これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド hmm2emit です。
プログラム：
NAME
hmm2emit - プロファイル HMM からシーケンスを生成する
SYNOPSIS
うーん [オプション] うーんファイル
DESCRIPTION
うーん HMM ファイルを読み取る うーんファイル XNUMX つ以上の HMM を含み、
各 HMM からのシーケンスの数。 または、 -c オプションが選択されている場合、単一の
多数決のコンセンサス。 これは、XNUMX つが必要なさまざまなアプリケーションに役立ちます。
配列ファミリーのコンセンサスと一致する配列のシミュレーション。
デフォルトでは、 うーん 10 個のシーケンスを生成し、それらを FASTA (unaligned) 形式で出力します。
OPTIONS
-a FASTA ではなく整列形式 (SELEX) で生成されたシーケンスを書き込みます。
-c サンプリング シーケンスの代わりに単一の多数決ルール コンセンサス シーケンスを予測する
HMMの確率分布から。 高度に保存された残基 (p >= 0.9 for
DNA、タンパク質の場合 p >= 0.5) は大文字で表示されます。 その他は小文字で表示されます。
一部の挿入状態は、多数決ルール コンセンサスの一部になる可能性があります。
生成されたシーケンスの >= 50% で使用されます。 これが発生すると、挿入によって生成された残基
単に「×」で表示されます。
-h 簡単なヘルプを印刷します。 バージョン番号とすべてのオプションの概要が含まれます。
エキスパートのオプション。
-n 生成する シーケンス。 デフォルトは 10 です。
-o 合成配列をファイルに保存する それらを標準出力に書き込むのではなく。
-q 静かな; シーケンス自体を除くすべての出力を抑制します。 配管に便利
または出力を指示します。
EXPERT OPTIONS
- シード
ランダムシードを次のように設定します 、 コラボレー は正の整数です。 デフォルトでは使用します
時間（） 実行ごとに異なるシードを生成します。つまり、XNUMX つの異なるシードが生成されます。
の実行 うーん 同じ HMM では、わずかに異なる結果が得られます。 使用できます
このオプションを使用すると、再現可能な結果が得られます。
onworks.net サービスを使用してオンラインで hmm2emit を使用する
