Domainaligne - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

Domainalign - DCF ファイル内のノードのアライメント (DAF ファイル) を生成します。

SYNOPSIS

ドメインアライン -dcfinfile ファイル内 -pdbdir ディレクトリにジョブを開始します。 -ノード リスト -モード リスト -一重項を維持する トグル
-dafoutdir 外向き -singletsoutdir 外向き -スーパーアウトディレクトリ 外向き -ログファイル アウトファイル

ドメインアライン -助けて

DESCRIPTION

ドメインアライン EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「Protein：3DStructure」コマンドグループの一部です。

OPTIONS

入力
-dcfinfile ファイル内
このオプションは、DCFファイル（ドメイン分類ファイル）（入力）の名前を指定します。 A
「ドメイン分類ファイル」には、からのドメインの分類およびその他のデータが含まれています
DCF形式（EMBLのような）のSCOPまたはCATH。 ファイルはSCOPPARSEを使用して生成されます
とCATHPARSE。 ドメインシーケンス情報は、を使用してファイルに追加できます。
DOMAINSEQS。

-pdbdir ディレクトリにジョブを開始します。
このオプションは、ドメイン PDB ファイル (入力) の場所を指定します。 「ドメイン PDB ファイル」
SCOP または CATH からの単一ドメインの座標データが PDB 形式で含まれています。 の
ファイルは DOMAINER を使用して生成されます。 デフォルト値: ./

必須
-ノード リスト
このオプションは、冗長性を削除するノードを指定します。 冗長性は次の場所で削除できます。
SCOPまたはCATH階層内の指定されたノード。 たとえば、「クラス」を選択します
同じクラスに属するエントリは重複しません。 デフォルト値: 1

-モード リスト
このオプションは、使用する位置合わせアルゴリズムを指定します。 デフォルト値: 1

-一重項を維持する トグル
このオプションは、一重項ファミリーのシーケンスをファイルに書き込むかどうかを指定します。 もし、あんたが
このオプションを指定すると、各シングレット ファミリのシーケンスがファイルに書き込まれます。
（出力）。 デフォルト値: Y

出力
-dafoutdir 外向き
このオプションは、DAF ファイル (ドメイン アライメント ファイル) (出力) の場所を指定します。 あ
「ドメイン アライメント ファイル」には、同じドメインに属するドメインの配列アライメントが含まれます。
SCOP または CATH ファミリ。 ファイルはクラスタ形式であり、ドメインの注釈が付けられています。
家族分類情報。 SCOPALIGN を使用して生成されたファイルには、次のものが含まれます。
構造が既知のドメインのみの構造ベースの配列アラインメント。 そのような
アラインメントは、次の方法を使用して (未知の構造の) 配列関連物を使用して拡張できます。
セクアライン。 デフォルト値: ./

-singletsoutdir 外向き
このオプションは、シングレットの DHF ファイル (ドメイン ヒット ファイル) の場所を指定します。
シーケンス (出力)。 シングレットは「ドメイン ヒット ファイル」として書き出されます。
FASTA には、ドメイン分類情報を含むデータベース ヒット (シーケンス) が含まれます。
フォーマット。 デフォルト値: ./

-スーパーアウトディレクトリ 外向き
このオプションは、構造スーパーインポーズ ファイル (出力) の場所を指定します。 あ
ファミリごとに構造重ね合わせの PDB 形式のファイルが生成されます。
STAMPアルゴリズムが使用されます。 デフォルト値: ./

-ログファイル アウトファイル
このオプションでは、ログ ファイル (出力) の名前を指定します。 ログ ファイルにはメッセージが含まれています
Domainalign の実行中に発生したエラーについて。 デフォルト値:domainalign.log

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