これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド fuzztrane です。
プログラム：
NAME
fuzztran - タンパク質配列のパターンを検索 (翻訳)
SYNOPSIS
ファズトラン -シーケンス セコール -パターン パターン [-フレーム リスト] [-表 リスト] -outfile レポート
ファズトラン -助けて
DESCRIPTION
ファズトラン EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「Nucleic:Motifs,Protein:Motifs」コマンド グループの一部です。
OPTIONS
入力
-シーケンス セコール
-パターン パターン
アミノ酸には標準の IUPAC XNUMX 文字コードが使用されます。 記号「×」は、
任意のアミノ酸が受け入れられる位置に使用されます。 曖昧さは次のように示されます。
角括弧 '[ の間に、指定された位置で許容されるアミノ酸をリストします。
]』。 例: [ALT] は、Ala、Leu、または Thr を表します。 曖昧さは次のようにも示されます。
一対の中括弧「{ }」の間に、受け入れられないアミノ酸をリストします。
与えられた位置で。 例: {AM} は、Ala と Met を除く任意のアミノ酸を表します。
パターン内の各要素は、「-」によって隣の要素と区切られます。 (オプションで
fuzztran) パターンの要素の繰り返しは、次のようにして示すことができます。
括弧内の数値または数値範囲を含む要素。 例:
x(3) は xxx に対応し、x(2,4) は xx または xxx または xxxx に対応します。 とき
パターンは配列の N 末端または C 末端のいずれかに限定されます。そのパターンは
「<」記号で始まるか、「>」記号で終わります。 期間が終了する
パターン。 (fuzztran ではオプション)。 例: [DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4)C
NEW
-フレーム リスト
デフォルト値：1
-表 リスト
出力
-outfile レポート
onworks.net サービスを使用してオンラインで fuzztrane を使用する
