これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MAC OSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドhmm2alignです。
プログラム：
NAME
hmm2align - シーケンスを HMM プロファイルに揃える
SYNOPSIS
うーん2align [オプション] hmm2ファイル seqファイル
DESCRIPTION
うーん2align HMM ファイルを読み取る うーんファイル そして、一連のシーケンス seqファイル、 整列させる
プロファイル HMM にシーケンスを適用し、多重シーケンスアライメントを出力します。
seqファイル HMMERが受け入れるアラインメントなしまたはアラインメントありのファイル形式であれば、
多重アライメント形式（例：ストックホルム、MSF、SELEX、ClustalW）、既存のアライメント
は無視されます（つまり、配列は整列されていないかのように読み込まれます - hmm2alignは整列します
望む通りに実行します。
OPTIONS
-h 簡単なヘルプを印刷します。 バージョン番号とすべてのオプションの概要が含まれます。
エキスパートのオプション。
-m 州に合わせて整列されたシンボルのみを整列に含める。表示しない
挿入状態に割り当てられたシンボル。
-o アライメントをファイルに保存 標準出力の代わりに。
-q quiet; アラインメント自体以外のすべての出力を抑制します。パイプや
出力をリダイレクトします。
EXPERT OPTIONS
--informat
入力が seqファイル 形式になっています ; Babelfish 形式を実行しないでください
自動検出。 これにより、プログラムの信頼性が多少向上します。
Babelfish は間違いを犯す可能性があります。 無人で高負荷の環境に特に推奨されます。
HMMER のスループット実行。 有効な形式文字列には、FASTA、GENBANK、EMBL、GCG、
PIR、ストックホルム、セレックス、MSF、クラスタル、フィリップ。 詳細については、ユーザーズガイドを参照してください。
完全なリスト。
--マパリ
ファイルからアライメントを読み取ります そしてそれをHMMに単一のオブジェクトとして配置します。例：
の配置 固定されている。これにより、シーケンスをモデルに合わせることができる。
うーん2align 既存の信頼できる複数のコンテキストでそれらを表示する
アラインメント。アラインメントへのアラインメントはHMMに保存されている「マップ」によって定義されます。
そして高速であり、HMMの構築方法と一貫性があることが保証されている。
配置から。ファイル内の配置 正確に整列している必要があります
HMMが構築された素材。 --withali オプションを選択します。
--オンライン
配列をインターリーブするのではなく、配列ごとに1行ずつアラインメントを出力します。
シーケンスアライメントブロック。ストックホルム形式の出力にのみ影響します。
--outformat
形式でアライメントを出力する 。 デフォルトはストックホルム形式です。有効な形式
Stockholm、SELEX、MSF、Clustal、Phylip、A2M などがあります。
--withali
ファイルからアライメントを読み取ります そしてそれをHMMに単一のオブジェクトとして配置します。例：
の配置 固定されている。これにより、シーケンスをモデルに合わせることができる。
うーん2align 既存の信頼できる複数のコンテキストでそれらを表示する
アラインメント。アラインメントへのアラインメントはヒューリスティック（非最適）な方法で行われる。
動的プログラミング手順は多少遅くなる可能性があり、
HMMの構築方法と完全に一致している必要があります（ただし、
かなり近いです）。ただし、
HMMは以下から構築されました。 --マパリ オプションを選択します。
onworks.net サービスを使用して hmm2align をオンラインで使用する
