これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-genrestr です。
プログラム：
NAME
gmx-genrestr - インデックス グループの位置制約または距離制約を生成します
SYNOPSIS
gmx ジャンルstr [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.itp>]]
[-の [<.ndx>]] [-fc ] [-氷結 ]
[-[いいえ]不快] [-disre_dist ] [-disre_frac ]
[-disre_up2 ] [-切り落とす ] [-[no] constr]
DESCRIPTION
GMX ジャンルstr 原子番号のリストを含むトポロジの #include ファイルを生成します
および XNUMX つの力定数 x-, y-、 と z・内容を踏まえたディレクション -f
ファイル。 コマンドラインでは、XNUMX つの等方性力定数の代わりに XNUMX つの等方性力定数を指定できます。
コンポーネント。
警告: 位置拘束は分子内の相互作用であるため、位置拘束は次のようにする必要があります。
正しい範囲内に含まれる [ 分子タイプ ] トポロジ内のブロック。 原子インデックス
中で [ 位置拘束 ] ブロックは、原子インデックスの範囲内にある必要があります。
その分子の種類。 トポロジー内のすべての分子タイプの原子番号は で始まるため、
1 と入力ファイル内の数値 GMX ジャンルstr 1から連番、 GMX
ジャンルstr 最初の分子に対して有用なファイルのみが生成されます。 を編集することもできます。
結果のインデックス ファイルを使用して、後のアトムの行を削除するか、適切なインデックスを構築します
入力として提供するグループ GMX ジャンルstr.
-の オプションは、原子の凍結に使用できるインデックス ファイルを生成します。 この場合、
入力ファイルは次でなければなりません .pdb ファイルにソフトウェアを指定する必要があります。
-嫌がる オプションでは、距離拘束の行列の半分が代わりに生成されます。
位置の拘束。 この行列を使用すると、その行列は通常、
タンパク質を結合することなく、タンパク質の全体的な立体構造を維持することができます。
特定の位置 (位置拘束と同様)。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.gro / .g96 / ...>] （conf.gro）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp tpr
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.itp>] （posre.itp）
トポロジのインクルードファイル
-の [<.ndx>] (フリーズ.ndx) （オプション）
インデックスファイル
その他のオプション：
-fc （1000 1000 1000）
力定数 (kJ/mol nm^2)
-氷結 (0)
Status -の オプションを指定するか、このオプションを指定すると、次の内容を含むインデックス ファイルが書き込まれます。
ここで指定したレベル未満の B ファクターを持つすべての原子の原子番号
-[いいえ]不快 （いいえ）
インデックス内のすべての原子の距離拘束行列を生成します。
-disre_dist (0.1)
距離制約を生成するための実際の距離を中心とした距離範囲
-disre_frac (0)
固定距離ではなく間隔として使用される距離の分数。 もし
ここで指定した距離の一部は、で指定した距離よりも小さいです
前のオプションが代わりに使用されます。
-disre_up2 (1)
距離制限の上限と、
力が一定になります（マニュアルを参照）
-切り落とす （-1）
カットオフ (nm) 内の原子ペアに対してのみ距離制約を生成します
-[no] constr （いいえ）
距離制約ではなく制約行列を生成します。 タイプ 2 の制約
除外を生成するものが生成されます。
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-genrestr を使用する
