これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドcontig_drawpです。
プログラム：
NAME
search_overview-SearchIOパーサーレポートを単純な概要グラフィックにレンダリングします
SYNOPSIS
search_overview -i ファイル名 [-f 形式] [-o 出力ファイル名] [--labels]
DESCRIPTION
このスクリプトは、Bio :: SearchIOの解析可能なレポートを取得し、それを単純なものに変換します
レポートの概要図。 私たちの目的のために、BLASTとBLASTを想定しています
色を割り当てるときのスコア。 出力はPNG形式のファイルです。
これは、過度にカスタマイズされたスクリプトを意図したものではなく、おそらく
レポートをすばやく汚く見るか、より複雑な開始点のいずれか
実装
色は、現在NCBIスキームに固定されているヒットスコアによって決定されます
このように見えます
赤E = 200
パープル80-200
グリーン50-80
ブルー40-50
ブラックE 40
オプション：
-i /-input入力ファイル名。それ以外の場合、入力はSTDIN -o / -outputから想定されます。
出力ファイル名。これはオプションです。
スクリプトがファイルを作成する出力ファイル名を指定します
クエリシーケンスの名前を使用して処理します
ファイル内のすべてのシーケンス。 出力ファイル名の場合
スクリプトが画像のみを表示する場合
最初のXNUMXつ。
-f /-format提供されていない場合、使用するSearchIOフォーマットパーサー
SearchIOは、ファイル拡張子に基づいて推測します。
-l /-labelsヒットシーケンス名をラベルとして概要に表示します。
多くのシーケンスでは、これにより画像が非常に長くなります
そのため、デフォルトではオフになっています。
著者 ジェイソン スタジッチ
Jason Stajich、jason [-at-] open-bio [-dot-] org。
onworks.netサービスを使用してcontig_drawpをオンラインで使用する
