HPCdaligner - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

HPCdaligner - 実行するスクリプトを生成する ダリナー(1)

SYNOPSIS

HPCダライナ [-vbAI] [-kint型(14)] [-wint型(6)][-hint型(35)] [-tint型] [-Mint型] [-eダブル（.70）]
[-lint型(1000)] [-sint型(100)] [-Hint型] [-m追跡する]+[-ダルint型(4)] [-度int型(25)] パス:db|ダム
[最初:int[-最後:int]]

DESCRIPTION

HPCダライナ シーケンスで構成される UNIX シェル スクリプトを標準出力に書き込みます。
効果的に実行されるコマンドの ダリナー(1) 分割データベースのブロックのすべてのペア
次に、それらを外部でソートしてマージします LAソート（1）と ラマージ(1) コレクションに
名前付きアライメントファイルの パス.#.ラス # の範囲は 1 からブロック数までです。
データベースに分割されます。 say で連結された場合、これらのソートされたファイル ラキャット(1) を含む
ソートされた順序 (a-read、b-read など) のすべてのアラインメント。 さらに、すべての
特定の a-read のオーバーラップは、ファイル間で分割されないことが保証されているため、実行できます
並べ替えられた各ファイルのアーティファクト アナライザーまたはエラー修正を並行して実行します。

データベースは以前に分割されている必要があります DBスプリット(1) およびすべてのパラメータ (除く)
-v, -ダル, -度、への呼び出しに渡されます ダリナー(1)。 のデフォルト
これらのパラメータは ダリナー（1） の -v 詳細モードのフラグも渡されます
へのすべての通話 LAソート（1）と ラマージとします。 -ダル & -度 オプションについては後述します。

N 個のサブブロックに分割されたデータベースの場合、 ダリナー(1) 合計で生産します
daligner が T スレッドで実行されると仮定すると、2TN^2 .las ファイル。 これらは次にソートされ、
ブロックペアごとに 2 つずつ、N^XNUMX の並べ替えられた .las ファイルにマージされます。 これらは次にマージされます
ファイル数が幾何学的に減少する ceil(log_deg N) フェーズ -度 まで
N x N ブロック マトリックスの行ごとに 1 つのファイルがあります。 したがって、最後に N 個の .las がソートされます
ファイルを連結すると、XNUMX つの大きな並べ替えられたオーバーラップ ファイルが生成されます。

　 -ダル オプション (デフォルトは 4) は、呼び出しごとに必要な数のブロック比較を指定します
ダリナー(1)。 含む必要があるものもあります XNUMX月-1 回の比較、および最初の比較 XNUMX月-2 ブロック比較
さらに少ないですが、 HPCダライナ 「プランナー」は、平均的な負荷を与えるために最善を尽くします
コマンドごとの dal ブロッ​​ク比較。 の -度 オプション (デフォルトは 25) は最大数を指定します
単一にマージされるファイルの ラマージ(1) コマンド。 プランナーが最も力を発揮する
レベルの数が ceil(log_deg N) であるマージの偶数 k 分木。

整数の場合 最初の & last が欠落している場合、生成されるスクリプトは
データベース。 もしも 最初の が存在する場合、 HPCダライナ インクリメンタル スクリプトを生成します。
ブロックを比較します 最初の 　 last (last = 最初の 存在しない場合) 互いに
1 から前のすべてのブロック 最初の-1、次に .las ファイルを段階的に更新します。
ブロック1～ 最初の-1、ブロックの .las ファイルを作成します 最初の 　 last.

によって出力される各 UNIX コマンド ライン HPCダライナ バッチ ジョブにすることができます (&& を使用します)。
演算子を使用して、複数のコマンドを XNUMX 行にまとめてこれを実現します)。 間の依存関係
ジョブは、最初にすべての ダリナー(1) ジョブ、その後すべて
最初のソート ジョブ、次に外部マージ ソートの各フェーズのすべてのジョブ。 各
これらのフェーズは、スクリプト作成のための有益なコメント行で区切られています
利便性。

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