indelible - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

indelible - 生物学的進化の強力で柔軟なシミュレーター

SYNOPSIS

消えない

コマンドラインからオプションを渡すことはできません。

DESCRIPTION

消えない マルチパーティション化されたヌクレオチド、アミノ酸、またはコドンの進化をシミュレートできます
連続的な挿入、削除、および置換のプロセスによるデータセット
時間。 すべての一般的な進化モデルがサポートされています。

の完全なドキュメント 消えない の下で利用可能です
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.

CONFIGURATION

消えない という名前のファイルからシミュレーション実行の設定を読み取ります コントロール.txt セクションに
カレントディレクトリ。 ファイルはブロックに分割され、各ブロックが XNUMX つを制御します
シミュレーションの特定の側面。 ブロックにはさらにサブブロックが含まれる場合があります。 コメントは
C または C++ スタイルで指定します。 もしも 消えない 制御ファイルが存在しない状態で実行された場合、
サンプルファイルが生成されます。

[タイプ] type
すべての制御ファイルは、 タイプ ブロック。 可能なタイプは次のとおりです。 ヌクレオチド,
アミノ酸, コドン.

[設定]
このブロックは、出力ファイルの種類などの重要でないユーザー設定を指定します。
フォーマット、乱数発生器のシード、および詳細を出力するかどうか
レポート。

[モデル] モデル名
このブロックは、シミュレーションに使用される新しい進化モデルを開始します。 の
置換モデル、インデル率、コドン部位を含む特定のパラメータ
モデルはサブモデルを介して制御されます。 モデル名 任意の名前にすることができます。

[木] ツリーネーム・ニューウィック
このブロックは、指定された名前のガイド ツリーを指定するために使用されます ツリー名.
進化距離は、ツリーの枝の長さとして表されます ニューウィック
形式でダウンロードすることができます。

【支店】
これらのブロックは、非定常プロセスおよび非均一プロセスをシミュレートするために使用されます。
ガイド ツリーのさまざまなブランチでさまざまなモデルを指定できます。
異なるモデルの置換、インデル長分布、率を持つ分岐
不均一性、塩基組成など

【パーティション】 パーティション名
各実行中に、複数のシーケンス パーティションをシミュレートできます。 パーティションごとに
ガイドツリー、進化モデル、およびシーケンスの長さを指定する必要があります。

[進化]
このブロック内で、パーティションの複数のレプリカが生成される場合があります。

COPYRIGHT

Copyright © 2010 William Fletcher License GPLv3+: GNU GPL バージョン 3 以降。
これは自由なソフトウェアです：あなたはそれを自由に変更して再配布することができます。 保証はありません、
法律で認められる範囲内で。 ライセンスの全文は次の場所で入手できます。
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

謝辞

ウィリアム・フレッチャーとヤン・ジヘン (2009)。 INDELible: 生物学の柔軟なシミュレーター
シーケンス進化、 分子の 生物学 & 進化 26（ＸＮＵＭＸ）：ＸＮＵＭＸ − ＸＮＵＭＸ。

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