これは、Ubuntuオンライン、Fedoraオンライン、Windowsオンラインエミュレータ、MAC OSオンラインエミュレータなど、複数の無料オンラインワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドgdcmimgです。
プログラム：
NAME
gdcmimg - DICOM 画像ファイルを操作します。
gdcmimgはDICOM画像のカプセル化/デカプセル化を可能にする低レベルツールです。このツールは
転送構文の変換を理解していないため、生のデータをそのままカプセル化します。
場合によっては何らかの影響がありますので、以下の特別な警告を参照してください。
gdcmimgは適切な入力ファイルのみをカプセル化できることに注意することが重要です。たとえば、
関連する DICOM 転送構文が見つかるため、JPG および JP2 が受け入れられます。
ただし、DICOMはTIFFやPNGをサポートしていないため、入力はできません。
代わりに gdcm2vtk などのツールを使用します。
SYNOPSIS
gdcmimg [オプション] ファイル入力 ファイル出力
DESCRIPTION
この gdcmimg コマンドラインツールは次の 2 つの方法で使用できます。
· 1. 認識されたファイル形式をカプセル化されたDICOM形式に変換する。
· 2. DICOM ファイルの長方形部分を匿名化する。
パラメーター
ファイル入力ファイル名（DICOM以外）
file-out DICOM 出力ファイル名
OPTIONS
-i --input 入力ファイル名
-o --output 出力ファイル名
明確な OPTIONS
--endian %s エンディアン (LSB/MSB)。
-d --depth %d 深度 (8/16/32 または BitsAllocated、例: 既知の場合は 12)。
--sign %s ピクセル符号 (0/1)。
--spp %d ピクセルあたりのサンプル数 (1/3)。
-s --size %d,%d サイズ。
-C --sop-class-uid SOP クラス UID (名前または値)。
-T--study-uidスタディUID。
-S--series-uidシリーズUID。
--root-uidルートUID。
フィル OPTIONS
-R --region %d,%d リージョン。
-F --fill %d 指定されたピクセル値で塗りつぶします。
全般的な OPTIONS
-h --ヘルプ
このヘルプテキストを印刷して終了します
-v --バージョン
バージョン情報を印刷して終了します
-V --冗長
詳細モード（警告+エラー）。
-W--警告
警告モード、警告情報を出力
-E--エラー
エラーモード、エラー情報の印刷
-D --デバッグ
デバッグモード、デバッグ情報の出力
ENVIRONMENT 変数
GDCM_ROOT_UIDルートUID
サポートされている FILE FORMAT （適切な FILE 拡大）
gdcmimgはファイル拡張子に基づいて変換処理を行います。以下のリストに従ってください。
認識されたファイル拡張子。拡張子が見つからない場合は、DICOMファイルであると想定されます。
入力形式
* RAW（生、rawl、グレー、rgb）
* RLE（アールエルイー）
* PNM（pgm、pnm、ppm）
* JPEG-LS（jls）
※JPEG2000（jp2、j2k、j2c、jpx、jpc）
* JPEG (jpg、jpeg、ljpg、ljpeg)
* DICOM()
出力フォーマット：
* PGM（pgm、pnm、ppm）
* DICOM()
RAWファイル形式の場合、–endianオプションに特に注意する必要があります。（古い）
JPEGファイル形式は、非可逆形式と可逆形式の両方がサポートされており、ユーザーは料金を支払う必要があります。
–signオプションに注意してください。RLEやRAWなどのファイル形式の場合、ユーザーは
入力データの次元とタイプを見つけるために必要な情報を入力してください。
この情報を見つける他の方法。他のすべてのファイル形式の場合、プロパティは次のように導出されます。
ファイル形式自体から。
PNMファイルはビッグエンディアンである必要があります（深度が8を超える場合に重要）
典型的な USAGE
削除します a 長方形の 部 of 画像
DICOM画像の領域[0,100]x[0,100]を塗りつぶすには、次のようにします。
$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm
警告: ピクセルデータが圧縮されている場合、画像は最初に解凍され、ピクセル
0 に設定することもできますが、再圧縮されません。
変換 RAW 〜へ DICOM
認識される拡張子は .raw、.rawl、.gray、または .rgb です (大文字と小文字は区別されません)
$ gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm
画像はセカンダリキャプチャになります。
入力が 3 つのコンポーネントの場合、ピクセルあたりのサンプル数を明示的に指定する必要があります。
$ gdcmimg --size 512,512 --spp 3 入力rgb.raw 出力rgb.dcm
ファイル名に.rgbという拡張子が含まれている場合、出力は自動的に次のように認識されます。
RGB –sppを指定する必要はありません
$ gdcmimg --size 512,512 入力.rgb 出力_rgb.dcm
あなたが使用することができます dd 破棄したいヘッダーをスキップするためのコマンドライン。例えば、
最初の 108 バイトをスキップしたい場合は、次のようにします。
$ dd skip=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw
.rawと.rawl拡張子は同じです。エンディアンを明示的に指定する必要があります。
手動：
$ gdcmimg --endian MSB --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm
or
$ gdcmimg --endian LSB --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm
変換 PGM/PNM/PPM 〜へ DICOM
認識される拡張子は .pgm、.pnm、.ppm です（大文字と小文字は区別されません）。
$ gdcmimg -i 入力.pgm -o 出力.dcm
画像はセカンダリキャプチャになります
変換 RLE 〜へ DICOM
認識される拡張子は .rle です（大文字と小文字は区別されません）
$ gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i input.rle -o output.dcm
画像はセカンダリキャプチャになります
変換 JPEG 〜へ DICOM
認識される拡張子は .jpg、.jpeg、.ljpg、.ljpeg です (大文字と小文字は区別されません)
$ gdcmimg -i 入力.ljpeg -o 出力.dcm
画像はセカンダリキャプチャになります
変換 J2K 〜へ DICOM
認識される拡張子は .j2k、.jp2、.jpc、jpx、j2c です (大文字と小文字は区別されません)
$ gdcmimg -i 入力.j2k -o 出力.dcm
画像はセカンダリキャプチャになります。
すべてのピクセル情報（保存/割り当てビットなど）は画像自体から取得されます。
コマンドライン オプションからではありません。
指定 a SOP CLASS UID
デフォルトのセカンダリキャプチャイメージストレージの代わりに、VLなどを指定することもできます。
写真画像の保存。
$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 入力.jpg 出力.dcm
複数 ファイル
gdcmimg は一連のファイル (たとえば jpeg) を適切に処理します。
$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg 出力.dcm
マルチフレーム画像をサポートするSOPクラスを指定することが重要です。
gdcmimg は失敗します。
開始 OFFSET
場合によっては、任意のボリューム（例えば2D）から3Dスライスを作成したい場合があります。
この場合、--offset が便利になります。
$ gdcmimg --offset 4954104330 --size 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw スライス_1770.dcm
警告
gdcmimg の実装にはいくつかの問題があります。
RAWファイルの場合、–endian MSBを使用するとピクセルデータが
そのままカプセル化されます（gdcmimgによって変更されません）。したがって、転送可能な構文は
利用可能なのはImplicit VR Big Endian DLX（GE Private）です。GDCMはこのプライベートを処理します。
転送構文。この転送構文を別のものに変換する必要がある場合（そして
ピクセルデータ操作) では、次の機能を使用できます。
$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm
JFIFファイルとJP2ファイル（ヘッダー付き）の場合、ヘッダーはピクセルデータ要素にコピーされます。
これはJP2では無効です。gdcmconvを使用して、JP2/JFIFファイルをJ2K/JPGに正しく再エンコードしてください。
$ gdcmimg 入力.jp2 出力_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force 出力_jp2.dcm 出力_j2k.dcm
RLEファイルでは、行の境界を越えるかどうかのチェックは行われません。
疑わしい場合は、gdcmconv –rle を使用して適切な RLE ファイルに再エンコードしてください。
もちろん、圧縮が設定でうまくいかない場合は、いつでもカプセル化を解除することができます。
gdcmconv を使用して、DICOM ファイル (通常は JPEG) を非カプセル化形式に変換します。
$ gdcmconv --raw 入力_jpeg.dcm 出力_raw.dcm
onworks.net サービスを使用して gdcmimg をオンラインで使用する
