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プログラム：

NAME

gmx-density-システムの密度を計算します

SYNOPSIS

gmx密度[-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-ei [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[今] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [-デンス ] [-ng ] [-[no] center]
[-[no] symm] [-[no]相対]

DESCRIPTION

GMX 密度 インデックスファイルを使用して、ボックス全体の部分密度を計算します。

NPTシミュレーションの総密度については、次を使用します。 GMX エネルギー を代わりにお使いください。

オプション -センター 任意の中心を基準にしてヒストグラムのビニングを実行します
グループ、絶対ボックス座標。 Z軸ボックスに沿ってプロファイルを計算している場合
寸法bZの場合、システム全体に基づいて中央に配置すると、出力は-bZ/2からbZ/2になります。
この動作はGROMACS5.0で変更されていることに注意してください。 以前のバージョンは単に実行しました
（0、bZ）の静的ビニングと出力のシフト。 次に、各フレームの中心を計算します
およびビンイン（-bZ / 2、bZ / 2）。

オプション -symm 中心の周りの出力を対称化します。 これは自動的にオンになります
-センター それも。 オプション -相対的 絶対ボックスではなく相対ボックスでビニングを実行します
座標を設定し、出力に沿った平均ボックス寸法で最終出力をスケーリングします
軸。 これはと組み合わせて使用​​することができます -センター.

密度はkg/m ^ 3で表され、数密度または電子密度も次のようになります。
計算されます。 電子密度の場合、それぞれの電子数を記述したファイル
原子のタイプは、を使用して提供する必要があります -ei。 次のようになります。

2
アトム名=nrelectrons
アトム名=nrelectrons

最初の行には、ファイルから読み取る行数が含まれています。 XNUMXつあるはずです
システム内の一意の原子名ごとの行。 各原子の電子数は
その原子部分電荷によって変更されます。

二重層のための重要な考慮事項

最も一般的な使用シナリオのXNUMXつは、さまざまなグループの密度を計算することです。
脂質二重層を横切って、通常はz軸が法線方向です。 略して
シミュレーション、小規模なシステム、および固定ボックスサイズはこれで問題なく機能しますが、
一般的な場合、脂質二重層は複雑になる可能性があります。 両方が
タンパク質と脂質は体積圧縮率が低く、脂質は非常に高い面積を持っています
圧縮性。 これは、箱の形状（厚さおよび面積/脂質）が変動することを意味します
完全にリラックスしたシステムでも実質的に。 GROMACSはボックスを
原点と正の座標。これは、ボックスの中央に二重層があることを意味します。
これらの変動により少し上下に移動し、プロファイルを塗りつぶします。 最も簡単
これを修正する方法（圧力カップリングが必要な場合）は、 -センター そのオプション
ボックスの中心を基準にして密度プロファイルを計算します。 あなたができることに注意してください
複雑な非対称システムがあり、
二分子膜、たとえば膜タンパク質-そうすれば、私たちの出力は単により多くの値を持ちます
（中央）原点参照の側。

中央に配置された計算でさえ、出力プロファイルを不鮮明にすることになります。
脂質自体が圧縮され、膨張します。 ほとんどの場合、おそらくこれが必要です（
巨視的な実験に対応します）が、分子の詳細を見たい場合
あなたが使用することができます -相対的 ボリュームの影響をさらに除去しようとするオプション
ゆらぎ

最後に、表面張力を受けない大きな二重層は起伏を示します
システム内に「波」が形成される変動。 これは基本です
生物学的システムの特性、そしてあなたが実験と比較しているならあなたはおそらく
うねりスミア効果を含めたい。

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル

-s [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル

-ei [<.dat>] （electrons.dat） （オプション）
一般的なデータファイル

出力ファイルを指定するオプション：

-o [<.xvg>] （density.xvg）
xvgr / xmgrファイル

その他のオプション：

-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）

-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）

-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します

-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps & .pdb ファイル

-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし

-d （Z）
膜の法線をX、Y、またはZ方向に取ります。

-sl (50)
ボックスをこのスライス数で分割します。

-デンス （質量）
密度：質量、数、電荷、電子

-ng (1)
密度を計算するグループの数。

-[no] center （いいえ）
（変更する）ボックスの中心を基準にしてビニングを実行します。 に便利
二重層。

-[no] symm （いいえ）
中心を基準にして、軸に沿って密度を対称化します。 に便利
二重層。

-[no]相対 （いいえ）
ボックスを変更するために相対座標を使用し、平均寸法で出力をスケーリングします。

KNOWN 問題

・電子密度を計算するとき、タイプの代わりに原子名が使用されます。 これは悪いです。

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