールド単位 [例: mm]

--インデックスによるクロップ
次のように指定された XNUMX つのグリッド インデックス座標のセットで指定された領域に画像を切り抜きます。
comma-separated integers x0,y0,z0,x1,y1,z1

--しきい値による切り抜き
指定されたしきい値によって決定された領域に画像をトリミングします。 結果として得られる画像は、
指定されたパラメータよりも大きいすべてのピクセルが含まれます。

--しきい値による書き込み領域の切り取り
指定されたしきい値によって決定された領域に画像をトリミングし、トリミング領域を次のように書き込みます。
標準出力。

--しきい値によるクロップ-書き込み-xform
指定されたしきい値によって決定された領域に画像をトリミングし、トリミングを書き込みます
標準出力への変換。

作者

Torsten Rohlfing、Michael P. Hasak、Greg Jefferis、CalvinR​​からの寄稿。
Maurer、Daniel B. Russakoff、およびYaroslav Halchenko

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