iqtree-omp - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

iqtree-omp - 最尤法による効率的な系統解析ソフトウェア (マルチプロセッサ)
バージョン）

SYNOPSIS

iqtree-omp -s [OPTIONS]

DESCRIPTION

Linux 1.3.11.1 ビット用 IQ-TREE マルチコア バージョン 64 1 年 2016 月 XNUMX 日に構築 Copyright ©
2011～2015年 グエン・ラム・トゥン、オルガ・チェルノモール、アルント・フォン・ヘーセラー、ブイ・クアン・ミン。

全般的な オプション：
-? また -h
このヘルプダイアログを印刷する

-s
PHYLIP/FASTA/NEXUS/CLUSTAL/MSF 形式での入力アライメント

-st
BIN、DNA、AA、NT2AA、CODON、MORPH (デフォルト: 自動検出)

-q
エッジリンクパーティションモデル（NEXUS/RAxML形式ファイル）

-spp 好き -q オプションですが、パーティション固有のレートが許可されます

-sp エッジ非リンクパーティションモデル ( -M RAxML のオプション)

-t | ビオンジ | ランダム
開始ツリー (デフォルト: 100 の倹約ツリーと BIONJ)

-お茶 好き -t ただし、ユーザー ツリーは修正されます (ツリー検索は実行されません)。

-o
.treefile を書き込むためのアウトグループ分類群名

-プレ
使用する出力ファイル用 (デフォルト: aln/partition)

-nt <#cpu_cores>
使用するコア/スレッドの数 (必須)

-シード
ランダムなシード番号。通常はデバッグ目的で使用されます。

-v, -vv, -vvv
詳細モード、より多くのメッセージを画面に表示する

NEW 確率論的 TREE 検索 アルゴリズム：
-pll 系統発生尤度ライブラリ (PLL) を使用する (デフォルト: オフ)

-数字
初期節約ツリーの数 (デフォルト: 100)

-トッパーズ
最適な倹約ツリーの数 (デフォルト: 20)

-スプラード
節約 SPR 検索の半径 (デフォルト: 6)

-数値
候補ツリーセットのサイズ (デフォルト: 5)

-人
ランダム化された NNI の摂動強度 (デフォルト: 0.5)

-オールニ
より徹底的な NNI 検索を実行します (デフォルト: オフ)

-numstop
失敗した反復を停止する回数 (デフォルト: 100)

-n <#iterations>
反復数を <#iterations> に修正します (デフォルト: auto)

-iqp IQP ツリー摂動を使用します (デフォルト: ランダム化された NNI)

-iqpnni
古い IQPNNI ツリー検索アルゴリズムに戻す

超高速 ブートストラップ:
-bb <#replicates>
超高速ブートストラップ (>=1000)

-wbt ブートストラップ ツリーを .ufboot ファイルに書き込みます (デフォルト: なし)

-wbtl いいね -wbt 枝の長さも書きます

-nm <#iterations>
最大反復数 (デフォルト: 1000)

-nstep <#iterations> #UFBoot 停止ルールの反復回数 (デフォルト: 100)

-bcor
最小相関係数 (デフォルト: 0.99)

-beps
同点を解消するための RELL イプシロン (デフォルト: 0.5)

STANDARD ノンパラメトリック ブートストラップ:
-b <#replicates>
ブートストラップ + ML ツリー + コンセンサス ツリー (>=100)

-紀元前 <#replicates>
ブートストラップ + コンセンサスツリー

-ぼ <#replicates>
ブートストラップのみ

SINGLE ブランチ TEST：
-アラート <#replicates>
SH 類似の近似尤度比検定 (SH-aLRT)

-アラート 0
パラメトリック aLRT テスト (Anisimova および Gascuel 2006)

-アベイズ
近似ベイズ検定 (Anisimova et al. 2011)

-ポンド <#replicates>
高速なローカルブートストラップ確率

自動 MODEL 選択：
-m テストンリー
標準モデルの選択 (jModelTest、ProtTest など)

-m テスト
いいね -m TESTONLY、ただしツリーの再構築が続く

-m 新規のみテスト
FreeRate (+R) の異種性を含む新しいモデルの選択

-m テストNEW
いいね -m TESTNEWONLY、その後ツリー再構築が続く

-m テストマージョンリー
最適なパーティション スキーム (PartitionFinder など) を選択します

-m テストマージ
いいね -m TESTMERGEONLY、ただしその後にツリーの再構築が続く

-m NEWMERGEONLY をテストする
いいね -m TESTMERGEONLY ただし、FreeRate の異質性が含まれます

-m テストNEWMERGE
いいね -m TESTNEWMERGEONLY の後にツリーを再構築する

-rクラスター
パーティションペアの割合 (緩和クラスタリングアルゴリズム)

-mset プログラム
検索を他のプログラム (つまり、raxml、phyml、または
ムルベイス）

-mset m1、...、mk
カンマ区切りリスト内のモデルに検索を制限します (例: -mset WAG、LG、JTT)

-msub source
検索を特定の発生源 (核、
ミトコンドリア、葉緑体、またはウイルス）

-mfreq f1、...、fk
検索を状態頻度のリストの使用に制限します (デフォルトのタンパク質: -mfreq ふ、ふ。
コドン: -mfreq 、F1x4、F3x4、F)

-mrate r1,...,rk
サイト間レート モデルのリストを使用する検索に制限します (例: -mrate
E、I、G、I+G、R)

-cmin
FreeRate モデルの最小カテゴリ数 [+R] (デフォルト: 2)

-cmax
FreeRate モデルの最大カテゴリ数 [+R] (デフォルト: 10)

???メリットAIC|AICc|BIC
使用する最適性基準 (デフォルト: すべて)

-mtree 検討中の各モデルに対して完全なツリー検索を実行する

-mredo 以前に計算されたモデルの結果を無視します (デフォルト: no)

-マッド mx1、...、mxk
考慮すべき混合モデルのリスト

-mdef
モデル定義 NEXUS ファイル (マニュアルを参照)

代替 MODEL：
-m

DNA: HKY (デフォルト)、JC、F81、K2P、K3P、K81uf、TN/TrN、TNef、
TIM、TIMef、TVM、TVMef、SYM、GTR、または 6 桁のモデル仕様 (例: 010010 =
香港ケンタッキー)

プロテイン: WAG (デフォルト)、ポアソン、cpREV、mtREV、Dayhoff、mtMAM、
JTT、LG、mtART、mtZOA、VT、rtREV、DCMut、PMB、HIVb、HIVw、JTTDCMut、FLU、Blosum62

タンパク質混合物: C10、...、C60、EX2、EX3、EHO、UL2、UL3、EX_EHO、LG4M、LG4X、
JTTCF4G

バイナリ: JC2 (デフォルト)、GTR2

経験的コドン: KOSI07、SCHN05

機械的コドン: GY (デフォルト)、MG、MGK、GY0K、GY1KTS、GY1KTV、GY2K、
MG1KTS、MG1KTV、MG2K

半経験的コドン: XX_YY (XX は経験的、YY は機械的モデル)

形態/SNP: MK (デフォルト)、ORDERED

それ以外の場合: ユーザーモデルパラメータを含むファイルの名前
(レートパラメータと状態周波数)

-m +F または +FO または +FU または +FQ (デフォルト: 自動)
カウント、最適化、ユーザー定義、等しい状態頻度

-m +F1x4 または +F3x4
コドン頻度

-m +ASC
形態学/SNPデータの確証バイアス補正

-m 「MIX{m1,...mK}」
K 個の成分を含む混合モデル

-m 「FMIX{f1,...fK}」
K 成分の周波数混合モデル

-mwopt 混合ウェイトの最適化をオンにします (デフォルト: なし)

レート 異質性:
-m +I または +G[n] または +I+G[n] または +R[n]
Invar、Gamma、Invar+Gamma、または FreeRate モデル (「n」はカテゴリの数)
(デフォルト: n=4)

-a
サイト料金のガンマ形状パラメータ (デフォルト: 推定)

-gmedian
ガンマ レート カテゴリの平均を計算します (デフォルト: 平均)

--テストアルファ
+I+G モデルパラメータのより徹底的な推定

-i
不変サイトの割合（デフォルト：推定）

-mh Meyer & von Haeseler を使用してサイト固有のレートを .mhrate ファイルに計算する (2003)
方法

テスト OF MODEL 均質性:
-m ホワイトテスト
Weiss & von Haeseler (2003) を使用したモデル (GTR+G) の均一性仮定のテスト
方法

-ns <#シミュレーション>
#ヌル分布を取得するためのシミュレーション (デフォルト: 1000)

コンセンサス 再構築:
-t
コンセンサス再構築のための入力ツリーのセット

-minsup
範囲 [0,1] での最小分割サポート。 多数決ルールのコンセンサスの場合は 0.5 (デフォルト: 0、つまり
拡張されたコンセンサス)

-bi
廃棄始まりの木々

-詐欺 .contree ファイルへのコンセンサス ツリーの計算

-ネット .nex ファイルへのコンセンサス ネットワークの計算

-すする
サポート値の割り当て.suptree へ

-suptag
ノードが発生するツリー ID を割り当てるノード名 (または ALL)

ロビンソン・フォルズ 距離：
-rf_all
木の全対全 RF 距離を計算する

-rf
に保存されている XNUMX セットのツリー間のすべての RF 距離を計算します。 と


-rf_adj
隣接する木の RF 距離を計算する

TREE トポロジー TEST：
-z
ユーザーツリーのセットの評価

-zb <#replicates>
経由で渡されたツリーの BP、KH、SH、ELW テストの実行 -z

-zw 加重 KH および加重 SH テストも実行

生成 RANDOM 木：
-r
Yule-Harding モデルの下にランダム ツリーを作成します。

-ru
均一モデルの下にランダム ツリーを作成します。

-rcat
ランダムな毛虫の木を作成します。

-rbal
ランダムなバランスの取れたツリーを作成します。

-rcsg
ランダムな循環分割ネットワークを作成します。

-rlen
ランダム ツリーの最小、平均、最大分岐長。

雑則：
-wt ローカルで最適なツリーを .treels ファイルに書き込む

-blfix 経由で渡されるユーザーツリーの枝の長さを修正 -お茶

-blmin 最適化のための最小分岐長 (デフォルトは 0.000001)

-blmax 最適化のための最大分岐長 (デフォルトは 100)

-wsl サイトの対数尤度を .sitelh ファイルに書き込む

-wslr レート カテゴリごとにサイトの対数尤度を書き込みます

-wslm 混合クラスごとにサイトの対数尤度を書き込みます

-wslmr 混合物 + レートクラスごとにサイトの対数尤度を書き込みます

-fconst f1,...,fN
定数パターンを整列に追加します (N=#nstates)

onworks.net サービスを使用してオンラインで iqtree-omp を使用する