formatdb - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

formatdb - BLAST 用にタンパク質またはヌクレオチドのデータベースをフォーマットする

SYNOPSIS

フォーマットデータベース [-] [-B ファイル名] [-F ファイル名] [-L ファイル名] [-T ファイル名] [-V] [-a] [-b] [-e]
[-i ファイル名] [-l ファイル名] [-n STR] [-o] [-p F] [-s] [-t STR] [-v N]

DESCRIPTION

フォーマットデータベース 前にタンパク質またはヌクレオチドソースデータベースをフォーマットするために使用する必要があります
これらのデータベースは、blastall、blastpgp、または MegaBLAST で検索できます。 ソース データベース
FASTA または ASN.1 形式のいずれかです。 FASTA 形式が最もよく使用されますが、
への入力 フォーマットデータベース、ASN.1の使用は、ASN.1を
GenBank レポートなどの他の形式の共通ソース。 ソースデータベースファイル
によってフォーマットされています フォーマットデータベース BLAST では必要ありません。 である場合はご注意ください。
を使用して BLAST データベースに定期的な更新を適用します マージ(1)、あなたがする必要があります
ソース データベース ファイルを保持します。

OPTIONS

オプションの概要は以下に含まれています。

- 使用状況メッセージを印刷する

-B ファイル名
で指定された Gifile から生成されたバイナリ Gifile -F. このオプションは、
バイナリ GI リスト ファイルの名前。 このオプションは、 -F オプション。 あ
テキスト GI リストは、 -F オプションと -B オプションが生成します
そのGIリストをバイナリ形式で。 バイナリ ファイルは小さく、BLAST は必要ありません。
それを変換して、より速く読むことができるようにします。

-F ファイル名
で使用する Gifile (gi のリストを含むファイル) -B or -L

-L ファイル名
という名前のエイリアス ファイルを作成します。 ファイル名、検索される配列をそれらに限定する
によって指定された -F.

-T ファイル名
の表に従って、ASN.1 定義の分類 ID を設定します。 ファイル名.

-V 詳細: データベース内の一意でない文字列 ID を確認します

-a 入力ファイルは ASN.1 形式のデータベースです (それ以外の場合は FASTA が必要です)

-b ASN.1 データベースはバイナリ (ASCII テキストではなく)

-e 入力は Seq エントリです。 ソース ASN.1 データベース (テキスト ascii またはバイナリ) は、
Bioseq セットまたは XNUMX つの Bioseq のみが含まれます。 後者の場合 -e 提供する必要があります。

-i ファイル名
フォーマット用の入力ファイル

-l ファイル名
ログ ファイル名 (デフォルト = フォーマットデータベース.ログ)

-n STR BLAST ファイルのベース名 (デフォルトは元の FASTA ファイルの名前)

-o SeqID を解析してインデックスを作成します。 ソース データベースが FASTA 形式の場合、
FASTA 定義行のデータベース識別子は、
FASTA Defline フォーマット。

-p F 入力はタンパク質ではなくヌクレオチドです。

-s 遺伝子座ではなく、アクセッションのみで索引付けします。 これは、シーケンス セットに特に役立ちます。
登録名と遺伝子座名が同一である EST のように。 Formatdb の実行
このオプションを使用すると、より高速になり、より小さな一時ファイルが生成されます。 それは強く
EST、STS、GSS、および HTGS に推奨されます。

-t STR データベースファイルのタイトル [文字列]

-v N 大きな FASTA ファイルをサイズの「ボリューム」に分割します N 百万文字 (4000
デフォルト）。 ボリュームの作成の一部として、 フォーマットデータベース 新しいタイプの BLAST を書き込みます
別名ファイルと呼ばれるデータベース ファイルで、拡張子は「nal」または「pal」です。

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