これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド EDTSurf です。
プログラム:
NAME
EDTSurf - 高分子表面の迅速かつ正確な構築
SYNOPSIS
EDTSurf -i pdb名 ...
DESCRIPTION
EDTSurf は、高分子の三角形表面を構築するためのオープンソース プログラムです。 それ
XNUMX つの主要な高分子表面を生成します: ファンデルワールス面、溶媒アクセス可能
表面と分子表面(溶媒を除いた表面)。 EDTsurf は空洞も特定します
高分子の内部に存在します。
OPTIONS
-o アウトネーム
-t 1-MC 2-VCMC
-s 1-VWS 2-SAS 3-MS 4-SES
-c 1 純粋 2 原子 3 鎖
-p プローブ半径 [0,2.0]
-f スケール係数 (0,20.0]
-h 1インおよびアウト 2アウト 3イン
出力1: outname.ply
出力2: outname.asa
出力3: outname-cav.pdb
onworks.net サービスを使用してオンラインで EDTSurf を使用する