これはコマンド genome-music-pfamp で、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks の無料ホスティング プロバイダーで実行できます。
プログラム：
NAME
ゲノム音楽 pfam - MAF ファイルに Pfam アノテーションを追加します
VERSION
このドキュメントはゲノム ミュージック pfam バージョン 0.04 について説明します (2016-01-01 at 23:10:18)
SYNOPSIS
ゲノム音楽 pfam --maf-file=? --出力ファイル=? --リファレンスビルド=?
...音楽ファム \
--maf-file myMAF.tsv \
--出力ファイル myMAF.tsv.pfam
REQUIRED 議論
mafファイル テキスト
TCGA MAF 仕様 v2.3 を使用した突然変異のリスト
出力ファイル テキスト
Pfam アノテーション ドメインをレポートする追加の列を含む出力 MAF ファイル
リファレンスビルド テキスト
オプションは「Build36」または「Build37」です。 このパラメータにより、適切な注釈が保証されます。
ドメインの有効な値:
Build36
Build37
指定しない場合のデフォルト値「Build37」
DESCRIPTION
このコマンドは、MAF ファイルの末尾の列に Pfam ドメインを追加します。
このツールは MAF ファイルを取得し、その中の各バリアントの場所を特定してから、
バリアントが交差するすべての Pfam アノテーション ドメインを取得するための高速検索。 あ
列は、「Pfam_Annotation_Domains」という入力MAFファイルの末尾に追加されます。
結果がリストされます。 Pfam ドメインが見つからない場合は、「NA」が表示されます。
onworks.net サービスを使用してオンラインで genome-music-pfamp を使用する
