dcmstack - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

dcmstack - DICOM から NIfTI へのコンバーター

DESCRIPTION

使用法: dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]

[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--voxel-order VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--vector-var VECTOR_VAR] [--time-order TIME_ORDER] [--vector-order VECTOR_ORDER]
[-l] [--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR] [--extract-private] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--default-regexes] [-v] [--strict] [--version]
[src_dirs [src_dirs ...]]

各ソース ディレクトリの DICOM ファイルを 2D から 5D ボリュームにスタックし、オプションで抽出します
メタデータ。

ポジショナル 引数：
src_dirs
DICOM ファイルを含むソース ディレクトリ。

任意 引数：
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します

入力 オプション：
--強制読み取り
プリアンブルが欠落している場合でも、すべてのファイルを DICOM として読み取ってみてください。

--ファイル拡張子 ファイル_EXT
指定された拡張子のファイルのみを読み込もうとします。 デフォルト: .dcm

--allow-ダミー
ピクセル データが欠落している DICOM ファイルを許可し、出力のそのスライスを埋めます
表現可能な最大値を持つ nifti。

出力 オプション：
--dest-dir DEST_DIR
宛先ディレクトリ。デフォルトはソース ディレクトリです。

-o OUTPUT_NAME、 -出力名 OUTPUT_NAME
DICOM タグに基づいて出力ファイル名を決定する Python フォーマット文字列。

--出力拡張子 出力_EXT
出力ファイルの種類の拡張子。 デフォルト: .nii.gz

-d, --ダンプ-メタ
抽出されたメタデータを、同じベース名を持つ JSON ファイルにダンプします。
生成されたニフティ

--埋め込みメタ
抽出したメタデータを Nifti ヘッダー拡張 (JSON 形式) に埋め込みます。

積み重ね オプション：
-g GROUP_BY、 --グループ化 GROUP_BY
入力ファイルをスタックにグループ化するためのメタ データ キーのカンマ区切りリスト。

--ボクセル順 ボクセル_オーダー
空間インデックスが患者のこれらの方向から始まるようにボクセルを並べ替えます
スペース。 患者スペースの指示は、XNUMX 文字のコードで指定する必要があります。
(l)左、(右)右、(a)前方、(p)後方、(s)上方、(i)下方。 空を渡す
文字列は方向転換を無効にします。 デフォルト: LAS

-t TIME_VAR、 --time-var TIME_VAR
時間次元に沿ってスタックを並べ替えるために使用する DICOM 要素のキーワード。

--vector-var VECTOR_VAR
ベクトル次元に沿ってスタックを並べ替えるために使用する DICOM 要素キーワード。

--時間順 TIME_ORDER
値の順序 (XNUMX 行に XNUMX つ) を指定したテキスト ファイルを提供します。
時間変数として使用される属性。 このオプションが必要になることはめったにありません。

--ベクトル順序 VECTOR_ORDER
値の順序 (XNUMX 行に XNUMX つ) を指定したテキスト ファイルを提供します。
ベクトル変数として使用される属性。 このオプションが必要になることはめったにありません。

Meta 抽出プロセス & フィルタリング オプション：
-l, --list-translators
有効なトランスレータを一覧表示して終了

--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR
提供されたタグのトランスレータを無効にします。 タグは次の形式で指定する必要があります
「0x0_0x0」。 カンマ区切りのリストで複数指定できます。 「全部」という言葉なら
が提供されている場合、すべてのトランスレーターが無効になります。

--extract-private
トランスレータがなくても、プライベート要素からメタデータを抽出します。 もし
要素の値にASCII以外のバイトが含まれていますが、それでも無視されます。 の
抽出されたメタデータは、正規表現によって除外される場合があります。

-i INCLUDE_REGEX、 --インクルード正規表現 INCLUDE_REGEX
キーが指定された正規表現と一致するメタ データを含めます。 これ
除外式をオーバーライドします。 すべてのメタデータに適用されます。

-e EXCLUDE_REGEX、 --exclude-正規表現 EXCLUDE_REGEX
キーが指定された正規表現と一致するメタデータを除外します。 これ
デフォルトの除外式を補足します。 すべてのメタデータに適用されます。

--default-regexes
デフォルトの包含および除外正規表現のリストを出力して終了します。

オプション：
-v, -詳細
追加情報を印刷します。

- 厳しい
警告を表示する代わりに、最初の例外で失敗します。

- バージョン
バージョンを表示して終了します。

メタデータに個人の健康情報があるかどうかを知るのはあなたの責任です
このプログラムによって抽出されます。

onworks.net サービスを使用してオンラインで dcmstack を使用する