gt-snpper - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

gt-snpper - ゲノム情報によって与えられるゲノムへの影響に従って SNP に注釈を付けます
注釈。

SYNOPSIS

gt スナッパー [オプション ...] GFF3_file [GVF_file]

DESCRIPTION

-trans_table [値]
NCBI 変換テーブル番号は、次から選択します。

・1：標準

・2：脊椎動物のミトコンドリア

・3：酵母ミトコンドリア

· 4: カビのミトコンドリア。 原生動物のミトコンドリア。 腔腸動物ミトコンドリア。
マイコプラズマ; スピロプラズマ

・5：無脊椎動物のミトコンドリア

· 6: 繊毛虫核。 ダシクラデス類の核。 ヘキサミタ・ニュークリア

・9：棘皮動物ミトコンドリア。 扁形動物ミトコンドリア

· 10: ユープロティッド核

· 11: 細菌、古細菌、植物の色素体

・12：代替酵母核

・13：ホヤのミトコンドリア

・14：代替扁形動物ミトコンドリア

・15：大核眼瞼症

・16：緑藻類のミトコンドリア

・21：吸虫ミトコンドリア

・22：セネデスムス・オブリキュス・ミトコンドリア

・23：ヤブレツボカビミトコンドリア

・24：翼鰓条ミトコンドリア

· 25: 候補部門 SR1 および Gracilibacteria (デフォルト: 1)

-seqfile [ファイル名]
シーケンスを取得するシーケンス ファイルを設定します (デフォルト: 未定義)

-encseq [ファイル名]
シーケンスの取得元となるエンコードされたシーケンスのインデックス名を設定します (デフォルト:
未定義）

-seqfiles
特徴を抽出するシーケンス ファイルを設定します。 -- リストを終了するには
シーケンスファイルの

-matchdesc [はい|いいえ]
入力ファイルから配列の説明を検索して、目的の配列 ID を見つけます (
GFF3)、最初の一致を報告します (デフォルト: いいえ)

-matchdescstart [はい|いいえ]
目的のシーケンスの入力ファイルのシーケンス記述と完全に一致します。
先頭から最初の空白までの ID (GFF3 内) (デフォルト: no)

-usedesc [はい|いいえ]
シーケンス記述を使用して、シーケンス ID (GFF3 内) を実際のシーケンスにマッピングします。
エントリ。 説明にシーケンス範囲 (例: III:1000001..2000000) が含まれる場合、
最初の部分はシーケンス ID として使用されます (3)、最初の範囲の位置をオフセットとして指定します。
(1000001) (デフォルト: いいえ)

-リージョンマッピング [文字列]
シーケンス領域を含むファイルとシーケンス ファイルのマッピングを設定します (デフォルト: 未定義)

-o [ファイル名]
指定されたファイルに出力をリダイレクトします（デフォルト：未定義）

-gzip [はい|いいえ]
gzip圧縮出力ファイルの書き込み（デフォルト：no）

-bzip2 [はい|いいえ]
bzip2圧縮出力ファイルの書き込み（デフォルト：no）

-力 [はい|いいえ]
出力ファイルへの書き込みを強制します（デフォルト：no）

-助けて
ヘルプを表示して終了します

-バージョン
バージョン情報を表示して終了します

オプションのファイル形式 -リージョンマッピング:

オプション -regionmapping に指定されたファイルは、「マッピング」を定義します。 マッピングは、
で指定されたシーケンス領域エントリ GFF3_ファイル を含むシーケンスファイルに
対応するシーケンス。 マッピングは、次の XNUMX つの形式のいずれかで定義できます。

マッピング = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

関数マッピング(sequence_region)
return "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
end

最初の形式は Lua (http://www.lua.org) それぞれをマッピングする「mapping」という名前のテーブル
配列領域を対応する配列ファイルにコピーします。 XNUMX 番目は Lua 関数を定義します
「マッピング」。これは、
引数として sequence_region を指定します。

報告 バグ

バグを報告する[メール保護]>.

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