これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-helixorient です。
プログラム：
NAME
gmx-helixorient - らせん内部のローカルピッチ/曲げ/回転/方向を計算します
SYNOPSIS
gmxヘリックスオリエント[-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-軸 [<.dat>]] [-オセンター [<.dat>]] [-おりせ [<.xvg>]]
[-オラディウス [<.xvg>]] [-ツイスト [<.xvg>]]
[-曲がる [<.xvg>]] [-傾く [<.xvg>]] [-オロット [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-xvg ]
[-[なし]サイドチェーン] [-[いいえ]増分]
DESCRIPTION
GMX ヘリクオリエント 内部の平均軸の座標と方向を計算します。
アルファヘリックス、およびアルファと（オプションで）サイドチェーンの両方の方向/ベクトル
軸に対する原子の相対的な関係。
入力として、に対応する Calpha 原子を含むインデックス グループを指定する必要があります。
連続残基のαヘリックス。 サイドチェーンの方向には、次の XNUMX 番目のインデックス グループが必要です。
同じサイズで、各残基に重原子が含まれており、
サイドチェーン。
注意 このプログラムでは構造のフィッティングは行われないことを確認してください。
らせん軸のローカル方向を定義するには、XNUMX つの Calpha 座標が必要です。
傾き/回転はオイラー回転から計算され、らせん軸を次のように定義します。
ローカル x-軸、残基/Calpha ベクトル y、 そしてその z-軸からのクロス
製品。 オイラー YZX 回転を使用します。つまり、最初に螺旋軸 (1) を周囲に傾けます。
(2) 残差ベクトルに直交し、最後に (3) その周りに回転を適用します。
デバッグやその他の目的のために、実際のオイラー回転角も次のように書き出します。
シータ[1-3].xvg
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-s [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-軸 [<.dat>] (helixaxis.dat)
一般的なデータファイル
-オセンター [<.dat>] (センター.dat)
一般的なデータファイル
-おりせ [<.xvg>] (rise.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-オラディウス [<.xvg>] (半径.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-ツイスト [<.xvg>] (ツイスト.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-曲がる [<.xvg>] (曲げ.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-傾く [<.xvg>] (tilt.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-オロット [<.xvg>] （rotation.xvg）
xvgr / xmgrファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
-[なし]サイドチェーン （いいえ）
ヘリックス軸を基準とした側鎖の方向も計算します。
-[いいえ]増分 （いいえ）
合計の回転/傾斜ではなく増分を計算します。
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-helixorient を使用する
