これはコマンド gmod_gff3_preprocessor.plp であり、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できます。
プログラム：
NAME
$0 - chado データベースへの一括読み込み用に GFF3 ファイルを準備します。
SYNOPSIS
% gmod_gff_preprocessor [オプション] --gfffile
コマンドライン OPTIONS
--gfffile GFF3 を含むファイル (オプション、読み取り可能)
標準入力から)
--outfile 結果ファイルの命名に使用されるカーネルの名前
--splitfile ファイルをより管理しやすいチャンクに分割します。
分割を制御する引数
--onlysplit ファイルを分割して終了します (つまり、ソートしません)。
--nosplit ファイルを分割しません (つまり、並べ替えのみ)。
--hasrefseq ファイルに参照シーケンス行が含まれている場合に設定します
(ファイルを分割しない場合のみ必要)
--dbprofile gmod.conf プロファイル名を指定します (それ以外の場合はデフォルトを使用します)
--inheritance_tiers このファイルの継承レベルは何レベルですか?
持つ (デフォルト: 3)
DESCRIPTION
splitfile -- このフラグを 1 に設定するだけで、ファイルが参照によって分割されます
順序。 オプションの引数を指定すると、次のようにさらに分割されます。
これらのルール:
source=1 ソース列の値に従ってファイルを分割します
source=a,b,c (正規表現を介して) 一致するソースを持つ行を配置します
別のファイルの 'a'、'b'、または 'c'
type=a,b,c 'a'、'b'、または 'c' に一致するタイプの行を
別のファイル
たとえば、すべての分析結果を別のファイルに入れる場合は、
「--splitfile type=match」、およびすべての cDNA_match、EST_match、および
cross_genome_match フィーチャーは、別々のファイルに入れられます (参照シーケンスによって分離されます)。
inheritence_tiers -- このファイルの継承レベルの数。 たとえば、
ファイルには「セントラル ドグマ」遺伝子 (遺伝子/mRNA/エクソン、ポリペプチド) があり、3 つ含まれています。
から 4 までがサポートされていますが、数値が大きくなるほど、実行が遅くなります。 そうしないと
3 は妥当な推測です。
ファスタ シーケンス
GFF3 ファイルの末尾に FASTA 配列が含まれている場合、配列は
拡張子「.fasta」の別のファイル。 このfastaファイルは、後で個別にロードできます
次のコマンドを使用して、分割および/またはソートされた GFF3 ファイルがロードされます。
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmod_gff3_preprocessor.plp を使用する
