fmcs - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

fmcs - fmcs

DESCRIPTION

使用法: fmcs [-h] [--maximize {atoms,bonds}] [--min-num-atoms INT]

[--compare {トポロジー、要素、タイプ}] [--atom-compare {任意、要素、同位体}]
[--bond-compare {any,bondtypes}] [--atom-class-tag TAG] [--ring-matches-ring-only]
[--complete-rings-only] [--select SELECT] [--timeout SECONDS] [--output ファイル名]
[--output-format {スマート、フラグメント-スマイル、フラグメント-sdf、完全-sdf}] [--output-all]
[--save-atom-class-tag タグ] [--save-counts-tag タグ] [--save-atom-indices-tag タグ]
[--save-smarts-tag TAG] [--save-smiles-tag TAG] [--times] [-v] [--version] ファイル名

一連の構造の最大共通部分構造を見つけます。

ポジショナル 引数：
ファイル名
SDF または SMILES ファイル

任意 引数：
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します

-最大化 {原子、結合}
MCS 内の「原子」または「結合」の数を最大化します。 (デフォルト: 債券)

--最小原子数 INT
MCS 内の原子の最小数 (デフォルト: 2)

- 比較 {トポロジ、要素、タイプ}
「--atom-compare any」の短縮形として「トポロジー」を使用します。 --結合比較 どれでも'、
「要素」は「--atom-比較要素」です --結合比較 「任意」、「タイプ」は
'--atomcompare要素 --結合比較 結合タイプ' (デフォルト: タイプ)

--アトム比較 {任意の、元素、同位体}
アトムの比較方法を指定します。 「any」を使用すると、すべての原子が他の原子と一致します
原子。 「要素」では、原子は同じ要素を含む場合にのみ一致します。 と
「同位体」、原子は同じ同位体番号を持つ場合にのみ一致します。 要素
情報は無視されるため、[5C] と [5P] は同一です。 これは次の目的で使用できます。
ユーザー定義のアトム タイピングを実装します。 (デフォルト: 要素)

--結合比較 {任意の、結合タイプ}
結合の比較方法を指定します。 「any」を使用すると、すべての結合が他の結合と一致します
つなぐ。 「結合タイプ」では、結合タイプが同じである場合にのみ、結合は同じになります。
(デフォルト: 結合タイプ)

--アトムクラスタグ TAG
フィールド「TAG」からの原子クラスの割り当てを使用します。 タグデータにはスペースが含まれている必要があります
1 ～ 10000 の範囲の整数を原子ごとに XNUMX つずつ区切ったリスト。 原子は
対応する原子クラスが同じである場合に限り、同一です。 ご了承ください
「003」と「3」は同じ値として扱われます。 (デフォルトでは使用されません)

--リングマッチリングのみ
環結合と鎖結合のみが一致するように結合比較を変更します。
チェーン結合のみに一致します。 (環原子は非環原子と一致する可能性があります。)

--完全なリングのみ
結合が入力構造内の環結合であり、結合が MCS 内にある場合、
結合も MCS のリング内に存在する必要があります。 このオプションを選択すると、
--リングマッチリングのみ.

- 選択する SELECT
処理する入力レコードのサブセットを選択します。 例: 1-10,13,20,50- (デフォルト:
「1-」、すべての構造を選択します)

- タイムアウト SECONDS
最大「タイムアウト」秒間実行した後、最適な解決策を報告します。 「なし」を使用する
タイムアウトなし。 (デフォルト: なし)

- 出力 ファイル名、 -o ファイル名
結果を FILENAME に書き込みます (デフォルト: stdout を使用)

- 出力フォーマット {スマート、フラグメント-スマイル、フラグメント-SDF、完全-SDF}
「smarts」は、原子と結合の基準を含む SMARTS パターンを書き込みます。
「fragment-smiles」は、一致するフラグメントを SMILES 文字列として書き込みます。 'フラグメント-自衛隊'
一致するフラグメントを SD ファイルとして書き込みます。 見る --アトムクラスの保存 詳しい方法については
原子クラス情報が保存されます。 「complete-sdf」は、SD ファイル全体を次のように書き込みます。
で指定されたタグに格納されているフラグメント情報 --save-fragment-indexes-tag.
(デフォルト: スマート)

--出力-すべて
デフォルトでは、構造体の出力形式は最初の入力の MCS のみを表示します。
構造。 このオプションが有効な場合、すべての構造の MCS が有効になります。
示す。

--アトムクラスタグの保存 TAG
アトムクラスが指定されている場合（ --クラスタグ)、出力形式は次のとおりです。
「fragment-sdf」は、部分構造原子クラスをフラグメント内のタグ TAG に保存します。
原子の順​​序。 デフォルトでは、これは次の値です。 --atomclass タグ.

--save-counts-tag TAG
フラグメント数、原子数、結合数を指定した SD タグに保存します。
「1 9 8」のようなスペース区切りの整数。 (フラグメント数は以下を超えません)
fmcs が切断された MCS をサポートするまで 1。)

--save-atom-indices-tag TAG
アトム クラスが指定され、出力形式が「complete-sdf」の場合は、
MCS フラグメントのタグ TAG へのアトム インデックス (MCS 順)。 (デフォルト: mcs-atomindices)

--save-smarts-tag TAG
MCS SMARTS を指定した SD タグに保存します。 MCS がない場合は「-」を使用します

--smiles-tag を保存 TAG
フラグメント SMILES を指定した SD タグに保存します。 MCS がない場合は「-」を使用します

-回
タイミング情報を標準エラー出力に出力する

-v, -詳細
進行状況の統計を標準エラー出力に出力します。 冗長性を高めるには XNUMX 回使用します。

- バージョン

これらのオプションの詳細については、https://bitbucket.org/dalke/fmcs/ を参照してください。

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