gmx-bundle - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

gmx-bundle - 軸のバンドル (ヘリックスなど) を分析します

SYNOPSIS

gmx バンドル [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ol [<.xvg>]] [-od [<.xvg>]] [-オズ [<.xvg>]]
[-ot [<.xvg>]] [-otr [<.xvg>]] [-otl [<.xvg>]]
[-Ok [<.xvg>]] [-okr [<.xvg>]] [-okl [<.xvg>]]
[-oa [<.pdb>]] [-b ] [-e ] [-DT ]
[-あなた ] [-xvg ] [作成 ] [-[no] z]

DESCRIPTION

GMX バンドル 軸の束を分析します。 軸は例えば螺旋軸であってもよい。 プログラム
XNUMX つのインデックス グループを読み取り、両方を分割します。 作成 部品。 これらの重心は
パーツは軸の上部と下部を定義します。 いくつかの量がファイルに書き込まれます。
軸の長さ、距離、および軸中点の Z シフト
すべての軸の平均中心、合計傾斜、半径方向傾斜、および横方向傾斜
平均軸に関して。

オプション付き -Ok, -okr 　 -okl 軸の合計、半径方向および横方向のねじれは次のとおりです。
プロットした。 キンク原子の追加のインデックス グループが必要です。これも次のように分割されます。 作成
部品。 キンク角度は、キンクの上部と下部のキンクの間の角度として定義されます。
ベクトル。

オプションを使用すると -oa トップ、ミッド（またはキンクの場合） -Ok が設定されています）、各軸の底点は
に書かれた .pdb 各フレームをファイルします。 剰余番号は軸番号に対応します。
Rasmol でこのファイルを表示する場合は、コマンド ライン オプションを使用します。 -nmrpdb、およびタイプ セッションに 軸
true 基準軸を表示します。

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた

-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル

出力ファイルを指定するオプション：

-ol [<.xvg>] (bun_len.xvg)
xvgr / xmgrファイル

-od [<.xvg>] (bun_dist.xvg)
xvgr / xmgrファイル

-オズ [<.xvg>] (bun_z.xvg)
xvgr / xmgrファイル

-ot [<.xvg>] (bun_tilt.xvg)
xvgr / xmgrファイル

-otr [<.xvg>] (bun_tiltr.xvg)
xvgr / xmgrファイル

-otl [<.xvg>] (bun_tiltl.xvg)
xvgr / xmgrファイル

-Ok [<.xvg>] (bun_kink.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-okr [<.xvg>] (bun_kinkr.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-okl [<.xvg>] (bun_kinkl.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-oa [<.pdb>] (axes.pdb) （オプション）
タンパク質データバンクファイル

その他のオプション：

-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）

-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）

-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します

-あなた （ps）
時間値の単位：fs、ps、ns、us、ms、s

-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし

作成 (0)
軸数

-[no] z （いいえ）
z- 平均軸の代わりに基準としての軸

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