これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 2 つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-hXNUMXorder です。
プログラム：
NAME
gmx-h2order - 水の分子の向きを計算する
SYNOPSIS
gmx h2order [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-nm [<.ndx>]]
[-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[今] [-xvg ] [-d ]
[-sl ]
DESCRIPTION
GMX h2order 法線に対する水分子の方向を計算します。
箱。 プログラムは、双極子モーメント間の角度の平均余弦を決定します。
水と箱の軸。 ボックスはスライスに分割され、各スライスの平均方向は
スライスが印刷されます。 各水分子は、以下に基づいて時間枠ごとにスライスに割り当てられます。
酸素の位置。 いつ -nm を使用すると、水双極子と
重心間の角度の代わりに、質量中心から酸素までの軸が計算されます。
ダイポールとボックス軸。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] （index.ndx）
インデックスファイル
-nm [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
-s [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.xvg>] （order.xvg）
xvgr / xmgrファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps .pdb ファイル
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
-d （Z）
膜の法線をX、Y、またはZ方向に取ります。
-sl (0)
ボックスをこの数値で分割し、ボックスの長さの関数として順序パラメーターを計算します。
スライスの。
KNOWN 問題
· プログラムは、XNUMX つの原子のうちの最初の原子に基づいて、水分子全体をスライスに割り当てます。
インデックス ファイル グループ内。 O、H、H の順序を想定します。 名前は重要ではありませんが、順序は重要です
は。 この要求が満たされない場合、スライスへの分子の割り当ては異なります。
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-h2order を使用する
