これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレータ、MAC OSオンラインエミュレータなど、複数の無料オンラインワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドcmtk-interleaved_bad_slicesです。
プログラム:
NAME
interleaved_bad_slices - インターリーブされた画像の時系列から不良スライスを見つける(例:
安静時のfMRIシリーズ)。
SYNOPSIS
インターリーブされた不良スライス ImagePath
DESCRIPTION
このツールは、3D 画像の時系列を読み取り、外れ値を検出します。
OPTIONS
Global BHツールキット オプション (これら shared by を CMTK ツール)
- 助けて
基本的なコマンドラインオプションのリストを標準出力に書き込みます。
--ヘルプ-オール
基本および高度なコマンドラインオプションの完全なリストを標準出力に書き込みます。
--ウィキ
コマンドラインオプションのリストをMediaWikiマークアップの標準出力に書き込みます。
- 男
マニュアルページのソースを「nroff」マークアップで標準出力に書き込みます。
- バージョン
ツールキットのバージョンを標準出力に書き込みます。
- エコー
現在のコマンドラインを標準出力に書き込みます。
--詳細レベル
詳細レベルを設定します。
-詳細, -v
詳細レベルを1増やします(非推奨。下位互換性のためにサポートされています)。
-スレッド
並列スレッドの最大数を設定します(POSIXスレッドおよびOpenMPの場合)。
入力 オプション
--スライスの方向
拡散画像のスライス方向を定義します。 サポートされている値: 「軸方向」、
「矢状」、「冠状」、「スライス-x」、「スライス-y」、「スライス-z」。デフォルトは「軸方向」です。
または、次のいずれかを使用します。
-軸
軸方向スライス [この is ディフォルト]
-矢状
矢状スライス
-冠状
冠状スライス
--スライス-x
X座標軸はスライス方向です
--スライス-y
Y座標軸はスライス方向です
--スライス-z
Z座標軸はスライス方向 [この is ディフォルト]
悪い スライス 検出
- メトリック
隣接するスライスを比較するための画像間の類似度メトリック。サポートされる値:
"ncc"、"rms"(デフォルトは "ncc")、または次のいずれかを使用します。
--ncc
正規化された相互相関。 [この is ディフォルト]
--rms
平均二乗差の根。
--stdev-thresh
強度標準偏差を単位とした不良スライス識別のしきい値
残りの拡散画像からの対応するすべてのスライス。 [ディフォルト: 3]
出力 オプション
--bad-slices-thresh
ボリュームを報告する前に検出された不良スライスの最小数(
この場合、各スライスを個別に報告するのではなく、検出された不良スライス全体が報告されます。
[ディフォルト: 0]
作者
Torsten Rohlfing、Michael P. Hasak、Greg Jefferis、CalvinRからの寄稿。
Maurer、Daniel B. Russakoff、およびYaroslav Halchenko
onworks.net サービスを使用して、cmtk-interleaved_bad_slices をオンラインで使用する