これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド dsimulator です。
プログラム：
NAME
dsimulator - ランダムゲノムの合成リードを生成します
SYNOPSIS
シミュレーター ゲンレン:ダブル [-cダブル(20.)] [-bダブル（.5）] [-rint型] [-mint型(10000)]
[-sint型(2000)][-xint型(4000)] [-eダブル（.15）][-Mfile]
DESCRIPTION
シミュレーター まず、次のサイズの偽のゲノムを生成します ゲンレン*長さ 1Mb、AT バイアスがかかります。
-b。 次に、平均長のサンプル読み取りを生成します。 -m 対数正規長から
標準偏差を伴う分布 -s、ただし、 より短い長さの読み取りは無視されます。 -x。 それ
ゲノムをカバーするのに十分なリードを収集します -c 回と紹介 -e 分数エラー
各リードでは、挿入、削除、置換の比率が定義されたものによって設定されます。
generate.c 内の定数 INS_RATE (デフォルト 73%) および DEL_RATE (デフォルト 20%)。 XNUMX缶
また、フォワード鎖とリバース鎖からリードが選択される速度も制御します。
定義された定数 FLIP_RATE (デフォルトは 50/50) を設定します。 の -r オプションはランダムをシードします
再現可能にゲノムを生成できるようにするための番号生成器。
サンプリング元となる同じ基礎ゲノム。 このパラメータが欠落している場合、ジョブ ID
呼び出しのシードが乱数ジェネレータにシードされます。 出力は標準に送信されます
出力 (つまり、UNIX パイプです)。 出力は、入力として適した Pacbio .fasta 形式です。
〜へ ファスタ2DB(1)。 最後に、 -M オプションは、それぞれの読み取り元の座標を要求します。
サンプリングされたデータは、指定されたファイルに、読み取りごとに XNUMX 行、ASCII エンコードで書き込まれます。
この「マップ」ファイルは基本的に、すべての読み取りがアセンブリ内のどこに属しているかを示します。
デバッグやテストの目的に役立ちます。 読み取りペアが b,e の場合、b < e の場合、
読み取りは順方向では [b,e] からサンプリングされ、b > e の場合は [e,b] からサンプリングされました。
逆方向。
onworks.net サービスを使用してオンラインで dsimulator を使用する
