これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド cmtk-unwarp_image_phantom です。
プログラム：
NAME
unwarp_image_phantom - ファントムに基づいて画像のワープを解除するための変換を作成する
説明
SYNOPSIS
unwarp_image_phantom 入力ファントム入力画像出力Xform
DESCRIPTION
このツールは、多項式変換または B スプラインの自由形式の変形を計算して、
画像をゆがめます。 変換は、予測され検出されたランドマークに基づいています。
同じスキャナーで取得した構造ファントムの画像。 「detect_adni_phantom」を使用する
画像内の ADNI ファントムのランドマークを検出し、ファントムを生成するツール
このツールでの使用に適した記述ファイル。
OPTIONS
グローバル BHツールキット オプション （これら shared by を CMTK ツール)
- 助けて
基本的なコマンドラインオプションのリストを標準出力に書き込みます。
--ヘルプ-オール
基本および高度なコマンドラインオプションの完全なリストを標準出力に書き込みます。
--ウィキ
コマンドラインオプションのリストをMediaWikiマークアップの標準出力に書き込みます。
- 男
マニュアルページのソースを「nroff」マークアップで標準出力に書き込みます。
- バージョン
ツールキットのバージョンを標準出力に書き込みます。
- エコー
現在のコマンドラインを標準出力に書き込みます。
--詳細レベル
詳細レベルを設定します。
-詳細, -v
詳細レベルを1増やします（非推奨。下位互換性のためにサポートされています）。
-スレッド
並列スレッドの最大数を設定します（POSIXスレッドおよびOpenMPの場合）。
フィッティング オプション
--fit-inverse
逆変換を当てはめます (実際のランドマークの位置を予想される位置にマッピングします)。 これは
を使用せずに (「reformatx」を使用して) ヤコビ体積補正マップを計算するのに役立ちます。
フィッティングされた歪みのない変換を数値的に反転する必要があります。
--フィットフォワード
適合順変換 (実際のランドマークの場所に予想されるマッピング)。 これは
再スライス (「reformatx」を使用) によって画像を修正するのに役立ちます。 [この is
ディフォルト]
変換 Models
- スプライン
B スプライン フリーフォーム変形に適合します。
--ポリ
多項式変換を当てはめます。 [この is ディフォルト]
多項式 フィッティング オプション （with --ポリ)
- 程度
適合多項式変換の次数。 [ディフォルト： 4]
Bスプライン フィッティング オプション （with - スプライン）
--final-cp-spacing
出力Bスプライン変換の最終制御点グリッド間隔。 [ディフォルト： 0]
--final-cp-dims
出力 B- の最終的なコントロール ポイントのグリッド ディメンション (つまり、コントロール ポイントの数)
スプライン変換。 'dimX、dimY、dimZ'として提供されます。 [ディフォルト： なし]
-レベル
マルチレベルBスプライン近似手順のレベル数。 [ディフォルト： 1]
-- レベルごとの反復
マルチレベルのレベルごとのスプライン係数更新反復の最大数
B スプライン近似手順。 [ディフォルト： 100]
--rms-しきい値
RMS フィッティング残差の相対的な改善のしきい値。 フィッティングの繰り返し
(rmsAfterUpdate - rmsBeforeUpdate)/rmsBeforeUpdate < しきい値の場合は終了します。
[ディフォルト： 0]
--適合しないアフィン
スプラインを初期化するためのアフィン変換のフィッティングを無効にします。 代わりに、フィット スプライン
直接。 これは通常、より悪い結果をもたらすため、推奨されません。
作者
Torsten Rohlfing、Michael P. Hasak、Greg Jefferis、CalvinRからの寄稿。
Maurer、Daniel B. Russakoff、およびYaroslav Halchenko
onworks.net サービスを使用してオンラインで cmtk-unwarp_image_phantom を使用する
