これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド getOrthologList です。
プログラム：
NAME
addUnalignedIntervals-mauveAlignerパッケージの一部
alignProjector-mauveAlignerパッケージの一部
バックボーン_グローバル_to_local-mauveAlignerパッケージの一部
bbAnalyze-mauveAlignerパッケージの一部
createBackboneMFA-mauveAlignerパッケージの一部
getAlignmentWindows-mauveAlignerパッケージの一部
getOrthologList-mauveAlignerパッケージの一部
makeBadgerMatrix-mauveAlignerパッケージの一部
mauveToXMFA-mauveAlignerパッケージの一部
mfa2xmfa-mauveAlignerパッケージの一部
projectAndStrip-mauveAlignerパッケージの一部
randomGeneSample-mauveAlignerパッケージの一部
scoreAlignment-mauveAlignerパッケージの一部
stripGapColumns-mauveAlignerパッケージの一部
stripSubsetLCBs-mauveAlignerパッケージの一部
toGrimmFormat-mauveAlignerパッケージの一部
toMultiFastA-mauveAlignerパッケージの一部
toRawSequence-mauveAlignerパッケージの一部
uniqueMerCount-mauveAlignerパッケージの一部
uniquifyTrees-mauveAlignerパッケージの一部
xmfa2maf-mauveAlignerパッケージの一部
DESCRIPTION
これらのツールはmauveAlignerパッケージに属しています。 それらは明示的に文書化されていませんが
ここで繰り返される概要行を印刷しています。
addUnalignedIntervals インターバル ファイル> <出力 インターバル ファイル>
アライメントプロジェクター xmfa> <出力 xmfa> <MFA seq 入力> <MFA seq 出力> <リスト of
シーケンス 〜へ 含む、 起動 at 0>
バックボーン_グローバル_to_local <xmfa ファイル> <バックボーン ファイル> <出力 ファイル>
bb分析 <xmfa ファイル> <ガイド ツリー> <バックボーン 配列番号 ファイル> <バックボーン コル ファイル> <注釈付き
seq インデックス> <出力 ファイル>
注釈付きのseqインデックスは0から始まります。
createBackboneMFA インターバル ファイル> <出力 MFA 名前>
getAlignmentWindows <XMFA 配置> <ウィンドウ 長さ> <ウィンドウ シフト 金額> <ベース 出力
ファイル名>
getOrthologList getOrthologList xmfa> <バックボーン seq ファイル> <参考 ゲノム> <CDS
オーソログ ファイル名> <CDS アラインメント ベース 名前>
makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix xmfa> <出力 アナグマ ファイル> <LCB 調整する ファイル>
mauveToXMFA mauveToXMFA <藤色 アラインメント 入力> <XMFA 出力>
mfa2xmfa <MFA アラインメント 入力> <XMFA アラインメント 出力> [整列していない ファストA 出力]
プロジェクトとストリップ xmfa> <出力 xmfa> ..。
数値シーケンス識別子は0から始まります。
ランダム遺伝子サンプル xmfa> <バックボーン seq ファイル> <サンプル ゲノム> <数値 of 遺伝子>
<出力 ベース 名前> [ランダム シード]
スコアアラインメント <正しい 配置> <計算済み 配置> [進化した シーケンス ファイル] [スラガン]
ストリップギャップ列 XMFA> <出力 XMFA>
stripSubsetLCB xmfa> bbcols> <出力 xmfa> [分 LCB サイズ] [分 ゲノム]
[無作為に サブサンプル 〜へ X kb]
グリムフォーマットへ <藤色 配置> <ゲノム 1 CHR 長さ>..。 N CHR 長さ>
にMultiFastA インターバル ファイル> <出力 ベース 名前>
toRawSequence シーケンス> <出力 ファイル>
ユニークマーカウント <ソート済み 結婚 リスト>
ユニークなツリー <ネクサス ファイル> <ネクサス 出力 ファイル>
入力ファイル内のすべてのツリーには、同じ数の分類群と同じ分類群が必要です。
ラベル
xmfa2maf <xmfa 入力> <マフ 出力>
onworks.net サービスを使用してオンラインで getOrthologList を使用する
