これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド hmm2pfam です。
プログラム：
NAME
hmm2pfam - HMM データベースに対して XNUMX つ以上のシーケンスを検索します
SYNOPSIS
うーん2pfam [オプション] うーんファイル seqファイル
DESCRIPTION
うーん2pfam シーケンスファイルを読み込みます seqファイル その中の各シーケンスを XNUMX つずつ比較し、
のすべての HMM に対して うーんファイル 非常に類似した配列の一致を探します。
うーんファイル 最初に現在の作業ディレクトリで検索され、次にディレクトリで検索されます
環境変数によって名前が付けられます HMMERDB。 これにより、管理者は HMM をインストールできます
共通の場所にある Pfam などのライブラリ。
のシーケンスごとに個別の出力レポートがあります。 シーケンスファイル。 このレポートは、
XNUMX つのセクション: 最高スコアの HMM のランク付けされたリスト、最高スコアのドメインのリスト
シーケンス内での出現順に、およびすべての最高スコアのアラインメント
ドメイン。 次の場合、シーケンス スコアは、同じシーケンスのドメイン スコアよりも高くなる可能性があります。
シーケンスに複数のドメインがあります。 シーケンススコアはすべてを考慮に入れます
ドメイン。 以上のすべてのシーケンス スコア -E & -T カットオフは最初に表示されます
リスト、その後 あらゆる このリストで見つかったドメインは、ドメイン ヒットの XNUMX 番目のリストに表示されます。 もしも
必要に応じて、E 値とビット スコアのしきい値をドメイン リストに適用することもできます。
- ドーム & --domT オプション。
OPTIONS
-h 簡単なヘルプを印刷します。 バージョン番号とすべてのオプションの概要が含まれます。
エキスパートのオプション。
-n モデルと配列がタンパク質ではなく核酸であることを指定します。 その他のHMMER
プログラムはこれを自動検出します。 しかし、その順序のために うーん2pfam データにアクセスし、
正しい「アルファベット」をそれ自体で確実に判断することはできません。
-A アライメント出力を 最高スコアのドメイン. -A0 シャットオフ
出力ファイルのサイズを縮小するために使用できます。
-E シーケンスごとにランク付けされたヒット リストの E 値のカットオフを 、 コラボレー
正の実数。 デフォルトは 10.0 です。 E 値が (より少ない) のヒット
より) このしきい値が表示されます。
-T シーケンスごとにランク付けされたヒット リストのビット スコア カットオフを 、 コラボレー is
実数。 デフォルトは負の無限大です。 デフォルトでは、しきい値は
ビット スコアではなく、E 値によって制御されます。 よりも良いビットスコアを持つヒット
(より大きい) このしきい値が表示されます。
-Z の配列データベースを見たかのように E 値スコアを計算します。
シーケンス。 デフォルトは、Swissprot 59021 のサイズである 34 に任意に設定されます。
EXPERT OPTIONS
--acc 出力レポートで名前の代わりに HMM アクセッションをレポートします。 高用途に便利
リレーショナルに格納するためにデータが解析されるスループット アノテーション
データベース。
--互換性
2.1.1 年から 1998 年に公開された HMMER 2001 の出力形式を使用します。 そのように提供された
2.1.1 パーサーを書き直す必要はありません。
- CPU
プログラムが実行される CPU の最大数を設定します。 デフォルトでは使用します
マシン内のすべての CPU。 HMMER_NCPU 環境変数をオーバーライドします。 のみ
HMMER のスレッド バージョン (ほとんどのシステムのデフォルト) に影響します。
--cut_ga
Pfam GA (収集しきい値) スコア カットオフを使用します。 --globT と同等
--domT ただし、GA2 と GA1 のカットオフは各 HMM から読み取られます。 うーんファイル
個別に。 hmm2build は、アラインメント ファイルが
Pfam に適したアラインメント形式 (拡張 SELEX または Stockholm 形式) で注釈を付ける
オプションの GA 注釈行が存在していました。 これらのカットオフが設定されていない場合
HMMファイル、 --cut_ga 動作しません。
--cut_tc
Pfam TC (トラステッド カットオフ) スコア カットオフを使用します。 --globT と同等--domT
ただし、TC2 と TC1 のカットオフは各 HMM から読み取られます。 うーんファイル 個別に
hmm2build は、アラインメント ファイルが Pfam-
フレンドリな配置形式 (拡張 SELEX または Stockholm 形式) およびオプションの TC
注釈行が存在しました。 これらのカットオフが HMM ファイルに設定されていない場合、 --cut_tc
動作しません。
--cut_nc
Pfam NC (ノイズ カットオフ) スコア カットオフを使用します。 --globT と同等--domT 、
しかし、NC1 と NC2 のカットオフは各 HMM から読み取られます。 うーんファイル 個別に
hmm2build は、アラインメント ファイルが Pfam-
使いやすい位置合わせ形式 (拡張 SELEX または Stockholm 形式) とオプションの NC
注釈行が存在しました。 これらのカットオフが HMM ファイルに設定されていない場合、 --cut_nc
動作しません。
- ドーム
ドメインごとにランク付けされたヒット リストの E 値のカットオフを 、 コラボレー
正の実数。 デフォルトは無限です。 デフォルトでは、
最初のしきい値を通過したシーケンスは XNUMX 番目のリストで報告されるため、
シーケンスごとのリストで報告されたドメインの数が、
ドメインごとのリストに表示される数。
--domT
ドメインごとにランク付けされたヒット リストのビット スコア カットオフを 、 コラボレー
実数。 デフォルトは負の無限大です。 デフォルトでは、
最初のしきい値を通過したシーケンスは XNUMX 番目のリストで報告されるため、
シーケンスごとのリストで報告されたドメインの数が、
ドメインごとのリストに表示される数。 重要 注意事項： に XNUMX つのドメインのみ
シーケンスは、このパラメーターによって完全に制御されます。 --domT。 XNUMX番目と
シーケンス内の後続のドメインの事実上のビット スコアしきい値は 0 です。
HMMER の仕組みの詳細。 HMMER では、少なくとも XNUMX 回のパスが必要です。
シーケンスごとのメイン モデル。 複数のパス (複数のドメイン) を実行するには、
マルチドメイン アライメントは、シングル ドメイン アライメントよりもスコアが高くなければなりません。
したがって、余分なドメインは正のスコアに貢献する必要があります。 ユーザーガイドを見る
をご参照下さい。
- 前方
ビタビ アルゴリズムの代わりにフォワード アルゴリズムを使用して、
シーケンススコア。 ドメインごとのスコアは、引き続きビタビ アルゴリズムによって決定されます。
Forward は、リモートを検出するためのより感度の高いアルゴリズムであると主張する人もいます。
配列ホモログ; ただし、HMMER を使用した私の実験では、これは確認されていません。
--informat
入力が seqファイル 形式になっています ; Babelfish 形式を実行しないでください
自動検出。 これにより、プログラムの信頼性が多少向上します。
Babelfish は間違いを犯す可能性があります。 無人で高負荷の環境に特に推奨されます。
HMMER のスループット実行。 有効な形式文字列には、FASTA、GENBANK、EMBL、GCG、
PIR、ストックホルム、セレックス、MSF、クラスタル、フィリップ。 詳細については、ユーザーズガイドを参照してください。
完全なリスト。
--null2
事後的な XNUMX 番目の null モデルをオフにします。 デフォルトでは、各アラインメントは
いずれかで可能な偏りのある構成を考慮した後処理ステップ
HMM またはターゲット シーケンス。 これは、データベース検索ではほとんど不可欠です。
特にローカル アラインメント モデルでは。 これが起こる可能性は非常に低い
後処理により、実際の一致が削除される可能性があり、これらの場合 --null2 改善する可能性があります
構成を偏らせることによって特異性を低下させるという代償を払った感度
突き抜けます。
--pvm 並列仮想マシン (PVM) 上で実行します。 PVM はすでに実行されている必要があります。 の
クライアントプログラム hmm2pfam-pvm すべての PVM ノードにインストールする必要があります。 HMM
データベース うーんファイル および関連する GSI インデックス ファイル うーんファイル。gsi もある必要があります。
すべての PVM ノードにインストールされています。 (GSI インデックスは、プログラムによって生成されます。
うーん2インデックス.) PVM の実装は I/O バウンドであるため、強くお勧めします。
各ノードにローカルコピーがあること うーんファイル 共有コピーを NFS マウントするのではなく、
オプションの PVM サポートは、HMMER にコンパイルされている必要があります。 --pvm 機能します。
--xnu 標的タンパク質配列の XNU フィルタリングをオンにします。 核酸に影響を与えません
シーケンス。 お試し実験では、 --xnu よりも性能が劣るように見える
デフォルトの事後 null2 モデル。
onworks.net サービスを使用してオンラインで hmm2pfam を使用する
