これは、Ubuntuオンライン、Fedoraオンライン、Windowsオンラインエミュレータ、MAC OSオンラインエミュレータなど、複数の無料オンラインワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドcmtkです。
プログラム：
NAME
cmtk - 計算形態計測ツールキット
SYNOPSIS
センチック 【オプション】
DESCRIPTION
このヘルパー スクリプトは、CMTK によって提供されるすべてのコマンド ライン ツールへの統一されたアクセスを提供します。
実行するCMTKのコマンドとそのオプションを指定してください。 cmtk- （1） マンページまたは
の出力 センチック - 助けて のために特定のオプション
コマンド
アセグメント
アフィンに続いて非剛体Bスプラインを使用して、ターゲット画像をアトラスに登録します
登録してから、アトラスラベルマップをターゲット画像に再フォーマットします。
asegment_sri24
SRI24 ヒューマンブレインアトラスの選択したチャンネルに対象画像を登録し、
アトラス ラベル マップの XNUMX つをターゲット イメージに再フォーマットします。 注: と仮定しています。
ターゲット画像は頭蓋骨が取り除かれており、脳のみが含まれています。
平均アフィン
このツールは、ユーザーが指定した一連のアフィン座標の平均を計算します。
変換。
平均画像
このツールはピクセル単位の平均、分散、標準偏差、Zスコア、または
ユーザーが提供する強度画像のリストからのエントロピー画像。
平均ラベル
部分ボリュームを使用した平均同時登録ラベル画像
平均広告
アクティブ関数を使用して平均形状平均強度画像と変形マップを計算する
変形モデル。
連結アフィン
このツールは、複数のアフィン座標の明示的な連結を計算します。
変換。それぞれの変換はオプションで反転できます。
変換_ワープ
このツールは、非剛体Bスプラインの自由形式の変形座標を
異なる表現間の変換（例：絶対表現と相対表現）
ベクトル）。また、分数変換も作成します。
変換x
このツールは、画像ファイル形式とピクセル データ タイプの間で変換を行います。 それも応用できるよ
プロセス中に単純で汎用的な画像操作を実行する。任意の数の
操作はコマンドラインで指定することができ、それは正確に
命令が下されました。
dbツール
このツールは、画像と画像間の変換のデータベースを変更および照会します。
それら。
dcm2画像
DICOM スライスのセットを 3D 画像スタックに結合します
説明する
このツールは、入力ファイルの詳細な説明を画像または
変換。
ストライプを剥がす
このプログラムは、取得した画像スタック内の縞模様のアーティファクトを修正します。
スライス間の強度スケールの違い。
detect_adni_phantom
このツールは、3D画像内のすべての球状ランドマークの位置を検出します。
Magphan EMR051 構造イメージング ファントム (別名 ADNI ファントム)。
detect_spheres_matched_filter
このツールは、XNUMX 次元画像内の球体オブジェクトを検出します。
dof2mat
アフィン変換を自由度表現から行列形式に変換する
dwi_mask_bad_slices
このツールは、3D拡散強調MR画像セットを読み取り、不良スライスを検出します。不良スライスは、
拡散画像におけるスライスは、平均強度が範囲外にあるスライスとして検出されます。
対応するスライスの平均の周りの指定された間隔
残りの拡散画像。
エピウンワープ
エコープラナー画像におけるB0磁場不均一性による歪みを修正する（例：
反対位相エンコーディングで取得した2枚の画像を用いた拡散強調画像
行き方。
fib2image
UNCファイバートラッキングツールからのファイバートラッキング結果は標準入力から読み取られます
すべてのファイバーポイントが3D画像に描画されます。結果は、
サポートされている画像ファイル形式。
ファイバーフォーム
UNCファイバートラッキングツールからのファイバートラッキング結果を含むファイルは、
標準入力と1つ以上の（連結された）座標変換が適用される
すべてのファイバーポイント座標に結果が書き込まれます。結果は標準出力に書き込まれます。
UNC ファイバー ファイル形式。
映画 このツールは、インターリーブされた入力画像をパス画像に分割し、それらを共位置合わせし、
動き補正された画像を再構築する
filter
このツールは、空間フィルタリング演算子を適用します。これには、コンテンツに敏感な演算子も含まれます。
選択的ガウスカーネルに基づく演算子。
fit_affine_dfield
線形アフィン変換を非剛体変換（Bスプライン）に適合させる
自由形式の変形または非パラメトリック変形フィールド。
fit_affine_xform
線形アフィン変換を、連結された (オプションで反転された) リストに当てはめます。
変換。
fit_affine_xform_landmarks
線形アフィン変換を一致したランドマークのセットに適合させます。
fit_spline_dfield
パラメトリック非剛体変換（Bスプライン自由形状変形）を
変形場
fit_spline_xform
パラメトリック非剛体変換（Bスプライン自由形状変形）をリストに適合させる
連結され、オプションで反転された変換。
ビュー
ジオマッチ
このツールは2枚以上の画像を読み取り、グリッド寸法、ピクセル
サイズ、画像から空間への変換が一致している。オプションで、すべての画像が
テストを実行する前に、標準の向きに再配置してください。すべての画像が一致する場合、
ツールは終了コード0で戻り、そうでない場合は終了コード2で戻ります。
エラーが発生した場合（例えば、画像の 1 つを読み取れない場合）、終了コードは XNUMX になります。
グルム 一般線形回帰モデルを用いた複数画像におけるピクセル強度の統計モデル化
モデル。
gmm ガウス混合のEMアルゴリズムを使用して画像をcクラスに分割します。
オプションの事前確率。
gregxform
このツールは廃止されました。 代わりに streamxform を使用してください。
グループワイズアフィン
このツールは、テンプレートなしで入力画像の集団を同時に登録します。
「凝固」アルゴリズムまたはグループごとの類似度測定を使用して、
相互情報量の連続近似（「RMI」）。
グループワイズ初期化
入力画像のグループの初期アフィン位置合わせを計算します。これは、
グループごとに登録するための入力
グループワイズワープ
このツールは、入力画像の母集団を同時に非剛体的に登録します。
テンプレート、「凝固」アルゴリズムまたはグループごとの類似度測定のいずれかを使用する
相互情報量の連続近似（「RMI」）に基づいています。
ハウスドルフ
このツールは、XNUMX つのラベル イメージ間のハウスドルフ距離を計算します。
ヒストグラム
画像強度のヒストグラムを作成し、タブ区切りのテキストファイルとして書き込む
標準出力
イメージマス
スタックベースの後置表記を使用してイメージに対する操作を実行します。
インターリーブされた不良スライス
このツールは、3D 画像の時系列を読み取り、外れ値を検出します。
反復形状平均化
ジドブ このツールは、インターリーブされた入力画像をパス画像に分割し、それらを共位置合わせし、
動き補正された画像を再構築する
レベルセット
最小地域分散を用いたレベルセット型前景/背景セグメンテーション
エネルギー
lmsba
このツールは、共登録された複数のマルチクラスセグメンテーションと
局所的に重み付けされた形状ベースの平均化を使用してアトラスを再フォーマットしました。
lsba このツールは、同時登録され再フォーマットされた複数のバイナリ セグメンテーションを結合します。
ローカルで重み付けされた形状ベースの平均化を使用するアトラス。
lvote
このツールは、共同登録され再フォーマットされたアトラスの複数のセグメンテーションを組み合わせます
地域重み付け投票を使用します。
make_initial_affine
質量中心または主軸を揃えて初期アフィン変換を計算します
mat2dof
変換行列を自由度に変換する
マカフィン
ヒストグラムベースまたは共分散ベースを用いたマルチチャンネルアフィン画像登録
結合エントロピー測定
マクワープ
ヒストグラムベースまたは
共分散ベースの結合エントロピー測定
mk_adni_phantom
ADNI構造画像校正ファントム（別名Magphan）の画像を生成する
EMR051)。
mk_analyze_hdr
ユーザー指定のパラメータに基づいて、Anazye 7.5 形式に従ってヘッダー ファイルを作成します。
ジオメトリ、データ型、向きなど。
mk_nifti_hdr
ユーザーが指定したパラメータに基づいて、NIFTI ファイル形式に従ってヘッダー ファイルを作成します。
ジオメトリ、データ型、向きなど。
mk_phantom_3d
選択した描画コマンドを使用して 3D デジタル ファントム画像を生成
バイアス
このプログラムはバイアスを使用してMR画像の強度不均一性アーティファクトを修正します。
エントロピー最小化によって推定されたフィールド。
オーバーラップ
XNUMX つ以上の画像間の重複測定を計算する
プローブ
このツールは、ユーザーが提供した画像のリストにピクセル値または記号ラベルを印刷します。
座標。
ピクセルサーチ
このツールは画像ファイルと標準のピクセル座標のリストを読み取ります。
入力された各ピクセルについて、画像内の局所近傍が検索され、
最大値。最大値の位置が標準出力に書き込まれます。
再フォーマット
再フォーマットされたイメージとヤコビアン マップを計算するための拡張ボリューム リフォーマッタ ツール
連結された変換の任意のシーケンス
登録
このプログラムは、多重解像度を使用してリジッドでアフィンな画像レジストレーションを実行します
ボクセルベースの画像類似性測定の最適化。
登録x
このプログラムは、多重解像度を使用してリジッドでアフィンな画像レジストレーションを実行します
ボクセルベースの画像類似性測定の最適化。
退行する
変形フィールドと画像の線形 (および高次多項式) 回帰。
向きを変える
画像の向きを変換する、つまり、物理的にピクセル配列を並べ替えて適応させる
保存された解剖学的方向情報
スバ ユークリッド距離変換を用いた平均セグメンテーション（ラベルフィールド）。すべて
入力画像は同じ空間になければなりません。EDTもこの空間で計算されます。
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 基礎となるアルゴリズムの詳細については、
スバイ ユークリッド距離変換を用いた平均セグメンテーション（ラベルフィールド）。これは
ツールはEDTから補間することでジョイント補間と平均化を実行します。
入力は同じ固定から（必ずしもそうではない）への変換であることが必要である。
異なる動画。EDT 計算は各動画の空間で行われます。
詳細はこちら： http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 詳細については
アルゴリズム。
シーケンス
標準入力から読み込んだ数値の並びを解析します。
類似
強度差やラベルの重複などの類似度を計算します。
2つの画像。
split
ボリュームイメージをサブイメージに分割する、つまりインターリーブされたイメージをパスに分割する
統計
画像ピクセル強度の統計計算、すなわち平均値と標準偏差
偏差
stream_pixels
このツールは XNUMX つ以上の画像を読み取り、そのすべてのピクセルを標準出力に書き込みます。
バイナリ形式。 オプションで、各画像の向きを指定した解剖学的方向に再設定できます。
方向や異なるデータ型に変換されます。これはパイプ処理に便利です。
Camino DTI ツールキットなどのパイプラインを介して画像データを取得します。
ストリームフォーム
標準入力からASCII形式の点座標リストが読み込まれ、ユーザーが
座標変換のシーケンス（それぞれオプションで反転可能）が適用される
変換されたポイントは標準出力に書き込まれます。
単純な
画像の近似対称面を計算して、例えば、
人間の脳画像の正中矢状面。様々な形式の出力がサポートされています。
例えば、対称面を描画した入力画像を書き込む、または入力
対称面に沿って再配置された画像。
シンプレクス
画像の近似対称面を計算して、例えば、
人間の脳画像の正中矢状面。様々な形式の出力がサポートされています。
例えば、対称面を描画した入力画像を書き込む、または入力
対称面に沿って再配置された画像。
テスト
統計的有意性のピクセルごとのテスト。 相関と Z スコアも計算します
分割されていない
別々の画像スタックを単一のインターリーブ画像ボリュームに結合します
unwarp_image_phantom
このツールは多項式変換またはBスプライン自由形式を計算します
画像の歪みを矯正する変形。この変換は、予測値と検出された値に基づいて行われる。
同じスキャナで取得した構造ファントムの画像におけるランドマーク。
画像内のADNIファントムのランドマークを検出するための「detect_adni_phantom」ツールと
このツールで使用するのに適したファントム記述ファイルを生成します。
vol2csv
このツールはラベル画像内の領域の体積を計算します。オプションで、
密度マップ（例えば、異なる組織）を作成し、領域ごとに計算して印刷します。
それぞれのコンテンツ。また、このツールはオプションで「ピクセルボリューム」マップも受け入れることができ、
たとえば空間歪みによる局所的なピクセルボリュームの変化。
ボリューム注入
複数の共登録された（低解像度）画像から高解像度のボリュームを再構築する
前方ボリューム注入を使用した画像
ボリューム再構築
逆補間を用いた共位置合わせ画像からの反復ボリューム再構成
または関節のぼやけの除去
vtkxフォーム
ASCII 形式の VTK ファイルは、標準入力およびユーザー指定の座標から読み取られます。
頂点座標に（反転も可能）変換が適用される。VTK
変換されたポイントを含むファイルが標準出力に書き込まれます。
ワープ このプログラムは、マルチ解像度最適化を使用して非剛体画像の位置合わせを実行します。
ボクセルベースの画像類似度尺度と多重解像度Bスプライン
変換モデル。
ワープ2ps
視覚化のために変形フィールドを PostScript 形式の変形グリッドとして書き込み、
イラスト
ワーピクセル
このプログラムは、マルチ解像度最適化を使用して非剛体画像の位置合わせを実行します。
ボクセルベースの画像類似度尺度と多重解像度Bスプライン
変換モデル。
xform2dフィールド
パラメトリックな剛体または非剛体変換を変形フィールドに変換します。
特定の参照画像のピクセル位置
xform2itk
このツールは座標変換をCMTK形式からITK形式に変換し、
プロセスでは、画像座標規則の違いも修正します
xform2スカラー
このツールは、変換と変形フィールドからスカラー測定値を抽出します。
グリッド位置でサンプリングし、その結果を画像に書き込みます。サポートされている例
スカラーの尺度は、変換のx、y、z成分、
変換、およびヤコビ行列式。
作者
Torsten Rohlfing、Michael P. Hasak、Greg Jefferis、CalvinRからの寄稿。
Maurer、Daniel B. Russakoff、およびYaroslav Halchenko
onworks.net サービスを使用して cmtk をオンラインで使用する
