Domainseqse - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

Domainseqs - シーケンス レコードを DCF ファイルに追加します。

SYNOPSIS

ドメインシーケンス -dcfinfile ファイル内 -dpdbdir ディレクトリにジョブを開始します。 -ゲットスイス トグル -pdbtospfile ファイル内
-データファイル マトリックス -ギャップペン フロート -gapextend フロート -dcfoutファイル アウトファイル
-ログファイル アウトファイル

ドメインシーケンス -助けて

DESCRIPTION

ドメインシーケンス EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「Utils：Databasecreation」コマンドグループの一部です。

OPTIONS

入力
-dcfinfile ファイル内
このオプションは、DCFファイル（ドメイン分類ファイル）（入力）の名前を指定します。 A
「ドメイン分類ファイル」には、からのドメインの分類およびその他のデータが含まれています
DCF形式（EMBLのような）のSCOPまたはCATH。 ファイルはSCOPPARSEを使用して生成されます
とCATHPARSE。 ドメインシーケンス情報は、を使用してファイルに追加できます。
DOMAINSEQS。

-dpdbdir ディレクトリにジョブを開始します。
このオプションは、ドメイン CCF ファイル (クリーン座標ファイル) の場所を指定します。
（入力）。 「クリーンな座標ファイル」には、単一の PDB の座標およびその他のデータが含まれています
SCOP または CATH からの CCF 形式 (EMBL のような) ファイルまたは単一のドメイン。 ファイル、
PDBPARSE (PDB ファイル) または DOMAINER (ドメイン) を使用して生成され、「クリーンアップ」が含まれています
自己一貫性があり、エラーが修正されたデータ。 残留溶剤の記録
アクセシビリティと二次構造は、PDBPLUS を使用してファイルに追加されます。 デフォルト
価値： 。/

-ゲットスイス トグル
デフォルト値：N

-pdbtospfile ファイル内
このオプションは、swissprot インデックス ファイルの pdbcode の名前を指定します。 の
swissprot:PDB 等価ファイルは PDBTOSP によって生成されます

-データファイル マトリックス
このオプションは、シーケンスに使用される剰余置換行列を指定します。
比較。 デフォルト値：EBLOSUM62

必須
NEW
-ギャップペン フロート
このオプションはギャップ挿入ペナルティを指定します。 これは、
ギャップが生まれます。 最適な値は、比較行列の選択によって異なります。 デフォルト
この値は、タンパク質配列に EBLOSUM62 マトリックスを使用していることを前提としています。
ヌクレオチド配列の EDNAFULL マトリックス。 デフォルト値: 10

-gapextend フロート
このオプションはギャップ拡張ペナルティを指定します。 標準ギャップに加算されます
ギャップ内の各ベースまたは残基に対するペナルティ。 これは、ギャップの長さにペナルティが課されることです。
通常、多くの短いギャップではなく、いくつかの長いギャップが予想されるため、ギャップは
延長ペナルティはギャップペナルティよりも低くなければなりません。 デフォルト値: 0.5

出力
-dcfoutファイル アウトファイル
このオプションは、DCFファイル（ドメイン分類ファイル）（出力）の名前を指定します。 A
「ドメイン分類ファイル」には、からのドメインの分類およびその他のデータが含まれています
DCF形式（EMBLのような）のSCOPまたはCATH。 ファイルはSCOPPARSEを使用して生成されます
とCATHPARSE。 ドメインシーケンス情報は、を使用してファイルに追加できます。
ドメインシーケンス。 デフォルト値:domainseqs.out

-ログファイル アウトファイル
このオプションでは、ビルドのログ ファイルの名前を指定します。 ログ ファイルには次の内容が含まれます
Domainseqs の実行中に発生したエラーに関するメッセージ。 デフォルト値:domainseqs.log

onworks.net サービスを使用してオンラインで Domainseqse を使用する