これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-nmtraj です。
プログラム：
NAME
gmx-nmtraj - 固有ベクトルから仮想振動軌道を生成します
SYNOPSIS
gmx nmtraj [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-v [<.trr / .cpt / ...>]]
[-o [<.xtc / .trr / ...>]] [-eignr ]
[-フェーズ ] [-臨時雇用者 ] [-振幅 ]
[-nframes ]
DESCRIPTION
GMX nmtraj に対応する固有ベクトルから仮想軌道を生成します。
平均的な構造の周囲の調和デカルト振動。 固有ベクトルは次のようになります。
通常は質量重み付けされますが、重み付けされていない固有ベクトルを使用して生成することもできます。
直交運動。 出力フレームは、全体をカバーする軌跡ファイルとして書き込まれます。
最初のフレームは平均的な構造です。 (または) に軌跡を書き込むと、
PDB 形式に変換すると、PyMol で直接表示でき、フォトリアリスティックなレンダリングも可能になります。
映画。 動きの振幅は固有値と事前設定温度から計算され、
すべてのモードにわたってエネルギーが均等に分配されると仮定します。 動きをはっきりと見えるようにするには
PyMol では、非現実的な高温を設定して増幅することもできます。
ただし、線形デカルト変位と質量重み付けの両方が影響を受けることに注意してください。
高振幅では重大な構造変形につながります - これは単なる制限です
デカルトノーマルモードモデルの。 デフォルトでは、選択された固有ベクトルは 7 に設定されます。
最初の XNUMX つの法線モードは並進および回転の自由度です。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた
-v [<.trr / .cpt / ...>] （eigenvec.trr）
完全な精度の軌道： てら CPT tng
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.xtc / .trr / ...>] (nmtraj.xtc)
軌道： xtc てら gro g96 pdb tng
その他のオプション：
-eignr (7)
使用する固有ベクトルの文字列 (最初は 1)
-フェーズ (0.0)
フェーズの文字列 (デフォルトは 0.0)
-臨時雇用者 (300)
温度（K）
-振幅 (0.25)
固有値<=0のモードの振幅
-nframes (30)
生成するフレームの数
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-nmtraj を使用する
