これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドgmx-convert-tprです。
プログラム：
NAME
gmx-convert-tpr-変更された実行入力ファイルを作成します
SYNOPSIS
gmx 変換-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-拡張する ]
[-それまで ] [-nsteps ] [-時間 ]
[-[no] zeroq] [-[小説] [-[no]続き]
[-init_fep_state ]
DESCRIPTION
GMX 変換-tpr 実行入力ファイルはXNUMXつの方法で編集できます。
1. オプションを使用して実行入力ファイルのステップ数を変更する -拡張する, -それまで or
-nsteps （nsteps = -1は、無制限のステップ数を意味します）
2. （廃止）シミュレーションで継続実行用の実行入力ファイルを作成する
たとえば、ディスクがいっぱいであるか、継続実行入力ファイルを作成したためにクラッシュしました。 このオプション
mdrunがチェックポイントファイルの書き込みと読み取りを行うようになったため、は廃止されました。 Note そのフレームと
座標と速度が必要です。 圧力および/または能勢フーバー温度の場合
カップリングが使用され、エネルギーファイルを供給して、
元の実行。
3. 元のtpxファイルのサブセット用に.tpxファイルを作成します。これは次の場合に役立ちます。
.tpxファイルから溶媒を除去したい場合、またはたとえば純粋なものにしたい場合
Calpha.tpxファイル。 使用する必要がある場合があることに注意してください -nsteps -1 （または同様の）これを取得するには
作業。 警告： この .tpx file is 完全に 機能的な.
4. 指定されたグループの料金をゼロに設定します。 これは無料で行うときに便利です
LIE（線形相互作用エネルギー）法を使用したエネルギー推定。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-s [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル
-f [<.trr / .cpt / ...>] （traj.trr） （オプション）
完全な精度の軌道： てら CPT tng
-e [<.edr>] （ener.edr） （オプション）
エネルギーファイル
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.tpr>] （tprout.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル
その他のオプション：
-拡張する (0)
この量（ps）でランタイムを延長します
-それまで (0)
この終了時間（ps）までランタイムを延長します
-nsteps (0)
ステップ数を変更する
-時間 （-1）
最後のフレームではなく、この時点（ps）でフレームから続行します
-[no] zeroq （いいえ）
グループの料金（インデックスから）をゼロに設定します
-[小説 （はい）
軌道からの速度を要求する
-[no]続き （はい）
正確に継続するには、最初のステップの前に制約を適用しないでください
-init_fep_state (0)
初期化するfep状態
onworks.netサービスを使用してオンラインでgmx-convert-tprを使用する
