これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド famap です。
プログラム：
NAME
famap - 再 PCR 検索用に Fasta 配列データベースを準備する
SYNOPSIS
ファマップ [-hV] -b mmapped-file [-t cvt] [fafile ...]
ファマップ [-hV] -d mmapped-file [または ...]
ファマップ [-hV] -l mmapped-file [または ...]
DESCRIPTION
プログラム ファマップ e-PCR スイートの一部であり、FASTA から mmapped ファイルを構築するために使用されます
逆e-PCR検索用のファイル
OPTIONS
ここで、 cvt (変換テーブル) は次のいずれかです。
オフ - そのまま (デフォルト)
n - ヌクレオチド [acgtnACGTN] は許可されます。
N - ヌクレオチドの大文字を使用できる [ACGTN]
nx - 曖昧なコードが許可されるヌクレオチド
NX - 曖昧性のある大文字のコードを持つヌクレオチド
実施例
famap -tN -b genome.famap org/chr_*.fa
fahash -b genome.hash -w 12 -f3 ${PWD}/genome.famap
re-PCR -s genome.hash -n1 -g1 ACTATTGATGATGA AGGTAGATGTTTTT 120-200
見る ファマップ（1）と 再PCR(1)
onworks.net サービスを使用してオンラインで famap を使用する
