ジスルフィダー - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

ジスルフィダー - システイン ジスルフィドの結合状態と接続性の予測因子

SYNOPSIS

ジスルフィダー [オプション]

DESCRIPTION

「ジスルフィダー」はシステインのジスルフィド結合状態とその結合状態を予測するためのツールです。
配列のみから始まるジスルフィド結合。 ジスルフィド架橋が重要な役割を果たしている
いくつかのタンパク質のフォールディングプロセスの安定化において。 ジスルフィドの予測
したがって、配列のみからのブリッジは構造的および機能的研究に役立ちます。
特定のタンパク質の性質。 また、ジスルフィド結合状態に関する知識
システインの量は実験的な構造決定プロセスに役立つ可能性があり、役立つ可能性があります
他のゲノムアノテーションタスクでも。 「ジスルフィダー」は XNUMX つのジスルフィド パターンを予測します
計算段階: (1) 各システインのジスルフィド結合状態は、
BRNN-SVM バイナリ分類子。 (2) 形成に関与することが知られているシステイン
のブリッジが再帰的ニューラル ネットワークによってペアリングされ、接続パターンが取得されます。

参考文献

A. チェローニ、A. パッセリーニ、A. ヴッロ、P. フラスコーニ。 DISULFIND: ジスルフィド結合状態
およびシステイン接続性予測サーバー、核酸研究、34 (Web サーバー)
号）：W177-W181、2006年。

ジスルフィド接続予測子については、以下を参照してください。

A.ヴッロとP.フラスコーニ。 再帰的ニューラルを使用したジスルフィド接続性予測
ネットワークと進化情報、バイオインフォマティクス、20、653-659、2004。

システイン結合状態予測子については、以下を参照してください。

P. フラスコーニ、A. パッセリーニ、A. ヴッロ。 を予測するための XNUMX 段階の SVM アーキテクチャ
システインのジスルフィド結合状態、Proc. 信号用ニューラル ネットワークに関する IEEE ワークショップ
処理、25-34 ページ、2002 年。
A.チェローニ、P.フラスコーニ、A.パッセリーニ、A.ヴッロ。 ジスルフィド結合状態の予測
カーネル マシンの組み合わせによるシステイン、Journal of VLSI Signal Processing、35、
287-295、2003。

OPTIONS

-a、--alternatives=数
代替接続パターン (デフォルト = 3)

-o、--output=DIR
予測が保存される出力ディレクトリ (デフォルト=$PWD)

-p、--psi2=ファイル|ディレクトリ
psi2 形式 (ASCII の PSI-BLAST マトリックス) での入力、単一ファイルまたは
ディレクトリ（？）。 これを「blastpgp -j」で生成します。 -Q FILE" (N >= 2)。

-r、--rootdir=DIR
作業ディレクトリ (デフォルト=~/ジスルフィダー)

-k、--pkgdatadir=DIR
モデルを含むパッケージ データ ディレクトリ (デフォルト=/usr/share/ジスルフィダー)

-F、--format={html|ascii}
出力形式のタイプ (デフォルト=ascii)

-d --blastdb=DIR
blastpgp -d オプション (デフォルト=/data/sp+trembl)

-c、--cleanpred
中間予測ファイルをクリーンアップ (デフォルト = false)

-P、--usepssm
プロファイルのカウントの代わりに pssm を使用します (デフォルト = false)

-C、--knownbondingstate
ボンディング状態が既知であると仮定します (ディレクトリ内のチェーンごとに XNUMX つのファイル)
/Predictions/Bondstate/Viterbi) (デフォルト = false)

-v、-version
ジスルフィダーバージョン

-？、 - ヘルプ
ヘルプ画面

例

"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"

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