これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド HPCmapper です。
プログラム：
NAME
HPCmapper - 読み取りをマップするスクリプトを生成する
SYNOPSIS
HPCマッパー [-vb] [-kint型(20)] [-wint型(6)] [-hint型(50)] [-tint型] [-Mint型]
[-eダブル（.85）][-lint型(1000)] [-sint型(100)] [-Hint型] [-m追跡する]+[-ダルint型(4)] [-度int型(25)]
ref:デシベル|ダム 読み取り:デシベル|ダム [最初:int[-最後:int]]
DESCRIPTION
HPCマッパー 次のシーケンスで構成される UNIX シェル スクリプトを標準出力に書き込みます。
DB 内のすべての読み取りを効果的に「マップ」するコマンド 読み込み の参照セットに対して
DB のシーケンス 参照、ファイルのシーケンスで見つかったすべてのローカルアライメントを記録します
ref.reads.1.las, ref.reads.2.lasなど、ここで ref.reads.k.las アラインメントを含む
すべての間 参照 の k 番目のブロック 読み込み. パラメータはまったく同じです
for HPCダライナ(1) 保存する -k, -h, -e デフォルトは適切に設定されています
マッピング、および -A & -I オプションは意味がない 参照 & 読み込み になることが予想されます
異なるデータセット。
整数の場合 最初の & last が欠落している場合、生成されるスクリプトは
データベース 読み込み。 場合 最初の その時存在する HPCマッパー 比較するスクリプトを生成します
ブロック 最初の last (last = 最初の 存在しない場合) DAM に対して 参照.
onworks.net サービスを使用してオンラインで HPCmapper を使用する
