これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド frendp です。
プログラム：
NAME
frend.pl -- Bio::Graphics フィーチャー ファイルを Web 上にレンダリングします
SYNOPSIS
http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl
DESCRIPTION
frend.pl スクリプトは、Bio::Graphics モジュールを中心とした薄いフロント エンドです。 それは受け入れます
からの配列 (タンパク質、ヌクレオチド) 特徴座標を含むファイルのリスト
コマンドラインまたは標準入力にリストされたファイルをレンダリングし、PNG を生成します。
標準出力上のファイル。
インストール
このスクリプトを Web サイトの cgi-bin ディレクトリにコピーします。 好きな名前を付けてください。
特徴 フォーマット
このスクリプトは、単純なタブ区切り形式または
GFF形式で。
フィーチャー ファイル形式には、構成セクションとデータ セクションがあります。 構成
セクションでは画像のサイズと全体的なプロパティを設定し、データ セクションでは
特徴データ自体。
セクション
指定しない場合、このスクリプトは適切なデフォルト構成セクションを生成します。
したがって、適切なイメージを取得するために構成セクションを提供する必要はありません。
ただし、画像の外観を調整するには、おそらく
構成。 以下は設定セクションからの抜粋です。
# サンプルファイル
[全般的]
基数 = -1000..21000
高さ = 12
[EST（東部基準時]
グリフ = セグメント
bgcolor= 黄色
コネクタ = ソリッド
高さ = 5
【FGENES】
グリフ = トランスクリプト 2
bgcolor = 緑
説明 = 1
設定セクションは一連のセクションに分割されており、各セクションには というラベルが付いています。
[セクションのタイトル]。 [general] セクションでは、イメージ全体のグローバル オプションを指定します。
他のセクションは特定の機能タイプに適用されます。 上記の例では、構成は
[EST] セクションの設定は EST としてラベル付けされた機能に適用されます。
[FGENES] セクションは、FGENES 遺伝子からの予測としてラベル付けされた特徴に適用されます
予測プログラム。
各セクション内には、一連の name=value ペアがあり、name は、
設定するオプション。 = 記号の周りに空白を入れて読みやすくすることも、
必要に応じてコロン (:) を使用してください。 次のオプション名が認識されます。
オプション値の例
------ ------ -------
塩基 配列範囲の最小および最大 (bp) 1200..60000
width 画像の幅 (ピクセル) 600
height 各グラフィック要素の高さ (ピクセル) 10
各グラフィック要素のグリフ スタイル (以下を参照) トランスクリプト
fgcolor 各要素の前景色 黄色
bgcolor 各要素の背景色 青
linewidth 線の幅 3
label 機能の名前を出力します 1
description 機能の説明を印刷するかどうか 0
バンプ要素は衝突できません 1
目盛り 矢印 1 に目盛りを印刷します。
コネクタ グループ コネクタのタイプ (破線、ハット、または実線) 破線
「bases」および「width」オプションは、[general] セクションでのみ関連します。 彼らです
同様の名前のコマンドライン オプションによってオーバーライドされます。
残りのオプションはどのセクションにでも配置できますが、
[general] セクションは他のセクションのデフォルトを設定します。
色は英語の色名または Web スタイルの #RRGGBB カラーです (HTML に関する本を参照)
説明のために）。 真/偽値は、真の場合は 1、偽の場合は 0 です。 数値範囲は、
XNUMX つのドットを使用して start..end 形式で表現するか、ハイフンを使用して start-end として表現します。
「グリフ」オプションは、地物のレンダリング方法を制御します。 次のグリフは、
実装：
名前説明
---- -----------
ボックス 無方向の塗りつぶされた長方形。
楕円 楕円形。
arrow 矢印。 一方向でもよいし、
双方向。 表示することも可能です
主目盛りと副目盛りが付いたスケール、および
水平または垂直に向けることができます。
セグメント ソリッドで接続された塗りつぶされた長方形のセット
線。 中断された機能に使用されます。
ギャップアライメントとエクソングループ。
トランスクリプト セグメントに似ていますが、接続線は
「帽子」の形と方向
転写は小さな矢印で示されます。
トランスクリプト2 トランスクリプトに似ていますが、方向が異なります。
転写は末端セグメントによって示されます
矢印の形をしています。
プライマー 線で結ばれた XNUMX つの内向きの矢印。 STSに使用されます。
バンプ オプションは、画像の外観を制御するための最も重要なオプションです。 設定されている場合
false (数値 0) に設定すると、フィーチャの重なりが許可されます。 true に設定すると (
番号 1) の場合、フィーチャは衝突を避けるために垂直に移動します。 指定がない場合は、
特定のタイプのシーケンス機能の数が 50 を超える場合、バンプがオンになります。
且つ セクション
データ セクションは、構成セクションに続くことも、構成セクションに進むこともできます。 XNUMX つのセクションでできることは、
も混ざってしまう。 データ セクションは、タブまたは空白で区切られたファイルです。
スプレッドシート アプリケーションまたはワード プロセッサ ファイルからエクスポートします (必ずテキストとして保存してください)
それだけ！）
データセクションの例を次に示します。
コスミド B0511 。 516-619 コスミド B0511 。 3185-3294 コスミド
B0511 。 10946-11208 コスミド B0511 。 13126-13511 コスミド
B0511 。 66-208 コスミド B0511 。 6354-6499 コスミド B0511
。 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5+18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700、15800-53 EST yk10.5cXNUMX +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 スウェーデンの魚 FGENESH 「ジーン」
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 膜貫通ドメイン
FGENESH「Gene 2」 - 16626-17396,17451、17597-XNUMX キナーゼおよびスシドメイン
ファイルの各行には XNUMX つの列が含まれています。 列は次のとおりです。
列番号 説明
-------------------
1 つの機能タイプ
2 機能名
3鎖
4座標
5説明
機能タイプ
フィーチャ タイプは、次の [フィーチャ タイプ] 見出しのいずれかに対応する必要があります。
設定セクション。 そうでない場合は、[一般] オプションが適用されます。
レンダリング時の機能。 機能名は、機能の名前である。 使う "。" また
関連がない場合は「-」。 名前に空白が含まれる場合は、single または double を入力してください
名前を引用符 ("") で囲みます。
ビーチ
ストランドは、フィーチャがどのストランド上にあるかを示します。 前進の「＋」の一つです
ストランド、逆ストランドの場合は「-」、または「.」 孤立していない機能の場合。
座標
座標列は、フィーチャが占める XNUMX つ以上の範囲のセットです。
範囲は、start..stop のように「..」を使用するか、start-stop のようにハイフンを使用して記述されます。
複数の範囲で構成されるフィーチャの場合、 たとえば、
複数のエクソンを持っています。 範囲を同じ行に次のように区切って配置することもできます。
カンマまたはスペースを使用するか、範囲を個別の行に入力して同じ機能を使用するだけです
名前とタイプを入力してグループ化します。 上の例では、Cosmid B0511 機能は
個別のライン スタイルですが、FGENESH 機能では全範囲を XNUMX ライン上に表示するスタイルが使用されます。
スタイル。
説明
最後の列には説明テキストが含まれています。 説明オプションが に設定されている場合
true の場合、このテキストはレンダリングでフィーチャの下に印刷されます。
最後に、関連する機能をグループ化することができます。 例としては EST があります。
yk53c10.5 と yk53c10.3。クローンの両端から読み取られることで関連付けられています。
yk53c10。 この関係を示すには、次のようなセクションを生成します。
EST yk53c10
yk53c10.5+18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800
グループは、フィーチャーを含む XNUMX つの列だけを含む行で示されます。
タイプとグループの一意の名前。 この行に沿って、構成するすべての機能を記述します。
グループ化しますが、最初の列 (フィーチャ タイプ) は空白のままにします。 グループは次のようにレンダリングされます。
グループのメンバー全員の間に破線を引きます。 これを変更するには、
この機能の構成セクションで別のコネクタ オプションを指定する
タイプ。
onworks.net サービスを使用してオンラインで frendp を使用する
