これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド codonw です。
プログラム：
NAME
codonw - コドン使用の対応分析
DESCRIPTION
codonW [inputfile] [outputfile] [bulkoutfile] [options] 一般的なオプションとデフォルト:
-h（エル・P）
このヘルプメッセージは
-nomenu
メニューインターフェイスが表示されないようにする
-ノワーン
表示されるシーケンスに関する警告を防止する
-サイレント
ファイルをサイレントに上書きする
-合計
入力ファイル内のすべての遺伝子を連結します
-機械
機械可読出力
-人間 人間が読める形式の出力
-コード N
メニュー 3 オプション 5 で定義された遺伝コード
-f_type N
メニュー 3 オプション 6 で定義された Fop/CBI コドン
-c_type N
メニュー 3 オプション 7 で定義された Cai フィットネス値
-t （char）
出力ファイルで使用される列区切り文字 (カンマ、タブ、スペース)
コドン使用インデックスとアミノ酸インデックス
-カイ コドン適応指数 (CAI) を計算する
-ホップ OPtimal コドンインデックス (FOP) の頻度を計算します。
-cbi コドンバイアスインデックス (CBI) を計算する
-enc 有効コドン数 (ENc)
-gc 遺伝子の G+C 含有量 (3 つのコドン位置すべて)
-gcs3 同義コドン 3 位の GC
-sil_base
同義の XNUMX 番目のコドン位置の塩基組成
-L_sym 同義コドンの数
-L_aa 同義コドンと非同義コドンの総数
-all_indices
上記のすべての指数
-アロ タンパク質の芳香族性を計算する
-ハイドロ タンパク質の疎水性の計算
-cai_file
{file} CAI 値のユーザー入力ファイル
-cbi_file
{file} CBI 値のユーザー入力ファイル
-fop_file
{file} FOP 値のユーザー入力ファイル
コレスポンデンス分析 (COA) オプション
-coa_cu
コドン使用頻度のCOA
-coa_rscu
相対同義コドン使用の COA
-coa_aa
アミノ酸の使用頻度のCOA
-coa_expert
COA に関する詳細な (専門的) 統計を生成します。
-coa_axes N
記録する軸数を選択してください
-coa_num N
最適なコドン値を特定するために使用する遺伝子の数を選択します。値は整数にすることもできます
数値またはパーセンテージ (5 または 10%)
一括出力オプション | 分析ごとに XNUMX つだけ選択できます
-ああ アミノ酸使用量 (AAU)
-ラーアウ 相対アミノ酸使用量 (RAAU)
-cu コドン使用率 (CU) (デフォルト)
-カタブ コドン使用頻度の表
-カットット データセットのコドン使用量の表作成
-rscu 相対同義コドン使用法 (RSCU)
-ファスト ファスタフォーマット
-几帳面 ファスタフォーマット
-読者
リーダー形式 (コドンはスペースで区切られます)
-transl
DNA からアミノ酸への概念的な翻訳
-ベース コドンG+C構成の詳細レポート
-ディヌク XNUMX つのコドン位置のジヌクレオチドの使用。
-noblk ファイルに書き込む一括出力はありません
ここで、{file} は入力ファイル名を表し、N は整数値を表します。 制御された終了 <>
onworks.net サービスを使用してオンラインで codonw を使用する
