これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-cluster です。
プログラム：
NAME
gmx-cluster - クラスター構造
SYNOPSIS
gmx クラスター [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-dm [<.xpm>]] [-オム [<.xpm>]] [-o [<.xpm>]] [-g [<.log>]]
[-距離 [<.xvg>]] [-ev [<.xvg>]] [-コンバージョン [<.xvg>]]
[-sz [<.xvg>]] [-tr [<.xpm>]] [-ntr [<.xvg>]]
[-clid [<.xvg>]] [-NS [<.xtc / .trr / ...>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-あなた ] [-[今]
[-xvg ] [-[いいえ]ディスタ] [-nlevels ]
[-切り落とす ] [-[no]適合] [-最大 ] [-スキップ ]
[-[いいえ]av] [-wcl ] [-nst ] [-rmsmin ]
[-方法 ] [-minstruct ] [-[いいえ]バイナリ]
[-M ] [-P ] [-シード ] [-ナイター ]
[-ランダム ] [-kT ] [-[no] pbc]
DESCRIPTION
GMX いくつかの異なる方法を使用して構造をクラスタリングできます。 間の距離
構造は軌跡から決定したり、 .xpm マトリックス ファイル
-dm オプション。 フィッティング後の RMS 偏差、または原子対距離の RMS 偏差を測定できます。
構造間の距離を定義するために使用されます。
単一リンケージ: クラスターのいずれかの要素との距離が離れている場合に、クラスターに構造を追加します。
クラスターは未満です カットオフ.
Jarvis Patrick: この構造とクラスター内の構造がクラスターに追加された場合、クラスターに構造を追加します。
クラスターは互いに隣接しており、少なくとも P 共通の隣人。 の
構造の近傍とは、M 個の最も近い構造、またはその構造内にあるすべての構造です。 カットオフ.
モンテカルロ: フレームの順序が同じになるように、モンテカルロを使用して RMSD 行列を並べ替えます。
可能な限り最小の増分を使用しています。 これでスムーズに作ることが可能です
可能な限り最大の RMSD を使用して、ある構造から別の構造に移動するアニメーション
ただし、中間のステップはできるだけ小さくする必要があります。 アプリケーション
シミュレーションまたは引っ張りの平均力アンサンブルの可能性を視覚化することもできます。
シミュレーション。 明らかに、ユーザーは軌道を適切に準備する必要があります（たとえば、
フレームを重ね合わせます)。 最終結果は、マトリックスを見ることで視覚的に検査できます。
.xpm ファイルは下から上に滑らかに変化するはずです。
対角化: RMSD 行列を対角化します。
gromos: Daura で説明されているアルゴリズムを使用します。 et アル。 (アンジュー。 CHEM。 int型。 エド 1999, 38、pp
236-240）。 カットオフを使用して近傍の数をカウントし、最も多くの数を持つ構造を取得します。
すべての近隣ノードをクラスターとして追加し、クラスターのプールから削除します。
プール内の残りの構造についても繰り返します。
クラスタリング アルゴリズムが各構造を正確に XNUMX つのクラスター (単一のクラスター) に割り当てる場合、
linkage、Jarvis Patrick、gromos) と軌跡ファイルが提供されており、その構造は
他の構造、または平均構造、またはすべての構造までの最小平均距離
各クラスターは軌跡ファイルに書き込まれます。 すべての構造を記述する場合は、分けて記述します。
番号付きのファイルがクラスタごとに作成されます。
常に XNUMX つの出力ファイルが書き込まれます。
· -o RMSD 値を行列の左上半分とグラフィックに書き込みます。
右下半分のクラスターの描写 -minstruct = 1 グラフィック
XNUMX つの構造が同じクラスター内にある場合、黒で表示されます。 いつ -minstruct > 1
クラスターごとに異なる色が使用されます。
· -g 使用されたオプションに関する情報とすべてのクラスターの詳細なリストを書き込みます。
彼らのメンバー。
さらに、いくつかのオプションの出力ファイルを書き込むことができます。
· -距離 RMSD ディストリビューションを書き込みます。
· -ev RMSD行列の対角化の固有ベクトルを書き込みます。
· -sz クラスターのサイズを書き込みます。
· -tr クラスターペア間の遷移数の行列を書き込みます。
· -ntr 各クラスターへの、または各クラスターからの遷移の合計数を書き込みます。
· -clid クラスタ番号を時間の関数として書き込みます。
· -NS 平均書き込み (オプションあり) -の) または各クラスターの中心構造または書き込み
選択したクラスターセットのクラスターメンバーを含む番号付きファイル (オプションあり) -wcl,
に依存します -nst -rmsmin）。 クラスターの中心は、
クラスターの他のすべての構造からの最小平均 RMSD。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc） （オプション）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr） （オプション）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
-dm [<.xpm>] (rmsd.xpm) （オプション）
XPixMap互換のマトリックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-オム [<.xpm>] (rmsd-raw.xpm)
XPixMap互換のマトリックスファイル
-o [<.xpm>] (rmsd-clust.xpm)
XPixMap互換のマトリックスファイル
-g [<.log>] (クラスター.ログ)
ログファイル
-距離 [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-ev [<.xvg>] (rmsd-eig.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-コンバージョン [<.xvg>] (mc-conv.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-sz [<.xvg>] (clust-size.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-tr [<.xpm>] (clust-trans.xpm) （オプション）
XPixMap互換のマトリックスファイル
-ntr [<.xvg>] (clust-trans.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-clid [<.xvg>] (clust-id.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-NS [<.xtc / .trr / ...>] (クラスター.pdb) （オプション）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-あなた （ps）
時間値の単位：fs、ps、ns、us、ms、s
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps .pdb ファイル
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
-[いいえ]ディスタ （いいえ）
RMS 偏差の代わりに距離の RMSD を使用する
-nlevels (40)
RMSD 行列をこのレベル数で離散化します
-切り落とす (0.1)
隣接する XNUMX つの構造の RMSD カットオフ (nm)
-[no]適合 （はい）
RMSD 計算の前に最小二乗フィッティングを使用する
-最大 （-1）
RMSDマトリックスの最大レベル
-スキップ (1)
nr 番目のフレームごとにのみ分析します
-[いいえ]av （いいえ）
各クラスターの平均等値中間構造を書き込みます
-wcl (0)
この数のクラスターの構造を番号付きファイルに書き込みます
-nst (1)
クラスターあたりの構造数がこの数を超える場合にのみ、すべての構造を書き込みます。
-rmsmin (0)
構造を書き込む場合のクラスターの残りの部分との最小 rms 差
-方法 （リンケージ）
クラスターの決定方法: リンケージ、ジャービス・パトリック、モンテカルロ、
対角化、グロモス
-minstruct (1)
色付けのためのクラスター内の構造の最小数 .xpm file
-[いいえ]バイナリ （いいえ）
RMSD 行列を 0 と 1 で構成されるものとして扱います。ここで、カットオフは次の式で与えられます。
-切り落とす
-M (10)
Jarvis-Patrick アルゴリズムで考慮される最近傍の数。0 が使用されます。
カットオフ
-P (3)
クラスターを形成するために必要な同一の最近傍の数
-シード (1993)
モンテカルロ クラスタリング アルゴリズムの乱数シード: <= 0 は生成を意味します
-ナイター (10000)
MCの反復回数
-ランダム (0)
MC の最初の反復は、フレームをシャッフルするために完全にランダムに実行される場合があります。
-kT (0.001)
モンテカルロ最適化のためのボルツマン重み付け係数 (ゼロは上り坂をオフにする)
ステップ）
-[no] pbc （はい）
PBCチェック
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-cluster を使用する
