hmm2search - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

hmm2search - プロファイル HMM を使用して配列データベースを検索します

SYNOPSIS

うーん2検索 [オプション] うーんファイル seqファイル

DESCRIPTION

うーん2検索 HMM を読み取る うーんファイル そして検索 seqファイル 著しく類似しているものについて
シーケンスが一致します。

seqファイル 最初に現在の作業ディレクトリで検索され、次にディレクトリで検索されます
環境変数によって名前が付けられます BLASTDB。 これにより、ユーザーは既存の BLAST データベースを使用できるようになります。
BLAST がサイトに設定されている場合。

うーん2検索 シーケンスのサイズに応じて、実行に数分から数時間かかる場合があります
データベース。 出力をファイルにリダイレクトすることをお勧めします。

出力は XNUMX つのセクションで構成されます。最高スコアのシーケンスのランク付けされたリスト、
最高スコアのドメインのランク付けされたリスト、すべての最高スコアのドメインの配列、および
スコアのヒストグラム。 シーケンス スコアはドメイン スコアよりも高い場合があります。
シーケンス内に複数のドメインがある場合は同じシーケンス。 シーケンススコアはかかります
すべてのドメインを考慮します。 すべてのシーケンスのスコアが -E & -T カットオフが表示されます
最初のリストでは、 あらゆる このリストで見つかったドメインは、の XNUMX 番目のリストに表示されます。
ドメインがヒットしました。 必要に応じて、E 値とビット スコアのしきい値も適用できます。
を使用したドメインリスト - ドーム & --domT オプション。

OPTIONS

-h 簡単なヘルプを印刷します。 バージョン番号とすべてのオプションの概要が含まれます。
エキスパートのオプション。

-A アライメント出力を 最高スコアのドメイン. -A0 シャットオフ
出力ファイルのサイズを縮小するために使用できます。

-E シーケンスごとにランク付けされたヒット リストの E 値のカットオフを 、 コラボレー 　
正の実数。 デフォルトは 10.0 です。 E 値が (より少ない) のヒット
より) このしきい値が表示されます。

-T シーケンスごとにランク付けされたヒット リストのビット スコア カットオフを 、 コラボレー is
実数。 デフォルトは負の無限大です。 デフォルトでは、しきい値は
ビット スコアではなく、E 値によって制御されます。 よりも良いビットスコアを持つヒット
(より大きい) このしきい値が表示されます。

-Z の配列データベースを見たかのように E 値スコアを計算します。
シーケンス。 デフォルトは、データベース ファイルに含まれるシーケンスの数です。
。

EXPERT OPTIONS

--互換性
2.1.1 年から 1998 年に公開された HMMER 2001 の出力形式を使用します。 そのように提供された
2.1.1 パーサーを書き直す必要はありません。

- CPU
プログラムが実行される CPU の最大数を設定します。 デフォルトでは使用します
マシン内のすべての CPU。 HMMER_NCPU 環境変数をオーバーライドします。 のみ
HMMER のスレッド バージョン (ほとんどのシステムのデフォルト) に影響します。

--cut_ga
Pfam GA (収集しきい値) スコア カットオフを使用します。 --globT と同等
--domT ただし、GA2 および GA1 カットオフは HMM ファイルから読み取られます。 うーん2ビルド
アライメント ファイルに Pfam フレンドリーな形式で注釈が付けられている場合、これらのカットオフをそこに配置します。
アライメント形式 (拡張 SELEX またはストックホルム形式) とオプションの GA
注釈行が存在しました。 これらのカットオフが HMM ファイルに設定されていない場合、 --cut_ga
動作しません。

--cut_tc
Pfam TC (トラステッド カットオフ) スコア カットオフを使用します。 --globT と同等--domT
ただし、TC2 および TC1 カットオフは HMM ファイルから読み取られます。 hmm2build はこれらを置きます
アライメント ファイルに Pfam フレンドリーなアライメントで注釈が付けられている場合は、カットオフが存在します。
形式 (拡張 SELEX またはストックホルム形式) であり、オプションの TC 注釈行は
現在。 これらのカットオフが HMM ファイルに設定されていない場合、 --cut_tc 動作しません。

--cut_nc
Pfam NC (ノイズ カットオフ) スコア カットオフを使用します。 --globT と同等--domT 、
ただし、NC1 と NC2 のカットオフは HMM ファイルから読み取られます。 hmm2build はこれらを置きます
アライメント ファイルに Pfam フレンドリーなアライメントで注釈が付けられている場合は、カットオフが存在します。
形式 (拡張 SELEX またはストックホルム形式) とオプションの NC 注釈行は
現在。 これらのカットオフが HMM ファイルに設定されていない場合、 --cut_nc 動作しません。

- ドーム
ドメインごとにランク付けされたヒット リストの E 値のカットオフを 、 コラボレー 　
正の実数。 デフォルトは無限です。 デフォルトでは、
最初のしきい値を通過したシーケンスは XNUMX 番目のリストで報告されるため、
シーケンスごとのリストで報告されたドメインの数が、
ドメインごとのリストに表示される数。

--domT
ドメインごとにランク付けされたヒット リストのビット スコア カットオフを 、 コラボレー 　
実数。 デフォルトは負の無限大です。 デフォルトでは、
最初のしきい値を通過したシーケンスは XNUMX 番目のリストで報告されるため、
シーケンスごとのリストで報告されたドメインの数が、
ドメインごとのリストに表示される数。 重要 注意事項： に XNUMX つのドメインのみ
シーケンスは、このパラメーターによって完全に制御されます。 --domT。 XNUMX番目と
シーケンス内の後続のドメインの事実上のビット スコアしきい値は 0 です。
HMMER の仕組みの詳細。 HMMER では、少なくとも XNUMX 回のパスが必要です。
シーケンスごとのメイン モデル。 複数のパス (複数のドメイン) を実行するには、
マルチドメイン アライメントは、シングル ドメイン アライメントよりもスコアが高くなければなりません。
したがって、余分なドメインは正のスコアに貢献する必要があります。 ユーザーガイドを見る
をご参照下さい。

- 前方
ビタビ アルゴリズムの代わりにフォワード アルゴリズムを使用して、
シーケンススコア。 ドメインごとのスコアは、引き続きビタビ アルゴリズムによって決定されます。
Forward は、リモートを検出するためのより感度の高いアルゴリズムであると主張する人もいます。
配列ホモログ; ただし、HMMER を使用した私の実験では、これは確認されていません。

--informat
入力が seqファイル 形式になっています ; Babelfish 形式を実行しないでください
自動検出。 これにより、プログラムの信頼性が多少向上します。
Babelfish は間違いを犯す可能性があります。 無人で高負荷の環境に特に推奨されます。
HMMER のスループット実行。 有効な形式文字列には、FASTA、GENBANK、EMBL、GCG、
PIR、ストックホルム、セレックス、MSF、クラスタル、フィリップ。 詳細については、ユーザーズガイドを参照してください。
完全なリスト。

--null2
事後的な XNUMX 番目の null モデルをオフにします。 デフォルトでは、各アラインメントは
いずれかで可能な偏りのある構成を考慮した後処理ステップ
HMM またはターゲット シーケンス。 これは、データベース検索ではほとんど不可欠です。
特にローカル アラインメント モデルでは。 これが起こる可能性は非常に低い
後処理により、実際の一致が削除される可能性があり、これらの場合 --null2 改善する可能性があります
構成を偏らせることによって特異性を低下させるという代償を払った感度
突き抜けます。

--pvm 並列仮想マシン (PVM) 上で実行します。 PVM はすでに実行されている必要があります。 の
クライアントプログラム hmm2search-pvm すべての PVM ノードにインストールする必要があります。 オプションのPVM
サポートは HMMER にコンパイルされている必要があります。

--xnu 標的タンパク質配列の XNU フィルタリングをオンにします。 核酸に影響を与えません
シーケンス。 お試し実験では、 --xnu よりも性能が劣るように見える
デフォルトの事後 null2 モデル。

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