findknownsnps - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

既知のSNPSを見つける - snpomatic のメイン実行可能ファイル

SYNOPSIS

既知のSNPSを見つける オプション

DESCRIPTION

findknownsnps は、 スポマティック ソフトウェアを使用して、WindowsXNUMX XNUMXビット上で動作する XNUMXTB RAID XNUMX を備えたデスクトップ コンピューターで録画されます。

OPTIONS

これらのオプションは、出力をファイル、標準出力、または直接に書き込むかどうかを制御します
manページャーに。

--genome=GENOME_FILE
染色体を含む FASTA ファイル (必須)

--fasta=FASTA_FILE
Solexa 読み取りを含む FASTA ファイル (必須、--fastq または --index が使用されている場合を除く)

--fasta=FASTA_FILE
Solexa 読み取りを含む FASTA ファイル (必須、--fastq または --index が使用されている場合を除く)

--fastq=FASTQ_FILE
Solexa 読み取りを含む FASTQ ファイル (必須、--fasta または --index が使用されている場合を除く)

--fastq2=FASTQ_FILE2
Solexa 読み取りを含む FASTQ ファイル (オプション、リードメイト)

--nono=ファイル名
無視する読み取り名 (!) のリストを含むファイル (オプション)

--regions=REGION_FILE
新しい SNP を見つけるための領域ファイル (オプション) [非推奨]

--snps=SNP_FILE
シンプルな SNP ファイル (オプション)

--gff=GFF_FILE
SNP を含む GFF ファイル (オプション)

--uniqueness=ファイル
参照用の一意性データ ファイルを出力します。 Solexa の読み取りは不要です。 示す
-ショートカットなし (optional)

--pileup=ファイル
完全なパイルアップをそのファイルに出力します (オプション)

--cigar=ファイル
アラインメントを CIGAR 形式で出力します (オプション)

--gffout=ファイル
GFF形式で読み取りを出力します（オプション）

--coverage=ファイル名
出力 (高深度) カバレッジ データ (オプション)

--wobble=ファイル名
可能なバリエーションのリストを出力します (オプション; ペア読み取りのみ) [UNDER
工事]

--fragmentplot=ファイル名
断片サイズ分布のプロットをファイルに出力します (オプション)

--snpsinreads=ファイル名
既知の SNP を含むリードのリストをファイルに出力します (オプション)

--indelplot=ファイル名
indel データをファイルに出力します (オプション)

--inversions=ファイル名
対になった読み取りの場合、反転を示す読み取り一致をファイルに書き込みます (オプション)

--faceaway=ファイル名
対になった読み取りの場合、互いに「向かい合っている」読み取り一致をファイルに書き込みます
(optional)

--sqlite=ファイル名
整列データを含む sqlite テキスト ファイルを作成します [実験的] (オプション)

--sam=ファイル名
SAM アライメント ファイルを作成します (オプション)

--spancontigs=ファイル名
「半分」の読み取りが異なるコンティグに一意にマップされる読み取りペアを出力します (オプション)

--bins=FILE_PREFIX
無一致、単一一致、および複数一致の Solexa 読み取りをプレフィックス付きファイルに出力します
(optional)

--binmask=マスク
個々のビンをオフにする 1 と 0 のマスク。 順番：ノーマッチ、シングルマッチ、
マルチマッチ、IUPAC。 例: 0100 は単一一致ビンのみを作成します。 (オプション;
デフォルト:1111)

--ペア=番号
ペアリードの場合、リードの最初の部分の長さ (ペアリードの場合は必須)
読む）

--fragment=NUMBER
ペアリードの場合、平均フラグメント長 (ペアリードの場合は必須)

--分散=NUMBER
ペアリードの場合、どちらかの側へのフラグメント長の分散 (オプション;
デフォルト: フラグメントサイズの 1/4)

--wobblemax=NUMBER
ウォブルの不一致の最大数 (オプション、デフォルトは 2、--wobble を参照)

--mspi=番号
染色体インデックスあたりの SNP の最大数 (オプション、デフォルト: 8)

--index=ファイル名
インデックスのファイル名 (インデックスが存在しない場合は作成されます。オプション)

-ショートカットなし
染色体のすべての領域を処理します。多くの反復があるものも含みます (オプション; いいえ)
値）

--snpsonly
パイルアップで見つかった SNP のみをリストします (オプション、値なし)

--染色体=名前
実行前に NAME 以外のすべての染色体を破棄します (オプション)

--index_from=NUMBER
すべての染色体のこの位置から索引付けを開始します (オプション)

--index_to=NUMBER
すべての染色体のこの位置で索引付けを停止します (オプション)

--チョップ=NUMBER
ペアリードの場合、一方が一致するが他方が一致しない場合は、もう一方を次のように短くします。 数
塩基（オプション）

--index1=数値
内部インデックスの長さ 1 (オプション、デフォルト: 10)

--index2=数値
内部インデックスの長さ 2 (オプション、デフォルト: 16)

--memory_save=NUMBER
NUMBER ポジションごとにゲノムのインデックスを作成します。 メモリとランタイムを節約できますが、
奇妙な副作用があります（オプション）

--マルチマッチ
複数の一致する読み取りをランダムな位置に置きます (オプション) [現在ペアになっています
読み取り専用]

--シングルマッチ
単一の一致に対してのみ追加の出力機能を実行します (オプション) [現在
ペア読み取りのみ]

--ふむ ペアリードの場合、少なくとも XNUMX つのリードがゲノム内で一意に一致する必要があります (フォース XNUMX
一意の一致) (オプション)

- ミスマッチ
インデックス外で許容される不一致の数 (index1+index2) (オプション)

--rpa=ファイル名
すべての読み取りペアのアライメントをファイルに書き込みます (オプション)

2015年12月 既知のSNPSを見つける(1)

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