これはコマンド kmc_tools-intersect で、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks の無料ホスティング プロバイダーで実行できます。
プログラム：
NAME
kmc_tools-intersect - XNUMX つの KMC データベースの共通部分を計算します
SYNOPSIS
kmc_tools 交わります <output
[出力パラメータ]>
DESCRIPTION
出力データベースには、両方の入力セットに存在する k-mer のみが含まれます。 の
出力データベース内のカウンタ値は、入力内のより低いカウンタ値と等しくなります。
OPTIONS
各入力には追加のパラメーターがあります。
-ci
以下に出現するk-merを除外する回
-cx
以下に多く存在するk-merを除外する回
出力には追加のパラメーターがあります。
-ci
以下に出現するk-merを除外する回
-cx
以下に多く存在するk-merを除外する回
-cs
カウンタの最大値
実施例
kmc -k28 file1.fastq kmers1 tmp
kmc -k28 file2.fastq kmers2 tmp
kmc_tools intersect kmers1 -ci10 -cx200 kmers2 -ci4 -cx100 kmers1_kmers2_intersect -ci20 -cx150
onworks.net サービスを使用してオンラインで kmc_tools-intersect を使用する
