これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド efetch です。
プログラム：
NAME
efetch - 配列データベースからエントリを取得します。
SYNOPSIS
取り出す -オプション [データベース:]
DESCRIPTION
90 年代後半、efetch は、エントリを非常に迅速に取得するための非常に人気のあるツールでした。
最も一般的な公的バイオインフォマティクス配列およびモチーフ データベース。
データベース
SWissprot/SP、PIR、WOrmpep/WP、EMbl、GEnbank/GB、ProDom、ProSite
オプション：
-a アクセッション番号で検索する
-f Fastaフォーマット出力
-q シーケンスのみ出力（XNUMX行）
-s <#> # 位置から開始
-e <#> 位置 # で停止します
-o その他のオプションと情報...
-D データベースディレクトリを指定してください
-H インデックスヘッダーデータの表示
-p 検索パス内のエントリ名を表示する
-r 「生」形式でシーケンスを印刷します
-m 混合ミニデータベースからフェッチする
-M ミニフォーマット出力
-b バイトの順序を反転しないでください (SunOS、IRIX は反転しますが、Alpha は反転しません)。
-d データベースファイルを指定します（これは避けてください）
-i インデックスファイルの指定（これは避けてください）
-l 除算ルックアップ テーブルを指定します (これは避けてください)
-B データベースの指定 (旧式)
-A アクセッション番号のエントリ名のみを返します
-n シーケンスにこの名前を付けます
-x クエリがエントリの名前と正確に一致する必要はありません (避ける)
-w Wormpep の場合: 相互参照された SwissProt エントリも取得します
-h このヘルプテキストを表示します
ENVIRONMENT
SWDIR = SwissProt ディレクトリ - データベースおよび EMBL インデックス ファイル PIRDIR = PIR
-- " -- WORMDIR = ワームペップ -- " -- EMBLDIR = EMBL -- " -- GBDIR =
ゲンバンク -- " -- PRODOMDIR = プロドム -- " -- PROSITEDIR = プロサイト -- " -- DBDIR
= ユーザー自身 -- " -- (高速フォーマット)
SEQDB データベース ファイル (デフォルトは SwissProt)
SEQDBIDX インデックス ファイル DIVTABL 分割ルックアップ テーブル
元。 setenv DBDIR /pubseq/seqlibs/embl/
Prodom ファミリーのコンセンサス配列は PD:_# によって取得できることに注意してください。
onworks.net サービスを使用してオンラインで efetch を使用する
