これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドフォックスです。
プログラム：
NAME
fox-回折データからのab-initio構造決定
SYNOPSIS
キツネ [オプション] [ファイル.xml]
DESCRIPTION
キツネ （結晶学のための無料オブジェクト）プログラムはabinitioクリスタルのために作られました
回折データからの構造解。 abinitioの最も興味深い機能
構造決定は次のとおりです。
* 結晶内容物の多様な説明;
* 多面体間の特別な位置と共有原子の自動修正。
* 複数の粉末パターンを同時に使用する機能。
* スマートな大域的最適化アルゴリズム。
* 3D結晶構造ビューとライブアップデートを備えたグラフィカルインターフェイス
最適化プロセス。
OPTIONS
このプログラムは、コマンドラインオプションまたは入力ファイル（file.xml）の有無にかかわらず実行できます。
これは通常のGNUコマンドライン構文に従い、XNUMXつのダッシュで始まる長いオプションがあります
（ `-'）。 オプションの概要は以下に含まれています。 完全な説明については、キツネを参照してください
ウィキ http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual
- 助けて オプションの概要を表示します。
--loadfouriergrd マップ.grd
（最初の）結晶構造を持つ 'map.grd'フーリエマップをロードして表示します
--loadfourierdsn6 マップ.DN6
（最初の）結晶構造を持つDSN6フーリエマップをロードして表示します
--ノグイ
GUIなしで実行し、最適化を自動的に起動します--noguiには
次のオプション：
-n 10000
最大で10000回の試行を実行します（デフォルト：1000000）
--nbrun 5
各実行の前にランダム化して5回実行し（デフォルト：1）、-1を使用して無期限に実行します
-o out.xml
'out.xml'で出力
-ランダム化
初期構成をランダム化する
- 静けさ
（ほとんど）テキスト出力を生成しない
-最終コスト 0.15
コストが0.15未満になるまで最適化を実行します
--cif2pattern 1.5406 170 5000 .1
入力水晶のパターンをシミュレートします。波長= 1.5406、最大170°、500ポイント
そして0.1°のピーク幅
例
フォックス Silicon.xml
ファイル「silicon.xml」をロードし、GUIを起動します。
フォックス シメチジン-powder.xml --ノグイ -ランダム化 -n 1000000 -o best.xml
ファイル「ktartrate.xml」をロードし、ランダム化してから、1万回の試行の最適化を1回行います。
最適な構造を「best.xml」に保存します。
フォックス シメチジン-powder.xml --ノグイ -ランダム化 -n 10000000 --nbrun 10 -o best.xml
ファイル 'Cimetidine-powder.xml'をロードし、10回実行します（ランダムから開始）
構造）10万回の試行（実行ごとにXNUMXつのxmlファイルが保存されます）、および最高の保存
'best.xml'の構造。
フォックス シメチジン-powder.xml --ノグイ - 静けさ -ランダム化 -n 10000000 --nbrun 10 -最終コスト
200000 -o best.xml
ファイル「Cimetidine-powder.xml」をロードしてから、10万回の試行を10回サイレント実行します
（実行ごとにXNUMXつのxmlファイルが保存されます）、最適な構造を「best.xml」に保存します。 それぞれについて
実行すると、コストが200000を下回ると、最適化が停止します。
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