正確なタンデム-クラウドでのオンライン

プログラム：

NAME

mummer-複数のゲノムの配列アラインメントのためのパッケージ

SYNOPSIS

mummer-注釈を付ける
CombineMUMs
ダナディフ [オプション]または[オプション]-d<デルタファイル>
正確なタンデム
ギャップ
マップビュー [オプション]<座標ファイル>[協定世界時座標][CDS座標]
mgaps [-NS][-NS][-l][-NS]
むしゃむしゃ [オプション]
ママープロット [オプション]<一致ファイル>
ニューマー [オプション]
nucmer2xfig
プロマー [オプション]
リピートマッチ [オプション]
ランママ1 <ファスタ参照><ファスタクエリ>[-NS]
ランママ3 <ファスタ参照><マルチファスタクエリ>
整列表示 [オプション]<参照ID><qryID>

入力は、渡された「nucmer」または「promer」プログラムのいずれかの.delta出力です。
コマンドライン。

出力はstdoutであり、クエリと参照の間のすべての配置で構成されます
コマンドラインで識別されるシーケンス。

注：デフォルトでは並べ替えは行われないため、配置は次のように並べ替えられます。
NS 入力。
ショーコーディネイト [オプション]
ショー-snps [オプション]
ショータイリング [オプション]

DESCRIPTION

OPTIONS

すべてのツール（ギャップの場合を除く）は、-h、-help、-V、および--versionオプションに従います。
予想。 このヘルプは優れており、これらのマニュアルページは基本的に廃止されています。
CombineMUMs でMUMを組み合わせるマッチをオフエンドおよびMUM間で拡張することによって。
参照配列のfastaファイルです。 マルチです
参照と照合された配列のfastaファイル

-D差の位置を確認するための出力のみ
と文字
-nヌクレオチド間、つまりACGT間でのみ一致を許可する
-Nnumブレークマッチ以上の連続した非ACGT
-qタグクエリの一致にラベルを付けるために使用
-rタグ参照一致にラベルを付けるために使用されます
-S文字列のすべての違いを出力します
-tラベルクエリはクエリfastaヘッダーと一致します
-vnum追加出力の詳細レベルを設定します
-Wファイルデフォルトの出力ファイル名をerrors.gapsでリセットします
-x.coverファイルを出力しません
-eエラー率のカットオフをeに設定します（たとえば、0.02はXNUMXパーセントです）
ダナディフ nucmerとそれに関連するものを使用してXNUMXつのシーケンスセットの比較分析を実行します
推奨されるパラメータを持つユーティリティ。 詳細については、MUMmerのドキュメントを参照してください
出力の説明。 次の出力ファイルを生成します。

.report-アライメント、相違点、SNPの要約
.delta-標準のヌクマーアライメント出力
.1delta-delta-filter-1からの1対1の配置
.mdelta-delta-filter-mからのMからMへのアラインメント
.1coords-show-coordsからの1対1の座標-THrcl.1delta
.mcoords-show-coordsからのMからMへの座標-THrcl.mdelta
.snps-show-snps -rlTHC.1deltaからのSNP
.rdiff-show-diff -rH.mdeltaから分類されたrefブレークポイント
.qdiff-show-diff -qH.mdeltaから分類されたqryブレークポイント
.unref-位置合わせされていない参照IDと長さ（該当する場合）
.unqry-整列されていないクエリIDと長さ（該当する場合）

必須：
reference入力参照multi-FASTAファイル名を設定します
query入力クエリmulti-FASTAファイル名を設定します
or
デルタファイルnucmerからのフィルタリングされていない.deltaアライメントファイル

オプション：
-d | delta分析用に事前に計算されたデルタファイルを提供します
-h
--helpヘルプ情報を表示して終了します
-p | prefix出力ファイルのプレフィックスを設定します（デフォルトは「out」）
-V
--versionバージョン情報を表示して終了します

マップビュー
-h
--helpヘルプ情報を表示して終了します
-m | mag図がレンダリングされる倍率を設定します。
これは、生成に使用されるfig2devのオプションです。
PDFおよびPSファイル（デフォルトは1.0）
-n | numパーティション分割に使用される出力ファイルの数を設定します
出力、これはあまりにも多くのファイルを生成することを避けるためです
表示するには大きい（デフォルトは10）
-p | prefix出力ファイルのプレフィックスを設定します
（デフォルトは「PROMER_graphまたはNUCMER_graph」）
-v
--verbose処理されたファイルの詳細なロギング
-V
--versionバージョン情報を表示して終了します
-x1coordディスプレイの座標の下限を設定します
-x2coordディスプレイの座標の上限を設定します
-g | ref入力ファイルが 'mgaps'で提供されている場合は、
参照シーケンスID（最初の列に表示されているとおり）
UTR / CDS座標ファイルの）
-Iクエリシーケンスの名前を表示します
-Ir参照遺伝子の名前を表示します
むしゃむしゃ 十分に長いすべての位置と長さを見つけて出力します（stdoutに）
の部分文字列の最大一致と

-両方のシーケンスで一意である最大一致を計算する最大値
-mumcandは-mumreferenceと同じです
-mumreferenceは、で一意の最大一致を計算します
参照シーケンスですが、必ずしもクエリシーケンスに含まれている必要はありません
（デフォルト）
-maxmatchは、一意性に関係なく、すべての最大一致を計算します
-nは、文字a、c、g、またはtのみに一致します
大文字でも小文字でもかまいません
-l一致の最小長を設定します
設定されていない場合、デフォルト値は20です。
-b順方向および逆方向の補数一致を計算します
-rは逆補数一致のみを計算します
-sは一致する部分文字列を表示します
-c逆補数一致のクエリ位置を報告します
元のクエリシーケンスと比較して
-Fは、数に関係なく4列の出力形式を強制します。
参照シーケンス入力
-Lは、ヘッダー行のクエリシーケンスの長さを示します
ナンバーマー
nucmerは、XNUMXつのmutli-FASTA入力間のヌクレオチドアラインメントを生成します
ファイル。 XNUMXつの出力ファイルが生成されます。 .cluster出力ファイルリスト
各シーケンス間の一致のクラスター。 .deltaファイルには、
最大のスコアを生成する挿入と削除の間の距離
各シーケンス間のアラインメント。

必須：
参照入力参照multi-FASTAファイル名を設定します
クエリ入力クエリmulti-FASTAファイル名を設定します

--mum両方の参照で一意のアンカー一致を使用します
とクエリ
--mumcand--mumreferenceと同じ
--mumreference参照内で一意のアンカー一致を使用します
ただし、クエリ内で必ずしも一意である必要はありません（デフォルトの動作）
--maxmatch一意性に関係なく、すべてのアンカー一致を使用します

-b | breaklen線形拡張が試行する距離を設定します
諦める前にスコアの低い領域を拡張する（デフォルトは200）
-c | mincluster一致のクラスターの最小長を設定します（デフォルトは65）
-[no] deltaデルタファイルの作成を切り替えます（デフォルトは--delta）
--depend依存関係情報を出力して終了します
-d | diagfactorクラスタリングの対角差分離係数を設定します
（デフォルトは0.12）
-[no] extendクラスター拡張ステップを切り替えます（デフォルトは--extend）
-f
--forwardクエリシーケンスのフォワードストランドのみを使用します
-g | maxgapのXNUMXつの隣接する一致間の最大ギャップを設定します
クラスター（デフォルトは90）
-h
--helpヘルプ情報を表示して終了します
-l | minmatch単一一致の最小長を設定します（デフォルトは20）
-o
--coords元のNUCmer1.1座標を自動的に生成します
'show-coords'プログラムを使用した出力ファイル
-[no]最適化トグルアラインメントスコアの最適化、つまりアラインメントの場合
拡張機能がシーケンスの最後に到達すると、バックトラックします
を終了する代わりに、アライメントスコアを最適化する
シーケンスの最後のアラインメント（デフォルトは--optimize）
-p | prefix出力ファイルのプレフィックスを設定します（デフォルトは「out」）
-r
--reverseクエリシーケンスの逆補数のみを使用します
-[no] simplifyシャドウクラスターを削除して配置を単純化します。 振り向く
シーケンスをそれ自体に揃えて表示する場合は、このオプションをオフにします
繰り返しの場合（デフォルト-simplify）

プロマー
promerは、XNUMXつのマルチFASTADNA入力間のアミノ酸アラインメントを生成します
ファイル。 XNUMXつの出力ファイルが生成されます。 .cluster出力ファイルリスト
各シーケンス間の一致のクラスター。 .deltaファイルには、
最大のスコアを生成する挿入と削除の間の距離
各シーケンス間のアラインメント。 DNA入力は6つすべてに変換されます
出力を生成するためにフレームを読み取りますが、出力座標
元のDNA入力を参照します。

必須：
リファレンス入力リファレンスマルチFASTADNAファイルを設定します
クエリ入力クエリマルチFASTADNAファイルを設定します

--mum両方の参照で一意のアンカー一致を使用します
とクエリ
--mumcand--mumreferenceと同じ
--mumreference参照内で一意のアンカー一致を使用します
ただし、クエリ内で必ずしも一意である必要はありません（デフォルトの動作）
--maxmatch一意性に関係なく、すべてのアンカー一致を使用します

-b | breaklen線形拡張が試行する距離を設定します
で測定された、あきらめる前にスコアの低い領域を拡張する
アミノ酸（デフォルトは60）
-c | minclusterで測定された、一致のクラスターの最小長を設定します。
アミノ酸（デフォルトは20）
-[no] deltaデルタファイルの作成を切り替えます（デフォルトは--delta）
--depend依存関係情報を出力して終了します
-d | diagfactorクラスタリングの対角差分離係数を設定します
（デフォルトは.11）
-[no] extendクラスター拡張ステップを切り替えます（デフォルトは--extend）
-g | maxgapのXNUMXつの隣接する一致間の最大ギャップを設定します
クラスター、アミノ酸で測定（デフォルトは30）
-l | minmatchアミノで測定された単一の一致の最小長を設定します
酸（デフォルトは6）
-m | masklenアミノで測定されたブックエンドマスキングの最大長を設定します
酸（デフォルトは8）
-o
--coords元のPROmer1.1「.coords」を自動的に生成します
「show-coords」プログラムを使用した出力ファイル
-[no]最適化トグルアラインメントスコアの最適化、つまりアラインメントの場合
拡張機能がシーケンスの最後に到達すると、バックトラックします
を終了する代わりに、アライメントスコアを最適化する
シーケンスの最後のアラインメント（デフォルトは--optimize）

-p | prefix出力ファイルのプレフィックスを設定します（デフォルトは「out」）
-x | matrixアライメントマトリックス番号を1に設定します[BLOSUM45]、
2 [BLOSUM62]または3 [BLOSUM 80]（デフォルトは2）
リピートマッチ ですべての最大の完全一致を検索します
-E徹底的な（遅い）検索を使用して一致を見つける
-f順方向ストランドのみ、逆方向補数を使用しないでください
-n＃完全一致の最小長を＃に設定します
-t出力タンデムリピートのみ
-V＃詳細（デバッグ）印刷のレベルを＃に設定します
整列表示
-hヘルプ情報を表示する
-qクエリ開始座標で線形を並べ替える
-r参照開始座標で線形を並べ替える
-wint画面幅を設定します-デフォルトは60です
-x int行列タイプを設定します-デフォルトは2（BLOSUM 62）、
その他のオプションには、1（BLOSUM 45）および3（BLOSUM 80）が含まれます。
注：アミノ酸配列にのみ影響します
ショーコーディネイト
-b一致ディレクトリに関係なく、重複する線形をマージします
またはフレームであり、理想性情報を表示しません。
-B出力をbtab形式に切り替えます
-c出力にパーセントカバレッジ情報を含める
-d追加の位置合わせ方向を表示します
FRM列（promerのデフォルト）
-g非推奨のオプション。 代わりに「delta-filter」を使用してください
-hヘルプ情報を表示する
-H出力ヘッダーを印刷しません
-フロート表示する最小パーセントIDを設定します
-kオーバーラップするノックアウト（表示しない）配置
別のフレームでの別の配置が50％以上
それらの長さの、そしてより小さなパーセントの類似性を持っている
または他の線形のサイズの75％未満
（プロマーのみ）
-l出力にシーケンス長情報を含めます
-Llong表示する最小アライメント長を設定します
-o XNUMXつのシーケンス間の最大アラインメントに注釈を付けます。
参照シーケンスとクエリシーケンスの重複
-qクエリIDと座標で出力行を並べ替える
-r参照IDと座標で出力行を並べ替えます
-T出力をタブ区切り形式に切り替えます

入力は、渡された「nucmer」または「promer」プログラムのいずれかの.delta出力です。
コマンドライン。

出力はstdoutであり、座標、パーセント同一性、およびその他のリストで構成されます
として使用される.deltaファイルに含まれるアライメントデータに関する有用な情報
入力。

注：デフォルトでは並べ替えは行われないため、配置は見つかったとおりに並べ替えられます
の中に入力。
ショー-snps
-CあいまいなアラインメントからのSNPを報告しない
マッピング、つまり[R]と[Q]が存在するSNPのみを報告します
列は0に等しく、これらの列を出力しません
-hヘルプ情報を表示する
-H出力ヘッダーを印刷しません
-私はインデルを報告しません
-l出力にシーケンス長情報を含める
-qクエリIDとSNP位置で出力行を並べ替えます
-r参照IDとSNP位置で出力行を並べ替えます
-S渡すことにより、レポートする線形を指定します
stdinへの「show-coords」行
-Tタブ区切り形式に切り替えます
-xint周囲のSNPコンテキストのx文字を
出力、デフォルト0

入力は、コマンドで渡されたnucmerまたはpromerプログラムの.delta出力です。
ライン。

出力はstdoutであり、SNP（またはのアミノ酸置換）のリストで構成されます
promer）ポジションやその他の役立つ情報を提供します。 デフォルトでは、出力は-rでソートされます
[BUFF]列は常に、位置がソートされているシーケンスを参照します。
この値は、このSNPから最も近いミスマッチ（アライメントの終わり、
[DIST]列が距離を指定している間、同じ配置のindel、SNPなど）
このSNPから最も近い配列の終わりまで。 [R]列と[Q]列が
これらの列はの数を指定するため、0より大きい場合は注意して評価する必要があります。
この位置と重なる他の配置。 -Cを使用して、SNPがからのみ報告されるようにします
一意の配置領域。

ショータイリング
-aタブ区切りを印刷してタイリングパスを説明します
stdoutへの位置合わせ領域の座標
-c参照シーケンスが循環していると仮定し、許可します
原点にまたがるタイル状のコンティグ
-g intクラスター化された線形間の最大ギャップを設定します[-1、INT_MAX]
-1の値は無限大を表します
（nucmerのデフォルト= 1000）
（プロマーのデフォルト= -1）
-i float最小パーセントIDをタイルに設定します[0.0、100.0]
（nucmerのデフォルト= 90.0）
（プロマーのデフォルト= 55.0）
-l intレポートする最小長のコンティグを設定します[-1、INT_MAX]
-1の値は無限大を表します
（一般的なデフォルト= 1）
-pfileクエリコンティグの疑似分子を「file」に出力します
-R繰り返しコンティグをランダムに配置して処理する
それらのコピー場所の0つ（-V XNUMXを意味します）
-tfile各クエリシーケンスのTIGRスタイルのコンティグリストを出力します
参照と十分に一致する（非円形）
-uファイルタブ区切りの配置領域座標を出力します
使用できないコンティグの「ファイル」への
-v float最小コンティグカバレッジをタイルに設定します[0.0、100.0]
（nucmer default = 95.0）個々の配置の合計
（プロマーデフォルト= 50.0）シンテニック領域の範囲
-V float最小コンティグカバレッジ差を設定します[0.0、100.0]
つまり、XNUMXつの配置を決定するために必要な違い
別の配置よりも「優れている」
（nucmer default = 10.0）個々の配置の合計
（プロマーデフォルト= 30.0）シンテニック領域の範囲
-x XMLコンティグを印刷して、タイリングパスを記述します
情報をstdoutにリンクする

入力は、nucmerプログラムの.delta出力であり、非常に類似したシーケンスデータで実行されます。または
プロマープログラムの.delta出力は、発散シーケンスデータで実行されます。

出力はstdoutであり、各整列クエリの予測位置で構成されます
参照配列にマッピングされたコンティグ。 これらの座標は、
コンティグの特定の割合のみが実際にあった場合でも、クエリコンティグ全体
整列（-aオプションが使用されていない場合）。 列は、refで始まり、refで終わり、距離は
次のコンティグ、このコンティグの長さ、配置範囲、ID、方向、およびID
。

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