これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド コンセです。
プログラム：
NAME
cons - マルチプルアラインメントからコンセンサス配列を作成します
SYNOPSIS
短所 -シーケンス シーケンスセット [-データファイル マトリックス] [-複数 フロート] [-身元 整数]
[-setcase フロート] -outseq セクアウト [-名前 string]
短所 -助けて
DESCRIPTION
短所 EMBOSS（「EuropeanMolecular Biology OpenSoftware」のコマンドラインプログラムです。
スイート"）。 これは、「Alignment:Consensus」コマンド グループの一部です。
OPTIONS
入力
-シーケンス シーケンスセット
配列アラインメントを含むファイル。
-データファイル マトリックス
これは、シーケンスを比較するときに使用されるスコアリングマトリックスファイルです。 デフォルトでは、
ファイル「EBLOSUM62」（タンパク質の場合）またはファイル「EDNAFULL」（核酸配列の場合）。 これらは
ファイルは、EMBOSSインストールの「data」ディレクトリにあります。
NEW
-複数 フロート
肯定的な一致の数のカットオフを設定します。これを下回るとコンセンサスが得られません。
デフォルトの複数は、
アライメント。 デフォルト値: @( $(sequence.totweight) / 2)
-身元 整数
サイトで必要な ID の数を設定する機能を提供します。
その場で合意を得る。 したがって、これを次の数に設定すると、
アラインメント内の配列は、アイデンティティの列のみがコンセンサスに寄与します。
-setcase フロート
陽性一致のしきい値を設定します。このしきい値を超えるとコンセンサスは大文字になります。
その下ではコンセンサスが小文字で表示されます。 デフォルト値: @(
$(sequence.totweight) / 2)
出力
-outseq セクアウト
-名前 string
onworks.net サービスを使用してオンラインで conse を使用する
