これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-rama です。
プログラム：
NAME
gmx-rama - ラマチャンドラン プロットを計算する
SYNOPSIS
gmx ラマ [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-[今] [-xvg ]
DESCRIPTION
GMX ラマ トポロジ ファイルからファイ/プサイ二面体の組み合わせを選択し、計算します
これらは時間の関数として表されます。 などの単純な Unix ツールを使用する grep 選択できます
特定の残留物。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.xvg>] (rama.xvg)
xvgr / xmgrファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps .pdb ファイル
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-rama を使用する
